一种基因组DNA中8-氧代鸟嘌呤的精准定位方法技术

本发明专利技术公开了一种基因组DNA中8‑氧代鸟嘌呤(OG)的精准定位方法，利用8‑氧代鸟嘌呤糖基化酶OGG1对OG位点的高特异性识别以及特殊的两步酶切性质，直接将OG位点转化为DNA单链的断裂并且暴露3’磷酸不饱和醛(3’‑PUA)和5’磷酸(5’‑P)两种末端，随后利用醛基反应探针对3’‑PUA中的活性醛基进行化学标记，从基因组DNA中特异性富集含有OG位点的DNA片段，最后通过对酶切产生5’‑P末端短链构建DNA文库和二代测序对OG位点进行定位。本发明专利技术方法中酶切和化学标记的反应条件温和，对OG位点的富集效率高，而且在特异性标记OG位点的同时通过DNA文库构建策略实现了对OG位点的单碱基分辨率标记，不需要额外的步骤来确定OG位点的位置，使得整个定位检测流程简洁高效，准确性高。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物，涉及dna氧化损伤在基因组中的定位分析，具体涉及一种基因组dna中8-氧代鸟嘌呤的精准定位分析方法。

技术介绍

1、细胞在新陈代谢和炎症反应的过程中会产生许多活性氧物种(ros)，鸟嘌呤相较于其他的碱基氧化还原电位最低，因此最容易被氧化。7,8-二氢-8-氧鸟嘌呤(简称8-氧代鸟嘌呤或og)是一种常见的dna氧化损伤，在dna聚合酶经过时og可能与a配对，进而导致g到t的突变。近年来，许多研究表明鸟嘌呤的氧化在基因表达的调节中起着表观遗传标记的作用，例如在缺氧调节基因中的启动子中og水平升高会导致转录因子的募集，在雌激素调节转录和炎症反应等过程中也观察到了类似的模型。

2、虽然通常在疾病状态下可以检测到dna损伤水平的升高，但是我们对于dna损伤导致疾病发生的具体机制还不清楚。对og在基因组范围内进行精准的定位分析可以帮助我们了解og在不同染色质结构的分布特点以及细胞在受到氧化刺激后og分布状态的变化，从而更好地理解细胞对氧化损伤的应对机制。此外，对og的精准定位分析有助于将og导致的基因突变与癌症相关的突变特征联系起来，还本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种基因组DNA中8-氧代鸟嘌呤的精准定位方法，包括以下步骤：

2.如权利要求1所述的基因组DNA中8-氧代鸟嘌呤的精准定位方法，其特征在于，步骤1)中用超声破碎法对基因组DNA进行片段化处理，将基因组DNA片段化为200-500bp。

3.如权利要求1所述的基因组DNA中8-氧代鸟嘌呤的精准定位方法，其特征在于，步骤2)所述醛基反应试剂为O-苄基羟胺或O-乙基羟胺。

4.如权利要求3所述的基因组DNA中8-氧代鸟嘌呤的精准定位方法，其特征在于，步骤2)以(1H-苯并咪唑-2-亚甲基)胺为催化剂，利用O-苄基羟胺封闭基因组DNA片段中活性醛基。...

【技术特征摘要】

1.一种基因组dna中8-氧代鸟嘌呤的精准定位方法，包括以下步骤：

2.如权利要求1所述的基因组dna中8-氧代鸟嘌呤的精准定位方法，其特征在于，步骤1)中用超声破碎法对基因组dna进行片段化处理，将基因组dna片段化为200-500bp。

3.如权利要求1所述的基因组dna中8-氧代鸟嘌呤的精准定位方法，其特征在于，步骤2)所述醛基反应试剂为o-苄基羟胺或o-乙基羟胺。

4.如权利要求3所述的基因组dna中8-氧代鸟嘌呤的精准定位方法，其特征在于，步骤2)以(1h-苯并咪唑-2-亚甲基)胺为催化剂，利用o-苄基羟胺封闭基因组dna片段中活性醛基。

5.如权利要求1所述的基因组dna中8-氧代鸟嘌呤的精准定位方法，其特征在于，步骤3)中的ogg1酶切反应的缓冲液由20mm tris-hclph 7.4、100mm nacl、0.15mg/ml bsa、1mmedta、1mm dtt组成，酶切体系中ogg1的终浓度是0.2～0.4μm，dna片段的浓度在50～100ng/μl，在37℃酶切反应1h后分离纯化得到酶切后的dna片段。

6.如权利要求1所述的基因组dna中8-氧代鸟嘌呤的精准定位方法，其特征在于，步骤4)用...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵美萍，李芯仪，吴航锐，
申请(专利权)人：北京大学，
类型：发明
国别省市：