筛选与菌株的蛋白质产量相关的标志蛋白质或标志基因的方法以及评价菌株的蛋白质产量的方法和相关设备技术

技术编号:42581639 阅读:32 留言:0更新日期:2024-08-29 00:43
本发明专利技术属于生物信息处理领域,公开了一种筛选与菌株的蛋白质产量相关的标志蛋白质或标志基因的方法以及评价菌株的蛋白质产量的方法和相关设备,其中,筛选与菌株的蛋白质产量相关的标志蛋白质的方法包括:获得多个镰刀菌菌株中每个菌株的基因组编码的多个蛋白质,聚类得到多个蛋白质组。将各镰刀菌菌株中各蛋白质组及其所包含的蛋白质的数量与镰刀菌菌株的蛋白质产量对应,构成包含多个数据对的数据集。基于数据集,进行蛋白质组与蛋白质产量之间的相关性分析,筛选与镰刀菌菌株的蛋白质产量的相关系数满足预设阈值的蛋白质组,作为标志蛋白质。本发明专利技术的筛选方法能够快速、准确获得能够有效表征菌株的蛋白质产量的标志蛋白质或标志基因。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术一般涉及菌种筛选。更具体地,本专利技术涉及筛选与菌株的蛋白质产量相关的标志蛋白质或标志基因的方法以及评价菌株的蛋白质产量的方法和相关设备


技术介绍

1、镰刀菌作为一类潜在的生产食用蛋白的真菌,具有巨大的潜在价值。然而,由于镰刀菌调控蛋白质产量的机制尚不明确,目前只能通过大批量发酵实验筛选其中高蛋白产量的镰刀菌菌株,具有工作量大,实验周期长,成本高的缺点。

2、在镰刀菌菌株的基因组编码的蛋白质,对菌株的蛋白质产量的影响主要包括:促进作用、抑制作用、影响作用微小。例如:基因组编码的蛋白质是否表达、表达量的大小受到多种因素的影响,例如,受培养基条件的限制,可能基因组编码的蛋白质不表达或表达量小;当某个基因组编码的蛋白质不表达时,其可能对菌株的蛋白质产量的影响作用有限,某些情况下影响作用非常微小;此外,基因组编码的蛋白质的数量也是影响该菌株蛋白质产量的较为重要的因素。在菌株中,多种具有不同影响作用和影响程度的蛋白质混杂在一起,难以根据每种蛋白质及其数量对菌株的蛋白质产量进行分析预测。

3、有鉴于此,亟需提供一种与镰刀菌菌株的蛋白本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种筛选与菌株的蛋白质产量相关的标志蛋白质的方法,其特征在于,包括:

2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,

3.根据权利要求1或2所述的方法,其特征在于,

4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,

5.根据权利要求1至4中任意一项所述的方法,其特征在于,还包括:

6.一种评估菌株的蛋白质产量的方法,其特征在于,包括:

7.一种评价权利要求6所述的方法的准确性的方法,其特征在于,包括:

8.一种评价镰刀菌菌株的蛋白质产量的方法,其特征在于,包括:

9.一种训练评价镰刀菌菌株的蛋白质产...

【技术特征摘要】

1.一种筛选与菌株的蛋白质产量相关的标志蛋白质的方法,其特征在于,包括:

2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,

3.根据权利要求1或2所述的方法,其特征在于,

4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,

5.根据权利要求1至4中任意一项所述的方法,其特征在于,还包括:

6.一种评估菌株的蛋白质产量的方法,其特征在于,包括:

7.一种评价权利要求6所述的方法的准确性的方法,其特征在于,包括:

8.一种评价镰刀菌菌株的蛋白质产量的方法,其特征在于,包括:

9.一种训练评价镰刀菌菌株的蛋白质产量的机器学习模型的方法,其特征在于,包括:

10.一种评价镰刀菌菌株的蛋白质产量的装置,其特征在于,包括:

11.一...

【专利技术属性】
技术研发人员:浦梓伦兰周张振伟田灵芝
申请(专利权)人:蘑米广州生物科技有限公司
类型:发明
国别省市:

网友询问留言 已有0条评论
  • 还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。

1