【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于计算机科学技术与遗传学的交叉，特别是涉及到一种新的基于基因池在gwas数据上检测snp组合的方法。
技术介绍
1、复杂性疾病，如心脏病、高血压和糖尿病，通常涉及多个基因和多种因素，这使得预防和治疗尤为困难。许多此类疾病难以治愈，患者需依赖药物维持生活质量。全基因组关联分析（gwas）是遗传学中用于研究基因与复杂疾病间关系的方法。通过分析数千名患者和健康人的dna上数十万个snp（单核苷酸多态性）基因型，gwas揭示了snp与疾病之间的相关性，对理解疾病的致病机制及其预防和治疗具有重要价值。然而，数据中广泛存在的上位性问题，即不同基因间的相互作用，增加了识别与疾病相关snp的难度。在gwas中，单独的snp可能与疾病无明显相关，但当与其他snp组合时，相关性显著增强。这种现象表明，多个snp的组合可能共同影响疾病的发展。因此，开发能高效、精确检测复杂疾病相关的snp组合的新方法，是当前遗传学研究的一个重点。
2、目前，针对上位性检测的方法主要分为三种类型：穷举搜索、随机搜索和启发式搜索。穷举搜索通过评估所有snp...
【技术保护点】
1.一种基于基因池在GWAS数据上检测SNP组合的方法，其特征是：包括以下步骤，
2.根据权利要求1所述的一种基于基因池在GWAS数据上检测SNP组合的方法，其特征是：步骤一所述数据集的三维数据结构为：数组的第一维对应不同的SNP标记，第二维指示各个SNP的基因型变异，而第三维列出拥有该SNP基因型的个体。
3.根据权利要求1所述的一种基于基因池在GWAS数据上检测SNP组合的方法，其特征是：步骤二所述最大上位性阶数mo为：
4.根据权利要求1所述的一种基于基因池在GWAS数据上检测SNP组合的方法，其特征是：步骤三所述单核苷酸多态...
【技术特征摘要】
1.一种基于基因池在gwas数据上检测snp组合的方法，其特征是：包括以下步骤，
2.根据权利要求1所述的一种基于基因池在gwas数据上检测snp组合的方法，其特征是：步骤一所述数据集的三维数据结构为：数组的第一维对应不同的snp标记，第二维指示各个snp的基因型变异，而第三维列出拥有该snp基因型的个体。
3.根据权利要求1所述的一种基于基因池在gwas数据上检测snp组合的方法，其特征是：步骤二所述最大上位性阶数mo为：
4.根据权利要求1所述的一种基于基因池在gwas数据上检测snp组合的方法，其特征是：步骤三所述单核苷酸多态性snp的总需求数量为totalrequiredsnps个；totalrequiredsnps定义为：
5.根据权利要求1所述的一种基于基因池在gwas数据上检测s...
【专利技术属性】
技术研发人员：孙立岩，辛翌，边靖雯，姜林青，郑琳宣，
申请(专利权)人：长春大学，
类型：发明
国别省市：
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