一种能够完整保留jagged信息的cfDNA文库构建方法技术

技术编号:42497443 阅读:49 留言:0更新日期:2024-08-22 14:08
本发明专利技术提供一种能够完整保留jagged信息的cfDNA文库构建方法,针对cfDNA jagged序列,本发明专利技术方法通过先对双链cfDNA进行加热变性成单链DNA,再对cfDNA单链直接进行3'端接头连接,之后将单链DNA进行延伸成完整双链,再将延伸完成的双链DNA的原模板链5'末端连接接头,并进行PCR扩增,最后进行常规测序。本发明专利技术方法有效避免了现有技术构建cfDNA文库时,对cfDNA进行末端修复,补齐双链缺口和剪掉多余,造成了DNA链两端序列的丢失的问题。

【技术实现步骤摘要】


技术介绍

1、cfdna是癌细胞凋亡过程中脱落的细胞外核酸片段;坏死或分泌,是早期发现的最有希望的方法。cfdna表现出癌症相关遗传和表观遗传的改变,通过第二代测序,可以获悉包括突变,拷贝数改变,染色体重排、高甲基化和低甲基化等信息。与传统的癌症筛查相比,cfdna检测显示出几个优势,使其成为早期发现癌症的理想方法。首先,从理论上讲,血液中是否存在异常的cfdna可以通过检测来确定超早期癌症,在常规临床测量的阈值之前,扩大了早期干预的时间窗口。第二,cfdna通过提供有关起源组织的信息,检测可以同时检测多种癌症。最后,cfdna有潜力描述整个分子和表观遗传景观,不考虑肿瘤内异质性,帮助精确治疗和监测复发后早期检测。

2、cfdna两端并非平末端,而是不对称的锯齿状,故称jagged序列。常规的建库方法会先对dna进行末端修复,补齐双链缺口和剪掉多余,造成了jagged序列信息的丢失。


技术实现思路

1、为了解决上述问题,本专利技术提供一种能够完整保留jagged信息的cfdna文库构建方法。针对本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种能够完整保留jagged信息的cfDNA文库构建方法,其特征在于,包括如下步骤:

2.根据权利要求1所述的能够完整保留jagged信息的cfDNA文库构建方法,其特征在于,步骤(1)中,对双链cfDNA进行加热变性成为单链DNA的具体操作为:

3.根据权利要求1所述的能够完整保留jagged信息的cfDNA文库构建方法,其特征在于,对步骤(1)所得单链DNA进行3'端接头连接的具体操作为:

4.根据权利要求1所述的能够完整保留jagged信息的cfDNA文库构建方法,其特征在于,将单链DNA通过延伸引物延伸成完整双链的具体操作如下:

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【技术特征摘要】

1.一种能够完整保留jagged信息的cfdna文库构建方法,其特征在于,包括如下步骤:

2.根据权利要求1所述的能够完整保留jagged信息的cfdna文库构建方法,其特征在于,步骤(1)中,对双链cfdna进行加热变性成为单链dna的具体操作为:

3.根据权利要求1所述的能够完整保留jagged信息的cfdna文库构建方法,其特征在于,对步骤(1)所得单链dna进行3'端接头连接的具体操作为:

4.根据权利要求1所述的能够完整保留jagged信息的cfdna文库构建方法,其特征在于,将单链dna通过延伸引物延伸成完整双链的具体操作如下:

5.根据权利要求4所述的能够完整保留jagged信息的cfdna文库构建方法,其特征在于,步骤d3)中,使用诺唯赞磁珠n4...

【专利技术属性】
技术研发人员:林子奥邵明
申请(专利权)人:奥明星程杭州生物科技有限公司
类型:发明
国别省市:

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