一种基于高通量测序的土壤微生物种群绝对定量方法技术

本发明专利技术开发了一种基于高通量测序技术分析微生物群落绝对丰度的方法并予以应用，属于微生物扩增子检测技术领域。本发明专利技术使用合成的嵌合DNA作为内标以同时对样品中的微生物群落(包括细菌、真菌和原生生物)进行绝对定量。具体方法如下：合成的嵌合DNA直接添加到环境样品中；提取环境样本的基因组DNA；PCR扩增真菌ITS序列、细菌16S序列和原核生物18S序列，进行高通量测序；高通量测序结果计算扩增子家族的相对丰度和绝对丰度(例如每单位质量样品的原核16S、真核18S和真菌ITS)。本发明专利技术以高度复杂的环境样品作为研究对象证明了该方法能够灵敏准确地量化特定群体的绝对丰度。本方法广泛适用于不同来源样品的微生物群落分析，包括来自土壤的环境样品、来自植物组织的样品、来自人类肠道的样品以及来自食物样品的样品。本发明专利技术方法操作简单、检测准确、应用广泛，在微生物群落的鉴定分析中具有广阔的市场前景。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及微生物信息学和生物，尤其涉及一种基于高通量测序的微生物种群绝对定量分析方法。

技术介绍

1、微生物群落影响人类和动物的疾病和免疫、地球化学养分循环和生态系统功能与过程。不同领域的研究揭示了不同微生物群之间的微妙关系，现在常用的研究方法是利用pcr(聚合酶链反应)扩增微生物的保守区域后，进行高通量测序以揭示不同的扩增子家族(即衍生自特定pcr引物对的otu，例如细菌16s、真核18s或真菌its(internal transcribedspacer))进行比较，从而得到各类微生物的相对丰度，但该方法忽略了微生物绝对丰度的变化。为了揭示肠道、土壤和其他环境的真正复杂性，微生物群落的决定定量分析能够为相关研究提供更为全面充分的信息。

2、扩增子测序是对特定长度的pcr产物或者捕获的片段进行测序，目前主要是应用高通量测序技术对特定环境中特定基因片段进行测序。大多数天然微生物都不能通过传统的分离培养方法进行分离和克隆，这对于天然微生物的定性和定量分析以及微生物多样性探索构成严峻的挑战。扩增子测序可以克服传统分离培养的弱点，对样品中的微生物进本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种基于高通量测序的微生物种群绝对定量的分析方法，其主要步骤包括：

2.如权利要求1所述的基于高通量测序的微生物种群绝对定量的方法，其特征在于，所述设计的人工合成序列中有三个关键因素：(1)引物结合位点(PBSs)，分别来自用于鉴定原核生物(P)、细菌(B)、真菌(F)等微生物的常见基因；(2)优化的合成填充物序列，其长度和GC含量与体内目标相同；(3)容易获得、易于处理的合成DNA来源。

3.如权利要求1所述的基于高通量测序的微生物种群绝对定量的方法，其特征在于，所述的嵌合内参质粒与土壤样品的混合比例不能相差太大，容易引起实验误差。>

4.如权利要...

【技术特征摘要】

1.一种基于高通量测序的微生物种群绝对定量的分析方法，其主要步骤包括：

2.如权利要求1所述的基于高通量测序的微生物种群绝对定量的方法，其特征在于，所述设计的人工合成序列中有三个关键因素：(1)引物结合位点(pbss)，分别来自用于鉴定原核生物(p)、细菌(b)、真菌(f)等微生物的常见基因；(2)优化的合成填充物序列，其长度和gc含量与体内目标相同；...

【专利技术属性】
技术研发人员：张凤，刘向，张馨尹，
申请(专利权)人：兰州大学，
类型：发明
国别省市：