一种结合个体系谱信息进行群体分组的基因组选择方法技术

本发明专利技术提出一种结合个体系谱信息进行群体分组的基因组选择方法，该方法采用GBLUP算法和群体分组相结合的策略。首先利用GBLUP算法估计个体的育种值以代替个体表型；依据系谱信息，对群体进行分组(同父本组、同母本组和全同胞组)，进行模型拟合，根据拟合参数选择群体最佳分组。随后利用BLUP算法计算群体的组间育种值和组内育种值，并转化组内育种值，最终获得个体的估计育种值。本方法利用系谱内的遗传信息来减少噪声数据对遗传模型的影响，提高育种值估计和预测的准确度。另一方面，该方法可选择对亲本和部分个体进行基因组测序，从而减少基因组测序个体数量，保持一定的准确度的前提下，降低测序成本。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及动植物基因组选择育种，特别是一种结合个体系谱信息进行群体分组的基因组选择方法。

技术介绍

1、基因组选择技术是一种基于全基因组分子标记信息的育种方法，已在动植物育种领域中得到广泛应用。随着建设国家特色种业资源的重要性日益突出，培育具有自主知识产权的品种资源已刻不容缓。传统育种方法在低遗传力且遗传基础复杂的经济性状上表现不佳，基因组选择技术的提出可加速育种进展。基因组选择技术主要通过利用个体的全基因组标记信息来估计或预测个体的育种值，允许育种者在个体尚未表现出表型时就进行选择，从而大大缩短了育种周期，提高了育种效率。此外，基因组选择还可以减少对表型数据的依赖，降低了育种成本，尤其是在那些难以或成本高昂获取表型数据的性状上。

2、尽管基因组选择育种具有显著的优势，但它也面临着一些挑战。首先，测序成本是全基因组选择的主要经济障碍之一。尽管近年来基因组测序技术的成本已经显著下降，但为保证全基因组选择育种的准确性和可靠性，要求参考群体的个体数量达到足够规模并且对参考群体需要不断进行更新，这需要大量的资金投入。对于资源有限的育种项目或育种机构本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种结合个体系谱信息进行群体分组的基因组选择方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的一种结合个体系谱信息进行群体分组的基因组选择方法，其特征在于，所述的步骤(1)中亲缘关系矩阵H的构建具体为；对于个体的系谱数据通过Henderson法构建个体之间的A矩阵，利用nadiv软件包的makeA函数实现；对于个体的基因型数据进行数值化，基因型AA、Aa和aa分别转化为0、1和2，通过VanRaden方法构建个体之间的G矩阵，利用sommer软件包中的A.mat函数实现；利用Legarra方法将个体的A矩阵和G矩阵进行结合，构建包含所有个体的亲缘关键矩阵H，构建H...

【技术特征摘要】

1.一种结合个体系谱信息进行群体分组的基因组选择方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的一种结合个体系谱信息进行群体分组的基因组选择方法，其特征在于，所述的步骤(1)中亲缘关系矩阵h的构建具体为；对于个体的系谱数据通过henderson法构建个体之间的a矩阵，利用nadiv软件包的makea函数实现；对于个体的基因型数据进行数值化，基因型aa、aa和aa分别转化为0、1和2，通过vanraden方法构建个体之间的g矩阵，利用sommer软件包中的a.mat函数实现；利用legarra方法将个体的a矩阵和g矩阵进行结合，构建包含所有个体的亲缘关键矩阵h，构建h矩阵的公式如下：

3.根据权利要求1所述的一种结合个体系谱信息进行群体分组的基因组选择方法，其特征在于，所述的步骤(2)中gblup算法估计和预测所有个体的育种值；gblup算法的模型表达式如下：

4.根据权利要求1所述的一种结合个体系谱信息进行群体分组的基因组选择方法，其特征在于，...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘航，王欢欢，李庆海，魏莹辉，王彦芦，张伟武，张雷，葛莹，范京辉，
申请(专利权)人：杭州市农业科学研究院，
类型：发明
国别省市：