一种中国南瓜SNP分子标记组合、SNP芯片及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种中国南瓜SNP分子标记组合、SNP芯片及其应用，涉及生物技术领域。该南瓜SNP分子标记组合包括20213个SNP分子标记，所述20213个SNP分子标记的位点信息是基于南瓜参考基因组“Cmoschata_genome_v1.fa.gz”进行序列比对确定的，所述位点信息如说明书表1所示。其可以对南瓜品种资源分子标记指纹分析、对杂交群体后代基因型鉴定、对品种真实性鉴定、对育种材料遗传背景分析和筛选、对全基因组进行关联分析、对种质资源遗传多样性分析、亲缘关系鉴定，为南瓜高通量基因分型、基因定位、指纹印迹、全基因组选择等分子育种研究提供不可或缺的重要工具。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物，具体涉及一种中国南瓜snp分子标记组合、snp芯片及其应用。

技术介绍

1、南瓜(cucurbita moschata)是一种重要瓜类蔬菜，育种基础研究远落后于葫芦科其他主要瓜类蔬菜，面临品质、产量、抗性不稳定等问题。利用分子育种等现代生物学手段培育优质、高产的中国南瓜新品种，对于提升南瓜育种技术水平及加快南瓜优异新品种的培育具有重要意义。

2、目前中国南瓜的分子研究主要采用简单重复序列(simple sequence repeat，ssr)标记、简单重复序列区间(inter-simple sequence repeat，issr)标记、扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism，aflp)标记、随机扩增多态性标记(random amplified polymorphism dna，rapd)标记等分子标记技术。ssr通量低，研发成本高，不适用于大规模的商业鉴定；rapd标记为显性标记，不能区分显性纯合和杂合基因型，结果的重复性较差；issr、aflp等标记技术虽然简单实本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种南瓜SNP分子标记组合，其特征在于，包括20213个SNP分子标记，所述20213个SNP分子标记的位点信息是基于南瓜参考基因组“Cmoschata_genome_v1.fa.gz”进行序列比对确定的，所述位点信息如说明书表1所示。

2.一种南瓜SNP芯片，其特征在于，所述SNP芯片包括用于检测权利要求1所述的南瓜SNP分子标记组合的引物组和/或探针。

3.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含权利要求2所述的南瓜SNP芯片。

4.权利要求1所述的南瓜SNP分子标记组合、权利要求2所述的南瓜SNP芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在南瓜群...

【技术特征摘要】

1.一种南瓜snp分子标记组合，其特征在于，包括20213个snp分子标记，所述20213个snp分子标记的位点信息是基于南瓜参考基因组“cmoschata_genome_v1.fa.gz”进行序列比对确定的，所述位点信息如说明书表1所示。

2.一种南瓜snp芯片，其特征在于，所述snp芯片包括用于检测权利要求1所述的南瓜snp分子标记组合的引物组和/或探针。

3.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含权利要求2所述的南瓜snp芯片。

4.权利要求1所述的南瓜snp分子标记组合、权利要求2所述的南瓜snp芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在南瓜群体结构分析中的应用。

5.权利要求1所述的南瓜snp分子标记组合、权利要求2所述南瓜snp芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在南瓜的全基因组关联分析中的应用。

6.权利...

【专利技术属性】
技术研发人员：雷雨婷，韩小霞，麻明英，汪端华，胡新军，杨建国，李勇奇，闵子扬，李倩，曹明月，肖高泓，唐顺学，
申请(专利权)人：华智生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：