一种用于18S rRNA基因测序的通用引物制造技术

本发明专利技术公开了一种用于18S rRNA基因测序的通用引物。所述的通用引物为：415F：5'‑GCAGGCGCGNAAHTTDCCCA‑3'，2068R：5'‑GGTTCMCCTACVRHWRCCTTGTTAYGAC‑3'。本发明专利技术的优点：一是设计了一种扩增真核生物的种类更广且扩增产物片段较长的18S rR NA基因三代测序通用引物，这有助于更深入地进行真核生物多样性的研究。二是在引物上添加M13通用引物序列，可以直接使用M13通用引物进行Sanger测序，这一改进适用于真核生物的鉴定，尤其对病原鞭毛虫，如贾第鞭毛虫和阴道毛滴虫等的快速准确鉴定具有显著效果，有助于提升诊断的准确性和效率。三是发明专利技术了一种直接以真核细胞为模板进行PCR的方法，不仅提高了PCR鉴定的效率，同时也具有操作简便、成本低廉的优点。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术生物化工领域，具体涉及一种用于18s rrna基因测序的通用引物。

技术介绍

1、扩增子测序利用合适的通用引物扩增环境中微生物的16s rrna、18s rrna、its或功能基因的高变区，通过高通量测序技术进行测序。在揭示环境样品中微生物的多样性和功能方面发挥了重要作用。该技术广泛应用于：研究宿主(人体、动物和植物)与微生物之间的互作，探索二者共生机制；研究不同环境样品(土壤、淤泥、空气、深海、废水、热泉等)的群落多样性，以揭示环境样品中的微生物种类及其与环境因子之间的关系；通过对疾病相关基因进行测序，用于疾病的诊断和预测；通过对功能基因(硝化、反硝、固氮等)进行测序，进行特殊功能菌的挖掘与开发。

2、随着测序技术的发展，测序通量逐渐增高，同时扩增片段长度也在增大，二代测序的读长只能达到数百bp，而三代测序可到数几十kb以上。因此，利用三代技术进行扩增子测序可以得到更多的遗传信息。进行扩增子测序的第一步是进行pcr扩增，因此引物的选择是扩增子测序成功的关键步骤之一。以白蚁肠道原生动物的研究为例。在白蚁肠道中，存在两类原生动物：副基体本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种用于18S rRNA基因测序的通用引物，其特征在于，所述的通用引物为：415F：5'-GCAGGCGCGNAAHTTDCCCA-3'，2068R：5'-GGTTCMCCTACVRHWRCCTTGTTAYGA C-3'，其中，简并碱基代码如下：N：A/T/C/G；H：A/T/C；D：A/T/G；V：A/G/C；M：A/C；R：A/G；W：A/T；Y：C/T。

2.根据权利要求1所述的通用引物，其特征在于，可以在415F引物序列前加M13F序列：GTAAAACGACGGCCAGT；在2068R引物序列前加M13R序列：CAGGAAACAGCTA TGAC。

3...

【技术特征摘要】

1.一种用于18s rrna基因测序的通用引物，其特征在于，所述的通用引物为：415f：5'-gcaggcgcgnaahttdccca-3'，2068r：5'-ggttcmcctacvrhwrccttgttayga c-3'，其中，简并碱基代码如下：n：a/t/c/g；h：a/t/c；d：a/t/g；v：a/g/c；m：a/c；r：a/g；w：a/t；y：c/t。

2.根据权利要求1所述的通用引物，其特征在于，可以在415f引物序列前加m13f序列：gtaaaacgacggccagt；在2068r引物序列前加m13r序列：caggaaacagcta tgac。

3.一种用于18s rrna基因测序的试剂盒，其特征在于，含有权利要求1或2所述的通用引物。

4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述的试剂盒还含有pcr扩增试剂。

5.一种18s rrna基因的扩增方法，其特征在于，是以基因组dna为模板，利用权利要求1或2所述的通用引物进行扩增。

6.根据权利要求5所述的扩增方法，其特征在于，是原生动物18s rrna基因的扩增方法，所述的以基因组dna为模板是将挑选出的目标原生动物1μl转至含2.5μl的0.2％sds(w/v)的0.2mlpcr管中，再加入1.5μl的无菌水，裂解条件...

【专利技术属性】
技术研发人员：杜贺，莫振钻，李志强，岑伊静，
申请(专利权)人：广东省科学院动物研究所，
类型：发明
国别省市：