【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
专利
本专利技术涉及用于表征靶核酸的方法。
技术介绍
0、专利技术背景
1、核酸表征和定量是各种科学技术的核心，并支持基因组和转录组学研究。用于表征和定量核酸的传统方法通常需要费力的样品制备，并且常常涉及酶介导的扩增或逆转录步骤，这些步骤固有地易受酶偏倚诱导的错误的影响。
2、天然rna转录物同种型的准确表征和定量对于理解转录组多样性和基因表达网络是至关重要的。本领域已知的各种方法，例如rna-seq，依赖于天然rna转录物的逆转录以产生互补dna(cdna)，然后将其扩增和测序。这些方法遭受与酶(例如逆转录酶和聚合酶)偏倚相关的错误，导致低再现性和不一定反映先天转录组多样性的结果。
3、已经开发了基于纳米孔的测序方法，其允许rna(例如rna转录物)的直接测序。然而，这些方法面临与纳米孔移位酶偏倚、低质量读取和rna的5'端不一致的测序相关的挑战。
4、本领域需要不依赖于费力的样品制备和酶处理步骤的快速且可靠的核酸表征和定量方法。在sars-cov-2大流行期间，强烈感受到了这些需...
【技术保护点】
1.一种用于表征靶核酸的方法，该方法包括步骤：
2.权利要求1的方法，其中结构单元中的一个或多个由线性化单元提供。
3.权利要求2的方法，其中线性化单元中的一个或多个包含：(i)对接链，其具有与靶核酸的不同区域互补的区域和突出端区域；和(ii)标记链，其与对接链的突出端区域互补并且包含标记。
4.权利要求2或3的方法，其中线性化单元中的一个或多个包含对接链，所述对接链具有与靶核酸的不同区域互补的区域和标记区域。
5.前述任一项权利要求的方法，其中线性化单元中的一个或多个被靶核酸的单链区域隔开，并且其中结构单元中的一个或多...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种用于表征靶核酸的方法，该方法包括步骤：
2.权利要求1的方法，其中结构单元中的一个或多个由线性化单元提供。
3.权利要求2的方法，其中线性化单元中的一个或多个包含：(i)对接链，其具有与靶核酸的不同区域互补的区域和突出端区域；和(ii)标记链，其与对接链的突出端区域互补并且包含标记。
4.权利要求2或3的方法，其中线性化单元中的一个或多个包含对接链，所述对接链具有与靶核酸的不同区域互补的区域和标记区域。
5.前述任一项权利要求的方法，其中线性化单元中的一个或多个被靶核酸的单链区域隔开，并且其中结构单元中的一个或多个由所述靶核酸的单链区域形成的二级结构提供。
6.前述任一项权利要求的方法，其中线性化单元提供一种或多种结构色，其中每种结构色包含：(a)可作为单一信号检测的整数个相邻结构单元；和/或(b)提供与其他结构单元和/或结构色不同的信号的结构单元。
7.前述任一项权利要求的方法，其中所述方法包括检测沿着靶核酸的结构单元和/或结构色的序列。
8.前述任一项权利要求的方法，其中靶核酸是rna，任选地其中靶核酸选自单链rna(ssrna)、前mrna、mrna、mirna和非编码rna。
9.权利要求8的方法，其中靶核酸是rna转录物。
10.前述任一项权利要求的方法，其中所述方法包括表征多于一种靶核酸。
11.权利要求3-10任一项的方法，其中标记链包含结构标记、化学标记和/或荧光标记。
12.权利要求11的方法，其中标记链包含配体标记。
13.权利要求12的方法，其中所述方法还包括使靶核酸与配体的受体接触，并且其中检测结构单元和/或结构色包括检测配体/受体复合物。
14.权利要求12或权利要求13的方法，其中配体是生物素，并且受体选自链霉抗生物素蛋白、中性抗生物素蛋白、链霉亲和素和抗生物素蛋白。
15.权利要求13的方法，其中配体是抗原，并且受体是抗体。
16.权利要求11的方法，其中标记链包含荧光标记。
17.权利要求11的方法，其中标记链包含dna纳米结构；任选地，其中dna纳米结构是dna长方体。
18.权利要求4-17任一项的方法，其中标记区域包含结构标记，任选地其中结构标记是核酸纳米结构，如dna双发夹结构。
19.前述任一项权利要求的方法，其中使用基于纳米孔的检测方法检测沿着靶核酸的结构单元。
20.权利要求16的方法，其中使用基于荧光的检测方法检测沿着靶核酸的结构单元和/或结构色，任选地其中基于荧光的检测方法包括荧光显微术。
21.前述任一项权利要求的方法，其中通过尺寸特异性读出方法检测沿着靶核酸的结构单元和/或结构色，任选地其中尺寸特异性...
【专利技术属性】
技术研发人员：乌尔里希·凯泽，菲利普·波斯科维奇，
申请(专利权)人：剑桥企业有限公司，
类型：发明
国别省市：
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