通过分区中条码珠共定位生成核苷酸序列制造技术

技术编号:42232564 阅读:36 留言:0更新日期:2024-08-02 13:47
本申请涉及通过分区中条码珠共定位生成核苷酸序列。比较来自根据基于分区的条码化进行的测序的共有测序读数可以用于改善测序结果。增加各分区条码的负载也可以改善测序结果。

【技术实现步骤摘要】


技术介绍

1、偶联寡核苷酸的珠被用于测序样品制备应用(prep application),诸如具有许多不同分区(partition)(例如,液滴)的高通量单细胞分析。为了独特地鉴定各分区,可以用独特的条码序列标记珠。然而,为了确保分区仅有一个珠并因此被条码所独特地标记,通常调整珠浓度以使仅有约十分之一的分区被珠所占据。这导致分区的低利用率,样品损失并且增加检测样品所需的试剂和样品的量。增加珠浓度将导致较高的分区占用率以及更大的分区利用率。分区的利用率将增加,样品损失将减少,并且检查样品所需的试剂和样品的量将减少。相反地,较高的珠浓度将导致更多数量的分区具有超过一个珠。因此,一些划分的样品将被超过一个条码标记。在这些情况中的某些情况下,分区中的样品将在超过一个条码之间分割,从而导致各条码灵敏度的预期损失,例如,因为单个分区生成了超过一个数据点而所导致的某些数据点的过度展示(overrepresentation)。


技术实现思路

0、专利技术概述

1、在一些实施方式中,提供了生成dna模板核苷酸序列本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种从来自细胞的DNA生成DNA模板核苷酸序列的方法,所述方法包括:

2.一种区分源自不同分区的差异性条码化序列读数与具有不同条码但源自同一分区的序列读数的方法,所述方法包括:

3.如权利要求2所述的方法,其中,至少大部分与颗粒关联的所述多个寡核苷酸引物包含相同的条码序列。

4.如权利要求2所述的方法,其中,在进行划分前,所述样品DNA已经亚硫酸氢盐处理,其中亚硫酸氢盐改变未甲基化的胞嘧啶,但是不改变甲基化的胞嘧啶。

5.如权利要求2所述的方法,其还包括生成所述样品DNA的核苷酸序列,其中生成所述核苷酸序列包括将具有确定处于同一分区的不...

【技术特征摘要】

1.一种从来自细胞的dna生成dna模板核苷酸序列的方法,所述方法包括:

2.一种区分源自不同分区的差异性条码化序列读数与具有不同条码但源自同一分区的序列读数的方法,所述方法包括:

3.如权利要求2所述的方法,其中,至少大部分与颗粒关联的所述多个寡核苷酸引物包含相同的条码序列。

4.如权利要求2所述的方法,其中,在进行划分前,所述样品dna已经亚硫酸氢盐处理,其中亚硫酸氢盐改变未甲基化的胞嘧啶,但是不改变甲基化的胞嘧啶。

5.如权利要求2所述的方法,其还包括生成所述样品dna的核苷酸序列,其中生成所述核苷酸序列包括将具有确定处于同一分区的不同条码的测序读数视为来自同一分区,从而生成dna模板的核苷酸序列。

6.如权利要求2所述的方法,其中至少10%的所述分区具有超过一个颗粒/分区。

7.如权利要求5所述的方法,其中,生成所述核苷酸...

【专利技术属性】
技术研发人员:R·雷伯弗斯基A·科韦J·陈Z·伯克特郑旻
申请(专利权)人:生物辐射实验室股份有限公司
类型:发明
国别省市:

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