一种甲基化和基因突变同时放大检测的方法技术

本发明专利技术提供一种甲基化和基因突变同时放大检测的方法，所述方法包括以下步骤：S1：对待测核酸样本进行酶处理，使所述待测核酸样本中发生甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶；S2：设置反应体系，以步骤S1处理后的核酸样本为模板，加入特异性检测甲基化和基因突变的引物和协同信号放大的抑制探针；S3：进行qPCR反应，通过探针放大策略将突变模板、甲基化模板、或突变和甲基化模板扩增信号放大，实现甲基化和基因突变的同时放大检测。根据本发明专利技术方法，实现了在同一个体系中同模板以及不同模板上甲基化和基因突变的同时检测，通过探针放大策略实现了低丰度甲基化和基因突变的同时检测，具有提高的检测灵敏度，有效提高了基因检测的效率。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物信息学，更具体地涉及一种甲基化和基因突变同时放大检测的方法。

技术介绍

1、甲基化是一种生物化学过程，其中甲基基团(-ch3)被添加到dna分子的特定位置上的胸腺嘧啶(cytosine)碱基上。这一过程由甲基转移酶催化，将甲基基团添加到胸腺嘧啶环的5位碳上，形成5-甲基胸腺嘧啶。dna甲基化通常发生在cpg位点(胸腺嘧啶和鸟嘌呤通过磷酸二酯键连接的序列)，在非cpg位点也有发生，如chg和chh的胸腺嘧啶碱基上。基因沉默和表观遗传调控：甲基化通常会导致基因的沉默或表达受抑制，尤其是当甲基化发生在基因的启动子区域时。在正常细胞中，这种沉默可能是维持基因组稳定性和细胞分化的一种机制。在癌症细胞中，这种甲基化模式可能发生异常，导致关键的抑癌基因(肿瘤抑制基因)的沉默，或者使癌基因(促癌基因)过度活化。这些变化可以促进癌症的发生和发展。甲基转移酶的异常表达：异常表达的甲基转移酶可能导致甲基化水平的改变，进而影响基因组稳定性和基因表达调控。在一些癌症中，甲基转移酶的过度表达或缺失可能与癌症发生和进展相关联。许多肿瘤抑制基因在癌症中被发现呈现甲基化状本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种甲基化和基因突变同时放大检测的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S1中，所述待测核酸样本包括：DNA、RNA或DNA与RNA的混合物，所述待测核酸样本的来源包括：人体、动物体或人工合成。

3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，步骤S1中，所述甲基化包括CpG位点甲基化、CHG位点甲基化和CHH位点甲基化；所述基因突变包括：核酸上的碱基替换、缺失或插入。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S2中，引物的设计原则包括：1)引物与模板结合的碱基范围在10-50bp，在25-75℃的温度范...

【技术特征摘要】

1.一种甲基化和基因突变同时放大检测的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤s1中，所述待测核酸样本包括：dna、rna或dna与rna的混合物，所述待测核酸样本的来源包括：人体、动物体或人工合成。

3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，步骤s1中，所述甲基化包括cpg位点甲基化、chg位点甲基化和chh位点甲基化；所述基因突变包括：核酸上的碱基替换、缺失或插入。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤s2中，引物的设计原则包括：1)引物与模板结合的碱基范围在10-50bp，在25-75℃的温度范围内以及聚合酶作用条件下，引物可以有效地与模板结合并在聚合酶的条件下延伸，2)引物与模板实现特异性结合，3)引物与抑制探针可以有部分序列重合或没有重合序列；抑制探针的设计原则包括：1)抑制探针与模板实现特异性结合，结合的碱基范围在8-60bp，2)单个抑制探针可以同时覆盖基因突变位点和甲基化位点，或多个抑制探针分别覆盖基因突变位点和甲基化位点，3)抑制探针末端使用官能团修饰抑制聚合酶的延伸。

5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤s3中，所述qpcr反应中所用引物和抑制探针的浓度分别为0.01μm-10μm和0.02μm-20μm；所述qpcr反应中所用聚合酶的类型为非udg酶，该聚合酶不能催化水解含有尿嘧啶的dna链的尿嘧啶碱基和糖磷酸骨架的n-糖苷键，并不能释放游离尿嘧啶。

6.如权利要求1...

【专利技术属性】
技术研发人员：宋萍，赵海培，沈虹雨，
申请(专利权)人：上海交通大学，
类型：发明
国别省市：