一种基于分子印章的空间组学方法及其应用研究技术

本发明专利技术属于空间组学技术领域，涉及一种基于分子印章的空间组学研究方法，具体地，涉及一种基于DNA条形码的分子印章、基于分子印章的细胞空间定位方法、细胞核空间定位方法及其空间组学测序应用。基于DNA条形码分子印章的制备方法包括：DNA条形码加入水凝胶中，利用水凝胶的可逆性制备分子印章；通过物理或化学方法刺激，释放水凝胶中的DNA条形码，对待测组织切片进行空间编码；将被标记的组织解离成单细胞悬浮液或单细胞核悬浮液；对单细胞/单细胞核进行测序，以确定细胞空间位置和基因表达信息。本发明专利技术的细胞空间定位方法及空间组学测序方法，具有操作简单、成本低廉、分辨率高、扩展性强等优点，应用范围广泛。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于空间组学，涉及一种基于分子印章的具有单细胞分辨率的空间组学方法。具体地，涉及一种基于水凝胶-dna条形码的分子印章、使用该分子印章的细胞空间定位方法和单细胞测序应用、细胞核空间定位方法及单细胞核测序应用。

技术介绍

1、人体中所有细胞都携带相同的遗传信息，但是可以分化成各种不同的细胞类型和组织。例如，组织由多种细胞类型组成，每种类型都有特定的谱系和功能。并且，相同类型的细胞亚组在遗传上也会彼此异质，从而表现出细胞异质性。为了深入了解细胞的异质性和多样性，近年来，研究人员开发了多种高通量单细胞转录组测序技术(scrna-seq)来研究复杂组织细胞的基因表达差异。然而，scrna-seq虽然可以在单个实验中分析成千上万个细胞的转录组，但它需要在测序文库制备之前将组织机械分离或酶解消化成单细胞悬浮液，从而导致细胞原始位置信息的丢失。

2、由于在多细胞系统中，细胞不是孤立地起作用，而是受到空间位置和周围环境的强烈影响。因此，空间基因表达异质性在一系列生物学、生理学和病理学过程中起着至关重要的作用。例如，肿瘤微环境中不同种类细胞的分布和基因本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种基于分子印章的空间组学测序方法，其特征在于，包括如下步骤：

2.根据权利要求1所述的基于分子印章的空间组学测序方法，其特征在于，所述DNA条形码X或所述DNA条形码Y的5’端修饰有疏水分子或亲和分子；优选的，所述疏水分子或亲和分子为抗体、胆固醇、磷脂、木蜡酸酰胺中的任一种。

3.根据权利要求1所述的基于分子印章的空间组学测序方法，其特征在于，所述第一序列为polyA结构，所述第二序列为polyT结构。

4.根据权利要求1所述的基于分子印章的空间组学测序方法，其特征在于，步骤(1)或步骤(2)中所述微孔芯片或微流控芯片的微孔孔径或通道直径为100...

【技术特征摘要】

1.一种基于分子印章的空间组学测序方法，其特征在于，包括如下步骤：

2.根据权利要求1所述的基于分子印章的空间组学测序方法，其特征在于，所述dna条形码x或所述dna条形码y的5’端修饰有疏水分子或亲和分子；优选的，所述疏水分子或亲和分子为抗体、胆固醇、磷脂、木蜡酸酰胺中的任一种。

3.根据权利要求1所述的基于分子印章的空间组学测序方法，其特征在于，所述第一序列为polya结构，所述第二序列为polyt结构。

4.根据权利要求1所述的基于分子印章的空间组学测序方法，其特征在于，步骤(1)或步骤(2)中所述微孔芯片或微流控芯片的微孔孔径或通道直径为100μm～10μm，优选的微孔孔径或通道直径为10μm。

5.根据权利要求1所述的基于分子印章的空间组学测序方法，其特征在于，步骤(1)或步骤(2)中所述凝胶选自明胶水凝胶、琼脂糖水凝胶，聚丙烯酰胺凝胶、海藻酸钠凝胶、温敏水凝胶、多糖水凝胶、透明质酸水凝胶、葡聚糖水凝胶、共聚物水凝胶中的一种或多种；优选的，所述凝胶为明胶水凝胶或琼脂糖水凝胶。

6.根据权利要求...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨朝勇，吴玲玲，曹姣，
申请(专利权)人：上海交通大学医学院附属仁济医院，
类型：发明
国别省市：