一种GWAS相关位点批量t检验的方法技术

本发明专利技术公开了一种GWAS相关位点批量t检验的方法，首先将所有待计算的显著相关位点保存在同一个文本文件中，所有的位点按Chr:position命名，每行一个位点。再将表型数据保存为文本文件，每行一个材料，分别为材料名和表型值，用制表符分隔，缺失值用NA表示，文件命名为phe。变异位点文件命名为vcf。将显著相关位点文件、vcf文件和表型文件phe放在同一个文件夹中，运行脚本1，运行命令为：sh t‑test2.sh显著位点文件名，程序将会自动运行，运行完毕后得到每个显著位点的t检验结果文件，文件命名格式为“Chr_position.t‑test.out”。本方法不受计算的显著位点数目的限制，运行效率高；可对GWAS计算结果中的显著位点进行批量t检验。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物，涉及一种gwas相关位点批量t检验的方法。

技术介绍

1、全基因组关联分析(genome-wide association study，gwas)是指在全基因组范围内，对群体进行全基因组变异扫描，进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析，寻找与表型性状相关的基因变异的技术。gwas最先应用于人类的疾病研究，已成为研究基因与复杂疾病关联的重要方法之一，同时也为基因诊断和个性化治疗提供了理论基础。作物的许多重要性状如产量、品质和抗病性、抗逆性是由多个基因共同控制决定的数量性状，受许多形态、生理和农艺性状的影响。近年来，随着高通量测序和高密度snp基因分型等技术的快速发展，全基因组关联分析已广泛应用于水稻、玉米、小麦、棉花、大豆等作物复杂性状的遗传解析。检测与目标性状关联的区域与位点，探究相关性状形成的分子机制，挖掘鉴定与重要性状关联的等位变异和候选基因，可以为作物的改良提供指导。

2、作物由于其本身的优势，gwas可以在不同环境条件下，对多种性状多年重复考察，能够充分利用群体在长期自然进化和人工选择过程中所积累的重组信息，可以显本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种GWAS相关位点批量t检验的方法，其特征在于，包括如下步骤：

2.根据权利要求1所述的一种GWAS相关位点批量t检验的方法，其特征在于，所述脚本1，是基于如下原理进行编程的：

3.根据权利要求2所述的一种GWAS相关位点批量t检验的方法，其特征在于，所述脚本2，是基于如下原理进行编程的：

4.根据权利要求2所述的一种GWAS相关位点批量t检验的方法，其特征在于，所述脚本3，是基于如下原理进行编程的：

【技术特征摘要】

1.一种gwas相关位点批量t检验的方法，其特征在于，包括如下步骤：

2.根据权利要求1所述的一种gwas相关位点批量t检验的方法，其特征在于，所述脚本1，是基于如下原理进行编程的：

3.根据权利要求...

【专利技术属性】
技术研发人员：王琼，陈华涛，张红梅，张威，刘晓庆，
申请(专利权)人：江苏省农业科学院，
类型：发明
国别省市：