用于高重复大基因组燕麦野生种单染色体图谱构建的探针和方法技术

本发明专利技术公开了高重复序列大基因组物种的单染色体图谱构建的探针组制备方法、探针组序列和图谱构建方法，属于基因工程技术领域。探针序列为OMIX数据库https://ngdc.cncb.ac.cn/omix/的登录号为OMIX006067所包含的全部序列或其反向互补序列。本发明专利技术公开的探针组和方法具有高密度、长区间，达到信号清晰可视化的效果，可应用于植物染色体结构变异分析和种植资源的辅助挖掘。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于染色核酸探针制备及检测，具体涉及高重复序列大基因组物种的单染色体图谱构建的探针组和方法。

技术介绍

1、荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization,fish)，在核型进化研究中发挥重要作用。由于燕麦基因组庞大(11.0gb)，重复比例高(>80％)，限制了燕麦基础生物学以及分子育种的发展。寡核苷酸(oligonucleotide,oligo)探针库包括单链探针库和双链探针库。单链探针库通过将目标文库转录为rna再反转录为cdna，标记荧光基团后获得，例如，在水稻(oryza sativa)和土豆(solanum tuberosum)染色体重排中的应用(doi:10.1534/genetics.117.300344；doi:10.1186/s12870-019-1769-z)，缺点是探针库制备流程繁琐且所用试剂昂贵。双链探针库通过pcr扩增可快速获得，适用于大型基因组(>3.5gb)，缺点是不同物种之间通用性低、探针库设计屏蔽重复序列较彻底、白片制片质量要求高等。>

2、断裂和重本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种高重复序列大基因组物种的染色体荧光标记探针组的设计方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

2.用于高重复序列大基因组物种的染色体荧光标记的探针组，其特征在于，所述探针组是根据权利要求1所述方法来设计获得的。

3.根据权利要求2所述的探针组，其特征在于，所述探针组包含4个探针库的至少1个，所述4个探针库分别为G12405、G16009、R41087和R416126，四个探针库对应的参考基因组区间如下表所示，且每个探针库由下表对应染色体区间的全部探针组成：

4.根据权利要求3所述的探针组，其特征在于，所述探针组包含G12405、G16009、R4...

【技术特征摘要】

1.一种高重复序列大基因组物种的染色体荧光标记探针组的设计方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

2.用于高重复序列大基因组物种的染色体荧光标记的探针组，其特征在于，所述探针组是根据权利要求1所述方法来设计获得的。

3.根据权利要求2所述的探针组，其特征在于，所述探针组包含4个探针库的至少1个，所述4个探针库分别为g12405、g16009、r41087和r416126，四个探针库对应的参考基因组区间如下表所示，且每个探针库由下表对应染色体区间的全部探针组成：

4.根据权利要求3所述的探针组，其特征在于，所述探针组包含g12405、g16009、r41087和r416126四个探针库。

5.权利要求2所述的探针组，在植...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘青，叶绿涵，JSH·哈里森，李明智，
申请(专利权)人：中国科学院华南植物园，
类型：发明
国别省市：