【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及合成生物领域,尤其涉及基于ai改进的基因设计方法及平台。
技术介绍
1、目前在分子生物学、合成生物学科研领域,需要对设计的基因序列以及提取的宏基因组序列样本需要依次进行解读比对、基因转录成mrna、mrna翻译成氨基酸序列、确认基因序列对应的蛋白质功能是否是需要的等环节,各环节的实现需要基因库作为数据基础,目前,常见基因库有人类基因库grch38、小鼠基因库mm10、ncbi等,ncbi、pdb、uniprot、interpro、dsemr、biox finder、pfam等蛋白库以及相关的专业数据库,数据量在t以上,而且还有专业文献库和期刊数据库等。
2、在上述的各个环节也有相应的各种开源软件,比如trimmomatic用于宏基因组数据的质量控制、bowtie2用于基因数据比对、megahit用于基因组装、me tawrap用于基因数据分箱、jackhmmer用于同源蛋白质比对、pdbfixer用于蛋白质数据修复、hhsuite用于蛋白质功能搜索、alphafold、esmfold用于蛋白质结构预测。
...【技术保护点】
1.基于AI改进的基因设计方法,其特征在于,包括以下步骤:
2.根据权利要求1所述的基因设计方法,其特征在于,所述分别建立基因和蛋白质的本地数据库,包括以下步骤:
3.根据权利要求2所述的基因设计方法,其特征在于,所述步骤S13包括:
4.根据权利要求1所述的基因设计方法,其特征在于,所述建立专业文献数据库,包括以下步骤:
5.根据权利要求1所述的基因设计方法,其特征在于,所述基因设计或者样品采样自动选取,包括:
6.根据权利要求1所述的基因设计方法,其特征在于,所述步骤S4包括:
7.根据权利要
...【技术特征摘要】
1.基于ai改进的基因设计方法,其特征在于,包括以下步骤:
2.根据权利要求1所述的基因设计方法,其特征在于,所述分别建立基因和蛋白质的本地数据库,包括以下步骤:
3.根据权利要求2所述的基因设计方法,其特征在于,所述步骤s13包括:
4.根据权利要求1所述的基因设计方法,其特征在于,所述建立专业文献数据库,包括以下步骤:
5.根据权利要求1所述的基因设计方法,其特征在于,所述基因设计或者样品采样自动选取,包括:
6.根据权利要求1所述的基因设计方法,其特征在于,所述步骤s4...
【专利技术属性】
技术研发人员:李进,
申请(专利权)人:成汤碳能成都科技有限公司,
类型:发明
国别省市:
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