极微量食管鳞癌组织ATAC-seq测序文库的构建方法技术

本发明专利技术涉及分子生物学技术领域，具体公开了极微量食管鳞癌组织ATAC‑seq测序文库的构建方法，先利用消化组织制备细胞悬浮液，再从细胞悬浮液中提取细胞核，将提取的细胞核进行转座和纯化，以获得纯化物，然后再将纯化物进行PCR富集，构建文库并进行片段筛选，最后对筛选后片段进行文库质检，获得测序文库，通过此方式可以从极微量的食管鳞癌组织中提取出目标DNA或RNA，通过纯化和富集的步骤来增加目标DNA或RNA的浓度，使其达到检测的限量，并进行筛选和质检，从而解决对于极微量组织样本的限制，使其能够解决对极微量（≤5mg）食管鳞癌组织并不适用的问题。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于分子生物学，具体涉及极微量食管鳞癌组织atac-seq测序文库的构建方法。

技术介绍

1、 atac-seq技术是一种表观遗传学研究技术,通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。然而,现有技术中绝大多数atac-seq实验都是首先通过流式细胞分选技术(facs)收集50 ,000个活细胞或者使用流式细胞核分选(fans)筛选50,000个细胞核进行实验,此项技术所需的工作量较大,成本太高,受众很窄,不适用于普通实验室大量进行atac-seq实验。

2、经检索，现有技术为专利文件申请号为201910213705.4，公开了一种适用于细胞系和动物组织atac-seq测序技术的文库构建方法，所述方法包括：1)收集细胞或动物组织，制备细胞悬液；2)加入含np40的裂解液，裂解细胞膜，获得细胞核并纯化；3)收集细胞核进行定量和细胞核完整性检测；4)完整细胞核中加入tn5转座酶进行转座反应并纯化；5)pcr扩增，构建二代文库并纯化；6)进行高通量测序，得到基因数据。该方法基于转座酶对本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.极微量食管鳞癌组织ATAC-seq测序文库的构建方法，其特征在于：包括如下步骤：

2.根据权利要求1所述的极微量食管鳞癌组织ATAC-seq测序文库的构建方法，其特征在于：步骤S1中，将新鲜食管鳞癌组织放入dissociation buffer中，36℃-38℃摇床100RPM-110RPM，55分钟-65分钟；加入wash medium, 3℃-4℃离心，500±5g，5分钟-7分钟；1.1ml上清，加50ul冰Stock Collagenase Type II Solution 和50ul冰Stock DispaseSolution，轻轻重悬，36℃-38℃摇床，10...

【技术特征摘要】

1.极微量食管鳞癌组织atac-seq测序文库的构建方法，其特征在于：包括如下步骤：

2.根据权利要求1所述的极微量食管鳞癌组织atac-seq测序文库的构建方法，其特征在于：步骤s1中，将新鲜食管鳞癌组织放入dissociation buffer中，36℃-38℃摇床100rpm-110rpm，55分钟-65分钟；加入wash medium, 3℃-4℃离心，500±5g，5分钟-7分钟；1.1ml上清，加50ul冰stock collagenase type ii solution 和50ul冰stock dispasesolution，轻轻重悬，36℃-38℃摇床，100rpm-110rpm，25分钟-35分钟；注射器轻轻吹打10次，摇匀， 3℃-4℃离心，500±g，5分钟-7分钟；轻轻重悬，将重悬液加入38um-40um过滤器过滤，检测滤液活细胞率和成团率。

3.根据权利要求2所述的极微量食管鳞癌组织atac-seq测序文库的构建方法，其特征在于：步骤s2中，所述细胞核在进行转座时，包括如下步骤：

4.根据权利要求3所述的极微量食管鳞癌组织atac-seq测序文库的构建方法，其特征在于：所述转座后dna在进行纯化时，包括如下步骤：

5.根据权利要求4所述的极微量食管鳞癌组织atac-seq测序文库的构建方法，其特征在于：步骤s3中，所述纯化物进行pcr富集时，先将纯化的dna产物为模板，配制pcr反应体系并进行pcr反应，然后再配制qpcr反应体系进行qpcr反应，根据qpcr反应结果预测需要添加的...

【专利技术属性】
技术研发人员：姜昊，邓昭敏，蒲璐，
申请(专利权)人：四川大学华西医院，
类型：发明
国别省市：