【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及基于探针捕获方法的生物素化寡核苷酸探针的制备方法和使用方法，其用于应用例如靶dna和rna测序，包括长读和短读二者。本文中考虑的方法是精简且成本有效二者兼备的。
技术介绍
1、靶向测序方法(包括基于杂交的策略)用于富集目的序列区(sequence regionsof interest，roi)的下一代测序(next-generation sequencing，ngs)结果(kozarewa etal.,2015)。在其众多应用中，靶向ngs作为用于诊断孟德尔病(mendelian disease)的相对成本有效的方法提供了巨大的潜力(sun,y.,et al.,2018)。例如，使用寡核苷酸(oligo)探针杂交进行的靶向测序可用于检测涉及一个或更多个外显子的疾病相关拷贝数变异(copynumber variant)(wallace&bean,2021)。然而，尽管有方法的进步，但用于靶向测序的商业生物素化探针仍然昂贵，这对于已经是劳动密集且耗时的靶向测序工作流程来说是重要的限制。因此，需要高效且成本有效的靶向测序...
【技术保护点】
1.制备生物素化寡核苷酸探针组的方法，所述方法包括：
2.权利要求1所述的方法，其中所述集合中的每种寡核苷酸为约60至150个核苷酸长。
3.权利要求1或2所述的方法，其中所述集合中的每种寡核苷酸在其5’末端包含能够与靶基因杂交的30至120个核苷酸的序列，并且在其3’末端包含30个核苷酸的引物结合位点。
4.权利要求3所述的方法，其中所述30个核苷酸的引物结合位点具有以下序列之一，所述序列取决于所使用的内切酶并且选自
5.权利要求3所述的方法，其中在所述寡核苷酸的集合中，所述30至120个核苷酸的5’末端序列平铺在每个
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.制备生物素化寡核苷酸探针组的方法，所述方法包括：
2.权利要求1所述的方法，其中所述集合中的每种寡核苷酸为约60至150个核苷酸长。
3.权利要求1或2所述的方法，其中所述集合中的每种寡核苷酸在其5’末端包含能够与靶基因杂交的30至120个核苷酸的序列，并且在其3’末端包含30个核苷酸的引物结合位点。
4.权利要求3所述的方法，其中所述30个核苷酸的引物结合位点具有以下序列之一，所述序列取决于所使用的内切酶并且选自
5.权利要求3所述的方法，其中在所述寡核苷酸的集合中，所述30至120个核苷酸的5’末端序列平铺在每个靶基因的序列上。
6.权利要求5所述的方法，其中所述寡核苷酸以约0.5×、1×或2×，或者大于0.5×、1×或2×的密度平铺在每个靶基因的序列上。
7.权利要求5所述的方法，其中寡核苷酸平铺在靶基因序列区上，所述靶基因序列区包括但不限于靶基因的基因组dna或rna序列，包含外显子序列或/和内含子序列。
8.权利要求1至7中任一项所述的方法，其中步骤(b)包括(i)将所述寡核苷酸的集合、所述引物、脱氧核苷酸和生物素化dntp(例如，生物素-dutp)混合，并将混合物在95℃下孵育2分钟，随后缓慢降(-0.1℃/秒)至4℃；以及(ii)添加单链dna结合蛋白和表现出5’至3’链置换活性的dna聚合酶，并在20℃至37℃的温度下孵育以进行初始引物延伸。
9.权利要求8所述的方法，其中具有5’至3’链置换活性的所述dna聚合酶包括但不限于klenow片段(3’→5’exo-)dna聚合酶；hemo klentaq dna聚合酶；bst dna聚合酶，大片段；bst dna聚合酶；bsu dna聚合酶，大片段；phi29 dna聚合酶；和(exo-)dna聚合酶。
10.权利要求1至9中任一项所述的方法，其中步骤(c)至(e)包括向反应添加切口酶，并在20℃至37℃的温度下孵育。
11.权利要求10所述的方法，其中所述孵育发生30分钟至24小时。
12.权利要求1至11中任一项所述的方法，其中步骤(d)和(e)在没有任何外源操作的情况下发生。
13.权利要求1至12中任一项所述的方法，其还包括(f)分离和/或纯化所述生物素化探针。
14.权利要求1至13中任一项所述的方法，其...
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