用于评估微生物与宿主细胞之间关联的评分方法和系统技术方案

技术编号:41739072 阅读:22 留言:0更新日期:2024-06-19 12:58
本发明专利技术提供了一种用于评估微生物与宿主细胞之间关联的评分方法、系统、设备、介质和程序产品,涉及生物学领域。所述方法包括:获取微生物GWAS数据、宿主单细胞转录组数据;采用多基因评分方法分析所述微生物GWAS数据,得到微生物和宿主基因关联的Z分数;基于所述Z分数筛选得到微生物相关基因;从所述单细胞转录组数据筛选出所述微生物相关基因的表达水平,根据表达水平量化得到原始细菌多基因评分,即第一原始BPS;如果所述第一原始BPS大于等于第一阈值,得到微生物与细胞之间关联强的结果。通过将scRNA‑seq技术和GWAS技术相结合,以研究与复杂疾病或肠道微生物显著相关的细胞群。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物学领域,更具体地,涉及一种用于评估微生物与宿主细胞之间关联的评分方法、系统、设备、介质和程序产品。


技术介绍

1、肠道微生物组组成的波动与多个人体器官的疾病或功能有关,但由于肠道微生物群的复杂组成和人体器官内细胞类型的多样化功能所产生的深刻复杂性,导致目前肠道微生物影响宿主或受宿主调控的细胞特异性和机制尚不明确。

2、现有的通过对动物模型和人类群体的观察研究已经证明某些肠道微生物具有显著的遗传效力,通过全基因组关联研究(gwas)区分影响肠道微生物群的宿主遗传风险位点的研究,确定了位于与肠粘膜屏障、免疫反应和物质代谢相关的基因中的许多遗传变异;研究发现宿主遗传学和肠道微生物之间的相互作用与人类疾病或表型相关,这表明疾病的遗传易感性可能是由肠道微生物介导的。因此,识别宿主遗传学和肠道微生物组之间的关联和相互作用可以为肠道微生物在人类疾病中的作用提供新的见解。但是由于遗传变异对基因表达谱的影响因组织和细胞类型而异,因此这些变异如何通过关键的生物途径调节特定组织或细胞类型中的肠道微生物组仍不清楚。

3、技术为揭示异质组织本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.用于评估微生物与宿主细胞之间关联的评分方法,其特征在于,所述方法包括:

2.根据权利要求1所述的用于评估微生物与宿主细胞之间关联的评分方法,其特征在于,所述方法还包括:

3.根据权利要求2所述的用于评估微生物与宿主细胞之间关联的评分方法,其特征在于,所述方法还包括:标准化所述第一原始BPS或第二原始BPS,得到标准BPS;如果所述标准BPS大于等于第二阈值,得到微生物和细胞关联强的结果;

4.根据权利要求1-3任一项所述的用于评估微生物与宿主细胞之间关联的评分方法,其特征在于,所述方法还包括:

5.根据权利要求1所述的用于评估微生物与宿...

【技术特征摘要】

1.用于评估微生物与宿主细胞之间关联的评分方法,其特征在于,所述方法包括:

2.根据权利要求1所述的用于评估微生物与宿主细胞之间关联的评分方法,其特征在于,所述方法还包括:

3.根据权利要求2所述的用于评估微生物与宿主细胞之间关联的评分方法,其特征在于,所述方法还包括:标准化所述第一原始bps或第二原始bps,得到标准bps;如果所述标准bps大于等于第二阈值,得到微生物和细胞关联强的结果;

4.根据权利要求1-3任一项所述的用于评估微生物与宿主细胞之间关联的评分方法,其特征在于,所述方法还包括:

5.根据权利要求1所述的用于评估微生物与宿主细胞之间关联的评分方法,其特征在于,所述基于所述z分数筛选得到微生物相关基因包括:基于所述微生物中的每个分类单元,根据所述z分数对基因进行排序,从排序后的基因中筛选n个基因作为所述微...

【专利技术属性】
技术研发人员:李晶晶马云龙苏建忠
申请(专利权)人:温州医科大学
类型:发明
国别省市:

网友询问留言 已有0条评论
  • 还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。

1