基于转座酶的基因组分析制造技术

技术编号:41714327 阅读:44 留言:0更新日期:2024-06-19 12:42
本申请涉及基于转座酶的基因组分析。提供了用于使用分区(例如,液滴)技术同时避免在液滴中进行扩增来对DNA样品进行条码化和分析的方法和试剂。

【技术实现步骤摘要】


技术介绍

1、现代测序文库的制备通常涉及引入tn5转座酶的高活性变体,该变体介导双链dna的片段化并在5分钟的反应中将合成的寡核苷酸两端连接(adey a等,genome biol 11:r119(2010))。野生型tn5转座子是复合型转座子,其中2个几乎相同的插入序列(is50l和is50r)侧接3个抗生素抗性基因(reznikoff ws.annu rev genet 42:269-286(2008))。各is50包含2个反向19-bp末端序列(es),外侧端(outside end,oe)和内侧端(inside end,ie)。然而,野生型es的活性相对较低并且被过分活跃的镶嵌端(mosaic end,me)序列体外取代。因此,具有19-bp me的转座酶复合物是转座发生所必需的,只要间插dna足够长以使这些序列中的两个靠近在一起形成活性tn5转座酶同二聚体(reznikoffws.,molmicrobiol 47:1199-1206(2003))。转座在体内是非常罕见的事件,并且过分活跃的突变体历史上源自tn5蛋白的476个残基中导入三个错义突本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种条码化DNA的方法,所述方法包括通过使包含DNA结合的蛋白质的DNA与载有寡核苷酸衔接子的转座酶接触向DNA中随机引入寡核苷酸衔接子,

2.如权利要求1所述的方法,还包括扩增所述条码化的片段。

3.如权利要求2所述的方法,其中所述扩增包括聚合酶链式反应。

4.如权利要求1所述的方法,包括在杂交之前从DNA中剥离转座酶。

5.如权利要求4所述的方法,其中所述剥离发生在液滴中。

6.如权利要求4所述的方法,其中DNA在核中,并且剥离在液滴形成之前发生。

7.如权利要求1所述的方法,包括在杂交之前从珠切割寡核苷酸引...

【技术特征摘要】

1.一种条码化dna的方法,所述方法包括通过使包含dna结合的蛋白质的dna与载有寡核苷酸衔接子的转座酶接触向dna中随机引入寡核苷酸衔接子,

2.如权利要求1所述的方法,还包括扩增所述条码化的片段。

3.如权利要求2所述的方法,其中所述扩增包括聚合酶链式反应。

4.如权利要求1所述的方法,包括在杂交之前从dna中剥离转座酶。

5.如权利要求4所述的方法,其中所述剥离发生在液滴中。

6.如权利要求4所述的方法,其中dna在核中,并且剥离在液滴形成之前发生。

7.如权利要求1所述的方法,包括在杂交之前从珠切割寡核苷酸引物。

8.如权利要求1所述的方法,其中所述转座酶载有具有相同的双链部分和不同的单链部分的两个不同的衔接子寡核苷酸。

9.如权利要求1所述的方法,其中所述转座酶载有两个相同的衔接子寡核苷酸。

10.如权利要求1所述的方法,其中所述第一寡核苷酸引物包含5’pcr柄序列。

11.如权利要求10所述的方法,其中所述液滴进一步包含第二寡核苷酸引物,并且其中第二寡核苷酸引物包含5′pcr柄。

12.如权利要求1所述的方法,其中所述第二寡核苷酸的单链部分包含:

13....

【专利技术属性】
技术研发人员:R·雷伯弗斯基J·陈
申请(专利权)人:生物辐射实验室股份有限公司
类型:发明
国别省市:

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