评估多重PCR文库引物消化效果的方法及其相关设备技术

技术编号:41671481 阅读:18 留言:0更新日期:2024-06-14 15:28
本申请实施例属于生物医药技术领域,涉及一种评估多重PCR文库引物消化效果的方法及其相关设备,包括接收输入文件,输入文件包括bed文件和比对文件;判断bed文件的目标区域和/或扩增区域是否存在序列重叠,若是,过滤比对文件,获得目标比对文件,若否,将比对文件作为目标对比文件;将目标比对文件的上游引物和下游引物从目标区域向未消化部分延伸,获得延伸区域,统计延伸区域内每个碱基的覆盖深度;基于覆盖深度计算延伸区域内相邻碱基之间的消化效率,基于消化效率确定消化位点;将消化位点对应的消化效率作为引物消化效率,输出消化位点和引物消化效率,得到多重PCR文库消化酶的消化效果。本申请能够有效评估多重PCR文库引物的消化效果。

【技术实现步骤摘要】

本申请涉及生物医药,尤其涉及评估多重pcr文库引物消化效果的方法及其相关设备。


技术介绍

1、聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,pcr)是一种基于核酸酶复制的原理,用于快速简便地扩增dna序列的技术。多重pcr(multiplex polymerase chainreaction,mpcr)是在pcr的基础上,在同一反应体系中加入两对以上的引物,同时扩增出多个核酸片段的pcr反应。

2、目前,常采用两步pcr法或引物消化法构建多重pcr文库。引物消化法是在pcr扩增目标区域后,利用含pufa等试剂的消化酶将带有化学修饰的引物序列切断,降低pcr引物序列的测序数据占比,从而达到减少数据浪费的目的。thermo fisher公司的引物消化法,在pcr引物上修饰了尿嘧啶碱基,利用pufa等试剂可水解尿嘧啶的原理切除多余的引物序列,如图1所示。

3、理论上,只要消化酶的用量足够多、消化时间足够长、活性一直不变,那么消化酶就可以切除所有引物序列,但显然这是不现实的。那么,消化酶的实际消化效果就成了关注点,但是本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种评估多重PCR文库引物消化效果的方法,其特征在于,包括下述步骤:

2.根据权利要求1所述的评估多重PCR文库引物消化效果的方法,其特征在于,将所述目标比对文件中引物对的上游引物和下游引物均从所述目标区域向未消化部分进行延伸,获得延伸区域的步骤包括:

3.根据权利要求1所述的评估多重PCR文库引物消化效果的方法,其特征在于,所述基于所述消化效率确定消化位点的步骤包括:

4.根据权利要求1所述的评估多重PCR文库引物消化效果的方法,其特征在于,所述判断所述bed文件的目标区域和/或扩增区域是否存在序列重叠的步骤包括:

>5.根据权利要求1...

【技术特征摘要】

1.一种评估多重pcr文库引物消化效果的方法,其特征在于,包括下述步骤:

2.根据权利要求1所述的评估多重pcr文库引物消化效果的方法,其特征在于,将所述目标比对文件中引物对的上游引物和下游引物均从所述目标区域向未消化部分进行延伸,获得延伸区域的步骤包括:

3.根据权利要求1所述的评估多重pcr文库引物消化效果的方法,其特征在于,所述基于所述消化效率确定消化位点的步骤包括:

4.根据权利要求1所述的评估多重pcr文库引物消化效果的方法,其特征在于,所述判断所述bed文件的目标区域和/或扩增区域是否存在序列重叠的步骤包括:

5.根据权利要求1所述的评估多重pcr文库引物消化效果的方法,其特征在于,所述判断所述bed文件的目标区域和/或扩增区域是否存在序列重叠的步骤包括:

6.根据权利要求1所述的评估多...

【专利技术属性】
技术研发人员:蒋析文方鹏梁志坤刘冰冰
申请(专利权)人:广州达安基因股份有限公司
类型:发明
国别省市:

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