【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物信息学，特别是涉及一种基于全基因组测序数据利用机器学习的方式进行金黄色葡萄球菌耐药表型预测的方法。
技术介绍
1、20世纪初期抗生素的发现和应用改变了传统医学治疗模式，并成为现代医疗及农业领域重要的干预手段之一。与此同时，抗生素耐药性的产生对抗生素显著的治疗成果产生了巨大的冲击。据统计2019年大约有495万人的死亡与细菌性抗生素耐药相关，其中127万人直接死于细菌性抗生素耐药。抗生素耐药性目前已成为迫在眉睫的公共安全问题，足以引起全球关注。而耐药性金黄色葡萄球菌，由于其产生的毒力因子和携带的耐药基因等已成为了社区和医院获得性细菌感染的主要原因，并引发获得性肺炎等系列严重疾病，而耐药性金葡抗生素的选择是临床有效治疗的重要环节。
2、针对抗生素耐药现象的普遍性，临床细菌感染患者多以药敏试验来进行抗生素的最终选择，从而避免抗生素治疗的无效性。药敏等表型试验目前仍是建立在培养的基础上，即使对于一些快速生长的细菌也需要至少两天才可以完成；而对于一些生长缓慢的微生物，其验证周期则需要更长，而这种长周期在一定程度上也导...
【技术保护点】
1.一种金黄色葡萄球菌耐药表型预测方法，其用于非治疗或诊断目的，其特征在于，包括如下步骤：
2.根据权利要求1所述的金黄色葡萄球菌耐药表型预测方法，其特征在于，步骤S1中，抗生素种类选自Cefoxitin、chloramphenicol、ciprofloxacin、clindamycin、erythromycin、fusidic.acid、gentamicin、methicillin、oxacillin、penicillin、rifampin、tetracycline、trimethoprim_sulfamethoxazole、vancomycin中的一种
【技术特征摘要】
1.一种金黄色葡萄球菌耐药表型预测方法，其用于非治疗或诊断目的，其特征在于，包括如下步骤：
2.根据权利要求1所述的金黄色葡萄球菌耐药表型预测方法，其特征在于，步骤s1中，抗生素种类选自cefoxitin、chloramphenicol、ciprofloxacin、clindamycin、erythromycin、fusidic.acid、gentamicin、methicillin、oxacillin、penicillin、rifampin、tetracycline、trimethoprim_sulfamethoxazole、vancomycin中的一种或几种或者全部。
3.根据权利要求1所述的金黄色葡萄球菌耐药表型预测方法，其特征在于，步骤s2中，采用gatk haplotypecaller进行snp位点识别，并且过滤标准设定为：max-missing<0.9，min-alleles＝2，max-alleles＝2，maf>0.05，minq>30，mindp>5，min-meandp>3；样本的snp位点缺失率...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘佳，崔月利，朱淼，吴卫卫，蒋文，齐宝萃，郑丹，
申请(专利权)人：迪飞医学科技广州有限公司，
类型：发明
国别省市：
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