用于COVID变体的检测的方法和系统技术方案

本发明专利技术公开了用于检测导致COVID‑19的SARS‑CoV‑2病毒的变体的方法和系统。举例来说，本发明专利技术公开了用于识别和/或跟踪SARS‑CoV‑2的变体的方法，包括：(a)将来自对象的样本识别为对于SARS‑CoV‑2核酸和/或SARS‑CoV‑2的抗体呈阳性；(b)从样本生成特定于样本的SARS‑CoV‑2核酸；(c)对所述特定于样本的SARS‑CoV‑2核酸实施核酸测序；以及(d)确定核酸序列是否包括SARS‑CoV‑2变体序列。此外还公开了用于实施所公开的方法的任何部分的系统以及有形地具体实现在非瞬时性机器可读存储介质中的计算机程序产品，所述计算机程序产品包括被配置为实施所公开的方法的任何步骤或者运行所公开的系统的任何部分的指令。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】

本专利技术公开了用于检测导致covid-19的sars-cov-2病毒的变体以及感染所述变体的任何毒株的个体的地理位置的方法和系统。

技术介绍

1、sars-cov-2是冠状病毒科β冠状病毒属的有包膜、单链rna病毒。所有冠状病毒在其基因组的组织和表达中具有相似性，其中编码16个非结构性蛋白和4个结构性蛋白：刺突(s)、包膜(e)、膜(m)和核衣壳(n)。这一族的病毒属于人畜共患起源。所述病毒所导致的疾病具有从轻微的普通感冒到更加严重的症状，比如严重急性呼吸综合症(sars)、中东呼吸综合征(mers)和2019冠状病毒病(covid-19)。已知会感染人类的其他冠状病毒包括229e、nl63、oc43和hku1。后者普遍存在并且感染通常导致普通感冒或类似流感的症状。

2、在2020年初，已经在世界范围内检测到2019-ncov的其他病例，从而表明持续的人际传播。迄今为止，sars-cov-2的临床表现已经包括从轻微的自限性上呼吸道感染到导致重大发病率和死亡率的更加严重的下呼吸道疾病。随着sars-cov-2的流行加速，针对病毒基因组序列的多样本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种用于识别和/或跟踪SARS-CoV-2的变体的方法，包括：

2.根据权利要求1所述的方法，其中，随后使用结合在沿着病毒基因组的分隔开的间隔处的平铺引物进一步扩增SARS-CoV-2cDNA。

3.根据权利要求2所述的方法，其中，所述平铺引物被分隔开，从而使得邻近的引物彼此分开近似600bp。

4.根据权利要求1-3中的任一项所述的方法，其中，生成特定于样本的SARS-CoV-2核酸还包括将样本SARS-CoV-2cDNA的一条链杂交到包括一对SARS-CoV-2探针的单链探针DNA模板，其中第一探针位于探针DNA模板的3’末端以充当正向引物，第...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】

1.一种用于识别和/或跟踪sars-cov-2的变体的方法，包括：

2.根据权利要求1所述的方法，其中，随后使用结合在沿着病毒基因组的分隔开的间隔处的平铺引物进一步扩增sars-cov-2cdna。

3.根据权利要求2所述的方法，其中，所述平铺引物被分隔开，从而使得邻近的引物彼此分开近似600bp。

4.根据权利要求1-3中的任一项所述的方法，其中，生成特定于样本的sars-cov-2核酸还包括将样本sars-cov-2cdna的一条链杂交到包括一对sars-cov-2探针的单链探针dna模板，其中第一探针位于探针dna模板的3’末端以充当正向引物，第二探针位于探针dna模板的5’末端以充当反向引物。

5.根据权利要求4所述的方法，其中，所述单链探针dna模板还包括邻近探针序列定位的通用测序引物。

6.根据权利要求4-5中的任一项所述的方法，其中，所述单链探针dna模板还包括用于添加条形码序列的接头序列，所述条形码序列被用来将sars-cov-2样本特定核酸相关到样本编号。

7.根据权利要求6所述的方法，其中，所述条形码关联到针对样本的邮政编码或其他地理标识符。

8.根据权利要求4-7中的任一项所述的方法，还包括填充两个探针之间的序列，以在两个探针序列之间生成包括特定于样本sars-cov-2cdna的序列的环形单链探针dna模板。

9.根据权利要求1-8中的任一项所述的方法，其中，核酸测序包括对整个病毒基因组的至少90％进行测序。

10.根据权利...

【专利技术属性】
技术研发人员：J·D·威廉姆斯，B·克鲁格，B·M·诺威尔，S·帕克，L·K·艾耶，H·N·布罗楚，
申请(专利权)人：美国控股实验室公司，
类型：发明
国别省市：