【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子动力学模拟，具体涉及一种基于粗粒化分子动力学模拟的自组装肽结构预测方法。
技术介绍
1、在现代科学研究中，多肽自组装技术是一项前沿领域，它涉及生物化学、纳米技术和材料科学。多肽自组装是指多肽分子通过非共价键的相互作用自发地组织成有序结构，这些结构在生物医学和材料科学中具有广泛的应用，如药物递送、组织工程和生物传感器。
2、传统的多肽结构设计依赖于试错方法，受到时间、技术和成本限制，且通过实验的方法很难确定分子原子间的相互作用机制，导致其在在药物开发和生物材料设计中的应用研究周期长。因此，通过计算模拟预测多肽结构对于实验设计非常关键。而普通的分子动力学模拟只能模拟非常短的物理时间，且十分依赖分子力场模型的准确性，同时对于全原子模型通常只能处理有限数量的分子，计算复杂且成本较高。
3、因此，需要开发一种基于粗粒化分子动力学模拟的自组装肽结构预测方法，降低计算成本，以便于在更大的系统和更长的时间尺度进行模拟。
技术实现思路
1、针对现有技术的不足，本专利...
【技术保护点】
1.一种基于粗粒化分子动力学模拟的自组装肽结构预测方法，其特征在于，所述自组装肽结构预测方法包括如下步骤：
2.根据权利要求1所述的基于粗粒化分子动力学模拟的自组装肽结构预测方法，其特征在于，所述自组装多肽分子包括含有烷基链的两亲性分子；
3.根据权利要求1所述的基于粗粒化分子动力学模拟的自组装肽结构预测方法，其特征在于，所述步骤（1）具体包括通过软件Avogadro构建自组装多肽分子的初始结构，基于MARTINI力场粗粒化自组装多肽分子结构数据，得到自组装多肽分子粗粒化模型。
4.根据权利要求1所述的基于粗粒化分子动力学模拟的自组...
【技术特征摘要】
1.一种基于粗粒化分子动力学模拟的自组装肽结构预测方法，其特征在于，所述自组装肽结构预测方法包括如下步骤：
2.根据权利要求1所述的基于粗粒化分子动力学模拟的自组装肽结构预测方法，其特征在于，所述自组装多肽分子包括含有烷基链的两亲性分子；
3.根据权利要求1所述的基于粗粒化分子动力学模拟的自组装肽结构预测方法，其特征在于，所述步骤（1）具体包括通过软件avogadro构建自组装多肽分子的初始结构，基于martini力场粗粒化自组装多肽分子结构数据，得到自组装多肽分子粗粒化模型。
4.根据权利要求1所述的基于粗粒化分子动力学模拟的自组装肽结构预测方法，其特征在于，步骤（2）所述溶剂化包括将150-400个自组装多肽分子粗粒化模型随机放置在最小分子间空间为2-10 å的模拟立方体水盒子中。
5.根据权利要求1所述的基于粗粒化分子动力学模拟的自组装肽结构预测方法，其特征在于，步骤（2）所述添加离子中和系统包括添加nacl或kcl以中和系统。
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【专利技术属性】
技术研发人员：陈艳艳，许多多，戴建武，
申请(专利权)人：中国科学院苏州纳米技术与纳米仿生研究所，
类型：发明
国别省市：
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