胃肠间质瘤冷冻组织ATAC-seq测序文库的构建方法技术

本发明专利技术涉及染色质转座酶可及性测序技术领域，具体公开了胃肠间质瘤冷冻组织ATAC‑seq测序文库的构建方法，通过先将胃肠间质瘤冷冻组织进行研磨组织，制备细胞悬液并提取细胞核，再将细胞核进行转座及纯化，获得纯化物，然后将纯化物进行PCR富集，并构建文库及片段筛选，获得筛选物，最后将筛选物进行文库质检，获得测库文库，通过此方式可以克服胃肠间质瘤冷冻组织在某些实验上的限制，并最终获得适用于后续研究的DNA文库和测库文库，这样可以更好地研究和理解胃肠间质瘤冷冻组织的特征和遗传信息，从而很好地解决现有ATAC‑seq技术对胃肠间质瘤冷冻组织并不适用的问题。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于染色质转座酶可及性测序，具体涉及胃肠间质瘤冷冻组织atac-seq测序文库的构建方法。

技术介绍

1、染色质转座酶可及性测序(assay for transposase-accessible chromatinwith high throughput sequencing，atac-seq)是基于高通量测序的染色质转座酶可接近性新技术。原理是利用转座酶tn5可切割开放染色质区域的特性，对tn5酶捕获到的dna序列进行测序。相比过往的染色质开放性研究技术，atac-seq样本需求量少、过程更为简便、效率更高，仅需两步就能从少量细胞中捕获染色质开放区域。这种方法可以同时获得“开放”染色质的位置，绘制全基因组染色质可及性图谱，预测转录因子结合位点，测定核小体的位置，还可被用于测定单个细胞中染色质的可及性，从而揭示细胞群体内的异质性。

2、目前atac-seq已经成为遗传组学中研究染色质开放性的首选技术方法。在医学领域，atac-seq被应用于绘制人类肿瘤、自身免疫性疾病、代谢性疾病、退行性疾病等复杂疾病的染色质可及性图谱。探索基因调控的本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.胃肠间质瘤冷冻组织ATAC-seq测序文库的构建方法，其特征在于：包括如下步骤：

2.根据权利要求1所述的胃肠间质瘤冷冻组织ATAC-seq测序文库的构建方法，其特征在于：所述细胞悬液在制备时，将研磨10-15次后的研磨溶液使用细胞过滤筛过滤到新离心管中，再取滤液到新离心管中，加入浓度为50%的lodixanol Solution混匀，再将浓度为29%的lodixanol Solution加入15%的溶液层之下，将浓度为40%的lodixanol Solution加入29%的溶液层之下，最后进行冷冻离心获得细胞悬浮液，冷冻离心的参数为：制动为0，离心温度4℃，转速为370...

【技术特征摘要】

1.胃肠间质瘤冷冻组织atac-seq测序文库的构建方法，其特征在于：包括如下步骤：

2.根据权利要求1所述的胃肠间质瘤冷冻组织atac-seq测序文库的构建方法，其特征在于：所述细胞悬液在制备时，将研磨10-15次后的研磨溶液使用细胞过滤筛过滤到新离心管中，再取滤液到新离心管中，加入浓度为50%的lodixanol solution混匀，再将浓度为29%的lodixanol solution加入15%的溶液层之下，将浓度为40%的lodixanol solution加入29%的溶液层之下，最后进行冷冻离心获得细胞悬浮液，冷冻离心的参数为：制动为0，离心温度4℃，转速为3700rpm，离心时间为20分钟。

3.根据权利要求2所述的胃肠间质瘤冷冻组织atac-seq测序文库的构建方法，其特征在于：所述细胞核提取方法为：先从细胞悬浮液中吸取细胞核层溶液，再加入预冷的atac-rsb-tween稀释后，台盼蓝计数，计数50000个细胞核，加入预冷的atac-rsb-tween溶液混匀以获得细胞核。

4.根据权利要求3所述的胃肠间质瘤冷冻组织atac-seq测序文库的构建方法，其特征在于：步骤s2中，所述细胞核进行转座时，将提取的细胞核加入到包含5ttbl、ttemixv50、ddh20和pbs的转座反应体系中，置于pcr仪中，设置温度在36℃-38℃的条件下反应28min-32min，获得转座后的dna，其中转座中的5ttbl、ttemix v50、ddh20和pbs的体积比为2：1：3.5：3.3。

【专利技术属性】
技术研发人员：姜昊，崔泽旭，邓昭敏，
申请(专利权)人：四川大学华西医院，
类型：发明
国别省市：