一种异源六倍体不平衡系数的测定方法技术

本申请涉及生物技术领域，尤其涉及一种异源六倍体不平衡系数的测定方法。方法包括：构建包括HWD系数和LD系数的亲代配子频率计算模型。代入亲代配子频率计算模型至子代合子频率分布模型，得到子代合子频率计算模型；构建测定模型；获取自然群体中异源六倍体子代合子频率的实际数值，输入子代合子频率的实际数值至测定模型，确定亲代配子频率的估计数值；通过数值优化算法针对测定模型进行参数估计，得到HWD系数的测定数值和LD系数的测定数值。本申请通过利用HWD系数和LD系数反映异源六倍体基因组标记之间复杂的LD网络，解决当前通用多倍体LD估计没有考虑两位点多等位基因之间复杂的LD网络的问题以及异源六倍体LD网络模型缺乏的问题。

【技术实现步骤摘要】

本申请涉及生物，尤其涉及一种异源六倍体不平衡系数的测定方法。

技术介绍

1、连锁不平衡(linkage disequilibrium,ld)是指基因组中不同位点等位基因之间非随机关联的现象。ld在基因组的程度和分布为推断自然群体的种群差异和进化事件提供了重要的参考。考虑ld与重组率的关系，ld为复杂性状的全基因组关联研究与高解析度定位提供了强有力的支撑。异源六倍体在动植物中广泛存在，例如，小麦等重要粮食作物，因此，对异源六倍体ld的准确度量具有重要的应用价值。

2、尽管ld在二倍体动植物群体遗传研究中被广泛使用，但考虑异同源六倍体位于同一位点的等位基因和位于不同位点的非等位基因形成的复杂配子组合以及异源多倍体存在的特殊减数分裂机制，需要针对异源六倍体开发相适应的ld模型，现有的二倍体ld模型无法准确度量异源六倍体复杂的配子ld的程度。

3、当前，针对异源六倍体的ld模型存在以下不足：第一，通用的多倍体ld复合模型，只是利用一个连锁不平衡参数度量两个位点多等位基因的关联程度，没有考虑两个位点多等位基因之间复杂的ld网络；第二，已有技术本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种异源六倍体不平衡系数的测定方法，其特征在于，包括：

2.根据权利要求1所述的异源六倍体不平衡系数的测定方法，其特征在于，所述HWD系数为标记内的等位基因之间的HWD系数；

3.根据权利要求2所述的异源六倍体不平衡系数的测定方法，其特征在于，所述子代合子频率计算模型如下所示：

4.根据权利要求1所述的异源六倍体不平衡系数的测定方法，其特征在于，所述测定模型如下所示：

5.根据权利要求1所述的异源六倍体不平衡系数的测定方法，其特征在于，还包括：

6.根据权利要求5所述的异源六倍体不平衡系数的测定方法，其特征在于，所述步骤S6...

【技术特征摘要】

1.一种异源六倍体不平衡系数的测定方法，其特征在于，包括：

2.根据权利要求1所述的异源六倍体不平衡系数的测定方法，其特征在于，所述hwd系数为标记内的等位基因之间的hwd系数；

3.根据权利要求2所述的异源六倍体不平衡系数的测定方法，其特征在于，所述子代合子频率计算模型如下所示：

4.根据权利要求1所述的异源六倍体不平衡系数的测定方法，其特征在于，所述测定模型如下所示：

5.根据权利要求...

【专利技术属性】
技术研发人员：姜立波，吕忠璠，吕娟娟，朱梦圆，
申请(专利权)人：山东理工大学，
类型：发明
国别省市：