【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子标记及生物，具体涉及一种用于柑橘种苗纯度鉴定的snp分子标记、引物，并进一步公开其应用，尤其是基于特异snp分子标记鉴定柑橘种苗纯度的方法。
技术介绍
1、柑橘是橘、柑、橙、柚、枳等种类的总称，我国作为柑橘的重要原产地之一，已有4000多年的栽培历史，且品种资源及产量极为丰富。柑橘气味芬芳、味道鲜美且营养丰富，具有种植收益较高的优势，已成为我国栽培面积最大、产量最高和消费量最大的水果。尤其是橙和柚作为柑橘类水果，由于种类繁多，果农种植意愿强，种苗需求量大，但种苗的生产和管理令人堪忧，存在质量参差不齐的问题，严重影响果农的经济利益。
2、柑橘农业种植中，种苗的纯度鉴定在一定程度上可保证种苗的质量，因此需要淘汰劣质种苗，提高种苗的整体品质。传统的种苗纯度鉴定依赖于人为对植株的表型特征进行判定，此方法主观性强，对鉴定人员经验要求高，不仅时效性差且费时费力。
3、相比传统的种苗纯度鉴定，分子标记纯度鉴定法具有效率高、成本低、重复性好等特点。其中，ssr分子标记在多个物种的纯度和真实性检测中被应用，并在水稻、小麦、大豆等作物中形成检测国标。但ssr分子标记的检测过程需要繁琐的凝胶电泳，自动化程度低且通量小，使用的核酸染料会对环境造成污染。而基于kasp反应原理设计的snp分子标记在检测过程中可有效避免使用有毒有害试剂，自动化程度高、通量大且稳定高效，弥补了ssr分子标记检测的不足。目前，关于橙和柚类种苗分子标记纯度鉴定的方法鲜有报道。因此，本领域期待开发用于橙和柚类种苗纯度鉴定的snp分子标记，具
技术实现思路
1、为此，本专利技术所要解决的技术问题在于提供一种用于柑橘种苗纯度鉴定的snp分子标记，可快速、准确、高效、高通量的鉴定橙和柚等品类的种苗纯度；
2、本专利技术所要解决的第二个技术问题在于提供一种用于扩增所述用于柑橘种苗纯度鉴定的snp分子标记的引物对，并进一步公开其应用；
3、本专利技术所要解决的第三个技术问题在于提供一种基于特异snp分子标记鉴定柑橘种苗纯度的方法，利用橙和柚基因组中不同染色体上的特异性snp位点，并结合kasp检测技术，可快速、准确、高效、高通量的鉴定橙和柚等品类的种苗纯度，有利于提高橙和柚的种苗整体品质。
4、为解决上述技术问题，本专利技术所述的一种用于柑橘种苗纯度鉴定的snp分子标记，其特征在于，其包括如下snp分子标记中的一种或几种的组合物：
5、ci01，具有如seq id no.1所示核苷酸序列的dna片段，其snp位点位于该dna片段的第101位，其多态性为c/g；和/或，
6、ci02，具有如seq id no.2所示核苷酸序列的dna片段，其snp位点位于该dna片段的第101位，其多态性为a/c；和/或，
7、ci03，具有如seq id no.3所示核苷酸序列的dna片段，其snp位点位于该dna片段的第101位，其多态性为g/c；和/或，
8、ci04，具有如seq id no.4所示核苷酸序列的dna片段，其snp位点位于该dna片段的第101位，其多态性为c/t；和/或，
9、ci05，具有如seq id no.5所示核苷酸序列的dna片段，其snp位点位于该dna片段的第101位，其多态性为c/t；和/或，
10、ci06，具有如seq id no.6所示核苷酸序列的dna片段，其snp位点位于该dna片段的第101位，其多态性为a/g；和/或，
11、ci07，具有如seq id no.7所示核苷酸序列的dna片段，其snp位点位于该dna片段的第101位，其多态性为t/c；和/或，
12、ci08，具有如seq id no.8所示核苷酸序列的dna片段，其snp位点位于该dna片段的第101位，其多态性为a/c；和/或，
13、ci09，具有如seq id no.9所示核苷酸序列的dna片段，其snp位点位于该dna片段的第101位，其多态性为t/c。
14、本专利技术还公开了一种用于扩增所述用于柑橘种苗纯度鉴定的snp分子标记的引物对，包括如下引物对中的一种或几种的组合物：
15、构建所述snp分子标记ci01的引物对包括：
16、primer x：5’-cggcaatttctcaagttctgc-3’；
17、primer y：5’-cggcaatttctcaagttctgg-3’；
18、primer c：5’-gttgaaacatcagtgaaagagagtg-3’；和/或，
19、构建所述snp分子标记ci02的引物对包括：
20、primer x：5’-tcagcctctaataccttcccaca-3’；
21、primer y：5’-tcagcctctaataccttcccacc-3’；
22、primer c：5’-aacattacgggtgtatggttgatct-3’；和/或，
23、构建所述snp分子标记ci03的引物对包括：
24、primer x：5’-caaaactgtagccacaatcgg-3’；
25、primer y：5’-caaaactgtagccacaatcgc-3’；
26、primer c：5’-atctcttcttcataggctctcaacg-3’；和/或，
27、构建所述snp分子标记ci04的引物对包括：
28、primer x：5’-gctcacaacaaacaacaagatccag-3’；
29、primer y：5’-gctcacaacaaacaacaagatccaa-3’；
30、primer c：5’-cattaatctcatccctccatcctct-3’；和/或，构建所述snp分子标记ci05的引物对包括：
31、primer x：5’-agtactgtaggattgcagcttggg-3’；
32、primer y：5’-aagtactgtaggattgcagcttgga-3’；
33、primer c：5’-caagtgatctaagggaatctctgga-3’；和/或，构建所述snp分子标记ci06的引物对包括：
34、primer x：5’-gcatcagcgggaaagtctgt-3’；
35、primer y：5’-catcagcgggaaagtctgc-3’；
36、primer c：5’-gtctcaggcaaatcaaggtcaaaat-3’；和/或，构建所述snp分子标记ci07的引物对包括：
37、primer x：5’-cagtaatctgtttgaggcctactgct-3’；
38、primer 本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于柑橘种苗纯度鉴定的SNP分子标记，其特征在于，其包括如下SNP分子标记中的一种或几种的组合物：
2.一种用于扩增权利要求1所述用于柑橘种苗纯度鉴定的SNP分子标记的引物对，其特征在于，包括如下引物对中的一种或几种的组合物：
3.一种用于柑橘种苗纯度鉴定的SNP试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求2所述的引物对。
4.根据权利要求3所述用于柑橘种苗纯度鉴定的SNP试剂盒，其特征在于，所述柑橘包括橙和/或柚类品种。
5.一种如权利要求3或4所述用于柑橘种苗纯度鉴定的SNP试剂盒的使用方法，其特征在于，包括提取待鉴定的柑橘种苗样品DNA模板的步骤，以及，以提取的DNA为模板，利用所述试剂盒进行PCR扩增的步骤，并根据PCR扩增结果进行不同柑橘种苗纯度的判断及鉴定。
6.根据权利要求5所述用于柑橘种苗纯度鉴定的SNP试剂盒的使用方法，其特征在于，所述PCR扩增体系包括：
7.权利要求1所述用于柑橘种苗纯度鉴定的SNP分子标记或权利要求2所述用于扩增所述用于柑橘种苗纯度鉴定的SNP分子标记的引物对或权
8.一种用于鉴定柑橘种苗纯度的方法，其特征在于，包括利用权利要求2所述用于扩增所述用于柑橘种苗纯度鉴定的SNP分子标记的引物对或权利要求3或4所述用于柑橘种苗纯度鉴定的SNP试剂盒进行鉴定的步骤。
9.根据权利要求8所述用于鉴定柑橘种苗纯度的方法，其特征在于，包括提取待鉴定的柑橘种苗样品DNA模板的步骤，以及，以提取的DNA为模板，利用所述用于扩增所述用于柑橘种苗纯度鉴定的SNP分子标记的引物对或者所述用于柑橘种苗纯度鉴定的SNP试剂盒进行PCR扩增的步骤，并根据PCR扩增结果进行不同柑橘种苗纯度的判断及鉴定。
10.根据权利要求8或9所述用于鉴定柑橘种苗纯度的方法，其特征在于，所述方法还包括筛选并鉴定不同柑橘种苗纯度的SNP分子标记的步骤。
...【技术特征摘要】
1.一种用于柑橘种苗纯度鉴定的snp分子标记，其特征在于，其包括如下snp分子标记中的一种或几种的组合物：
2.一种用于扩增权利要求1所述用于柑橘种苗纯度鉴定的snp分子标记的引物对，其特征在于，包括如下引物对中的一种或几种的组合物：
3.一种用于柑橘种苗纯度鉴定的snp试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求2所述的引物对。
4.根据权利要求3所述用于柑橘种苗纯度鉴定的snp试剂盒，其特征在于，所述柑橘包括橙和/或柚类品种。
5.一种如权利要求3或4所述用于柑橘种苗纯度鉴定的snp试剂盒的使用方法，其特征在于，包括提取待鉴定的柑橘种苗样品dna模板的步骤，以及，以提取的dna为模板，利用所述试剂盒进行pcr扩增的步骤，并根据pcr扩增结果进行不同柑橘种苗纯度的判断及鉴定。
6.根据权利要求5所述用于柑橘种苗纯度鉴定的snp试剂盒的使用方法，其特征在于，所述pcr扩增体系包括：
7.权利要求1所述用于柑橘种苗纯度鉴定...
【专利技术属性】
技术研发人员：孔佑涵，吴娟娟，胡其军，张平，刘娟，杨丽颖，曾瑶，
申请(专利权)人：湖南省园艺研究所，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。