【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于家畜遗传育种领域，涉及检测山羊ckmt2基因单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphisms,snp)的方法及筛选在山羊选育、种质资源保护等中应用的分子标记。
技术介绍
1、单核苷酸多态性(snp)是指在基因组水平上因单个核苷酸的插入、转换、颠倒、缺失等变异所引起的dna多态性变化，snp普遍存在于生物基因组内，约1000个碱基中会发现1个snp位点(sacks,lounsberry et al.,2021)，但主要是转换和颠倒两种形式(sugimoto,watanabe et al.,2012)。snp是通过对其所在群体中不同个体的基因组区域进行测序来确定和分析的(schlotterer,2004)，在编码区以及非编码区均可以检测到snp的存在(sunand yu,2019)。根据基因组中snp位点所在位置，可将其分为基因编码区snps(csnps)、基因周边snps(psnps)和基因间snps(isnps)三类(wang,fan et al.,1998)。其中基因编码区snps数量较少，这与外显子内的变异率明显小于周围序列(仅占周围序列的1/5)有关，但这些csnps作为遗传标记在家畜育种中具有重要意义。
2、目前已有很多研究报道了关于不同家畜动物的snps及其对于家畜经济性状(包括体尺性状、体重、繁殖等)的影响，例如在不同山羊品种中发现sirt3、inha和acvr2b基因中有多个snp与山羊产羔数显著相关(silpa et al.,2021；wang et al.,
3、ckmt2基因属于能量代谢必需的同工酶家族(基于胚胎肌肉组织转录组和蛋白质组数据鉴定猪生长性状相关基因.中国农业大学,2017.)，用于表达一个参与细胞能量转运、肌肉收缩、腺嘌呤核苷三磷酸(adenosine triphosphate,atp)再生的重要激酶。例如ckmt2基因在猪骨骼肌中高表达，是肌肉能量代谢的相关基因(猪八个候选基因的分离、特征分析多态性及其与性状间的关联分析.武汉：华中农业大学,2006.)；并且通过比较藏猪与大约克猪的ckmt2基因启动子区的多态性，发现该基因具有正向调控猪肌肉生长以及负向调控脂肪生成的作用(藏猪和大约克猪ckmt2基因多态性分析及其组织表达模式.中国畜牧兽医,2020,47(10):3305-3313.)。ckmt2基因位于山羊第7号染色体(包括9个外显子和10个内含子)。在不同物种ckmt2基因核苷酸序列相似性比对中发现，猪与山羊ckmt2基因的相似性仅为91.5％，存在进化上的巨大差异性，具体涉及表达机制的结构和基因功能等方面的差异。
4、目前未见到有关山羊ckmt2基因分子标记与生长性状之间关联的报道。
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于提供一种山羊ckmt2基因单核苷酸多态性的检测方法及其应用，可以快速建立遗传资源优良的山羊种群，有利于加快培育良种畜种。
2、为了实现上述目的，本专利技术采用了以下技术方案：
3、一种山羊ckmt2基因单核苷酸多态性的检测方法，包括以下步骤：
4、以山羊全血基因组dna为模板，扩增包含山羊ckmt2基因单核苷酸多态性位点的片段，然后通过对扩增产物进行分析，鉴定所述ckmt2基因单核苷酸多态性位点的基因型；所述ckmt2基因单核苷酸多态性位点包括山羊ckmt2基因第3695nt单核苷酸多态性位点(该位点参考碱基为t、突变碱基为c，即nc_030814.1:g.3695t>c)。
5、优选的，所述ckmt2基因单核苷酸多态性位点还包括山羊ckmt2基因第5318nt单核苷酸多态性位点(该位点参考碱基为g、突变碱基为a，即nc_030814.1:g.5318g>a)。
6、优选的，所述ckmt2基因单核苷酸多态性位点还包括山羊ckmt2基因第5284nt单核苷酸多态性位点(该位点参考碱基为t、突变碱基为c，即nc_030814.1:g.5284t>c)。
7、优选的，所述ckmt2基因单核苷酸多态性位点还包括山羊ckmt2基因第3663nt单核苷酸多态性位点(该位点参考碱基为a、突变碱基为g，即nc_030814.1:g.3663a>g)。
8、优选的，所述ckmt2基因单核苷酸多态性位点的基因型是通过直接测序法鉴定获得的。
9、优选的，所述扩增采用的引物包括引物对ckmt2-exon8，该引物对(通过pcr扩增的ckmt2基因第八外显子及其周围内含子区的片段中包含一个位于ckmt2基因第八外显子内的单核苷酸多态性位点，即上述nc_030814.1:g.3695t>c，和一个位于ckmt2基因第八内含子内的单核苷酸多态性位点，即上述nc_030814.1:g.3663a>g)具体如下：
10、上游引物f：5`-tgggagtttggtaaatggtag-3`
11、下游引物r：5`-ctgccccttctctgaatgtt-3`。
12、优选的，所述扩增采用的引物还包括引物对ckmt2-exon7，该引物对(可以通过pcr扩增ckmt2基因第七外显子及其周围内含子区，扩增的片段中包含两个均位于ckmt2基因第七外显子内的单核苷酸多态性位点，即上述nc_030814.1:g.5318g>a和nc_030814.1:g.5284t>c)具体如下：
13、上游引物f：5`-caaggcatagaacaggggc-3`
14、下游引物r：5`-gggattcaggacgagtggt-3`。
15、上述山羊ckmt2基因单核苷酸多态性的检测方法在山羊标记辅助选择育种中的应用。
16、山羊ckmt2基因单核苷酸多态性位点在山羊标记辅助选择育种中的应用，所述ckmt2基因单核苷酸多态性位点包括上述nc_030814.1:g.3695t>c。
17、优选的，所述ckmt2基因单核苷酸多态性位点还包括上述nc_030814.1:g.5318g>a、nc_030814.1:g.5284t>c、nc_030814.1:g.3663a>g中的一个或多个位点。
18、优选的，所述ckmt2基因单核苷酸多态性位点的纯合基因型存在用以提高山羊生长性状的分子标记，例如上述nc_030814.1:g.36本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种山羊CKMT2基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于：包括以下步骤：
2.根据权利要求1所述一种山羊CKMT2基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于：所述CKMT2基因单核苷酸多态性位点还包括山羊CKMT2基因第5318nt单核苷酸多态性位点和山羊CKMT2基因第5284nt单核苷酸多态性位点，第5318nt单核苷酸多态性位点的参考碱基为G、突变碱基为A，第5284nt单核苷酸多态性位点的参考碱基为T、突变碱基为C。
3.根据权利要求1所述一种山羊CKMT2基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于：所述CKMT2基因单核苷酸多态性位点还包括山羊CKMT2基因第3663nt单核苷酸多态性位点，该位点的参考碱基为A、突变碱基为G。
4.根据权利要求1所述一种山羊CKMT2基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于：所述CKMT2基因单核苷酸多态性位点的基因型是通过直接测序法鉴定获得的。
5.根据权利要求1所述一种山羊CKMT2基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于：所述扩增采用的引物包括引物对CKMT2-EXON8，该引物对
6.根据权利要求5所述一种山羊CKMT2基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于：所述扩增采用的引物还包括引物对CKMT2-EXON7，该引物对具体如下：
7.一种如权利要求1～6中任意一项所述的山羊CKMT2基因单核苷酸多态性的检测方法在山羊标记辅助选择育种中的应用。
8.山羊CKMT2基因单核苷酸多态性位点在山羊标记辅助选择育种中的应用，其特征在于：所述CKMT2基因单核苷酸多态性位点包括山羊CKMT2基因第3695nt单核苷酸多态性位点，该位点的参考碱基为T、突变碱基为C。
9.根据权利要求7或8所述的应用，其特征在于：所述山羊选自简州大耳羊；所述CKMT2基因单核苷酸多态性位点的纯合基因型存在用以提高山羊生长性状的分子标记；所述生长性状选自体高、背高、臀端高、体长、腰角宽中的一种或多种。
10.一种山羊CKMT2基因单核苷酸多态性的检测试剂盒，其特征在于；包括用于通过PCR扩增山羊CKMT2基因单核苷酸多态性位点的引物，所述CKMT2基因单核苷酸多态性位点包括山羊CKMT2基因第3695nt单核苷酸多态性位点，该位点的参考碱基为T、突变碱基为C。
...【技术特征摘要】
1.一种山羊ckmt2基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于：包括以下步骤：
2.根据权利要求1所述一种山羊ckmt2基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于：所述ckmt2基因单核苷酸多态性位点还包括山羊ckmt2基因第5318nt单核苷酸多态性位点和山羊ckmt2基因第5284nt单核苷酸多态性位点，第5318nt单核苷酸多态性位点的参考碱基为g、突变碱基为a，第5284nt单核苷酸多态性位点的参考碱基为t、突变碱基为c。
3.根据权利要求1所述一种山羊ckmt2基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于：所述ckmt2基因单核苷酸多态性位点还包括山羊ckmt2基因第3663nt单核苷酸多态性位点，该位点的参考碱基为a、突变碱基为g。
4.根据权利要求1所述一种山羊ckmt2基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于：所述ckmt2基因单核苷酸多态性位点的基因型是通过直接测序法鉴定获得的。
5.根据权利要求1所述一种山羊ckmt2基因单核苷酸多态性的检测方法，其特征在于：所述扩增采用的引物包括引物对ckmt2-exon8，该引物对具体如下：
...
【专利技术属性】
技术研发人员：林亚秋，邢佳妮，李金岚，孙诗雨，李志斌，王永，李艳艳，史海涛，王友利，陈娟，刘伟，
申请(专利权)人：西南民族大学，
类型：发明
国别省市：
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