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用于鉴定血叶兰品种“西贡红”的分子标记及应用制造技术

技术编号:41281456 阅读:4 留言:0更新日期:2024-05-11 09:31
本发明专利技术涉及分子标记技术领域,具体涉及用于鉴定血叶兰品种的分子标记。本发明专利技术的分子标记能够通过如SEQ ID NO.13~SEQ ID NO.18所示的引物对扩增得到。采用本发明专利技术的分子标记可以有效鉴定血叶兰品种。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物,具体涉及鉴定血叶兰品种品种的分子标记及其应用。


技术介绍

0、背景

1、血叶兰(ludisia discolor)为兰科血叶兰属地生兰植物,生于海拔900~1 300m的山坡或沟谷常绿阔叶林下阴湿处,分布于中国、缅甸、越南、泰国、马来西亚、印度尼西亚和大洋洲的纳吐纳群岛。血叶兰匍匐状,形似蚕,茎节生根,叶呈紫黑色,上有细小的绒毛,有金红色或银白色脉纹,似丝绒状,具有较高的观赏价值。血叶兰全草民间作药用,具有滋阴润肺、清热凉血等功效,治疗肺结核咯血、神经衰弱、食欲不振等症。近年来,随着人类的过度采挖,资源越来越少,野生血叶兰正濒临灭绝的危险,被列为国家二级保护植物。

2、目前,虽然有开发针对血叶兰及其近缘物种的亲缘关系分析的标记报道,但所报道的标记在电泳中会扩增多条条带,条带强弱不同,肉眼难以区分,需借助光学成像软件才能统计分析。这一过程可能会受到pcr体系条件影响导致非特异性位点出现或消失,或因荧光分辨率不够导致光学成像软件漏读条带。此类标记适合大规模的种质初筛,不适合具体品种鉴定。因此,非常有必要开发快速、准确、易观测鉴别或辅助鉴别具体血叶兰品种的分子标记。


技术实现思路

1、本专利技术主要针对上述技术问题,本专利技术开发了血叶兰不同品种特有的分子标记,所述标记为相应品种中首次报道,可用于相应品种的鉴定或辅助鉴定。并提供一种简便的分子标记的方法,鉴别或辅助鉴别4种血叶兰品种,特别是鉴定“西贡红”品种。具体提供一种鉴别或辅助鉴别四种血叶兰,特别是鉴定“西贡红”血叶兰品种的分子标记及其应用。本专利技术利用高通量测序的方法,从4个血叶兰品种全基因组序列中组装出基因组contigs,并对不同品种的基因组contigs进行比较。不同品种的血叶兰基因组内存在多个长度超过10bp的indel或存在下mnp变异,推测可作为分子标记,通过常规的pcr和琼脂糖凝胶电泳,或通过测序对不同血叶兰品种进行鉴定区分。

2、具体地,本专利技术提供如下技术方案:

3、第一方面,本专利技术提供一种鉴定区分血叶兰品种“闽热寅龙”(以下简称寅龙)、“弦月”、“西贡红”、“银线”的分子标记,所述分子标记包含如下所示任一序列(seq id no:1-seq id no:16):

4、>seq id no.1

5、aaggtactcccgggaacagatccagtggagacggggtggggcctgtagctcagaggattagagcacgtggctacgaaccacggtgtcgggggttcgaatccctcctcgcccacaaccggcccaaaagggcctttccctctgggggtaggaaaataatgatcgggatagcggccgcaaagctattgaacttgggtatggtcctttttcgttttttatttatcagtcagttttatattattacatatagtaaaatagtaaaatagtaaaatagtaaaatagtaaaatagtaaaatagtaaaatagtaaaatagtaaaccgggccgaaatcagcatatttttgtttgactccccataactcttcctcagccaggcttgggcagaatagcaga

6、>seq id no.2

7、aaggtactcccgggaacagatccagtggagacggggtggggcctgtagctcagaggattagagcacgtggctacgaaccacggtgtcgggggttcgaatccctcctcgcccacaaccggcccaaaagggcctttccctctgggggtaggaaaataatgatcgggatagcggccgcaaagctattgaacttgggtatggtcctttttcgttttttatttatcagtcagttttatattattacatatagtaaaatagtaaaatagtaaaatagtaaaatagtaaaatagtaaaatagtaaaatagtaaaatagtaaaatagtaaaccgggccgaaatcagcatatttttgtttgactccccataactcttcctcagccaggcttgggcagaatagcaga

8、>seq id no.3

9、aaggtactcccgggaacagatccagtggagacggggtggggcctgtagctcagaggattagagcacgtggctacgaaccacggtgtcgggggttcgaatccctcctcgcccacaaccggcccaaaagggcctttccctctgggggtaggaaaataatgatcgggatagcggccgcaaagctattgaacttgggtatggtcctttttcgttttttatttatcagtcagttttctattattacattattacatatagtaaaatagaaaatagtaaaccgggccgaaatcagcatatttttgtttgactccccataactcttcctcagccaggcttgggcagaatagcaga

10、>seq id no.4

11、aaggtactcccgggaacagatccagtggagacggggtggggcctgtagctcagaggattagagcacgtggctacgaaccacggtgtcgggggttcgaatccctcctcgcccacaaccggcccaaaagggcctttccctctgggggtaggaaaataatgatcgggatagcggccgcaaagctattgaacttgggtatggtcctttttcgttttttatttatcagtcagttttatattattacatatagtaaaatagtaaaccgggccgaaatcagcatatttttgtttgactccccataactcttcctcagccaggcttgggcagaatagcaga

12、>seq id no.5

13、ttttctcgttgtatgtgaaagacatttattgttcaaaagaaattactctttattagtcattatctatacttaacttattccataaatttttctcaataatataagagcataatttactttcataacatacaaatagaaaaaaaaaaataaaaaagaaagaaaaaatattctaaaaaaattatttttgaatagaaaaatagatttctattttatatattttttctaatatttagataatgaaatatgctttgtatattgtattttttttttagaatgaagataaagaatatacaaaaattaatgtaatatcttcttattgttaatatatttctatatatttttagagaataagaaagtacataaaatg本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.用于鉴定区分或辅助鉴定区分血叶兰品种的分子标记,其特征在于,所述分子标记包含如SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:12任一序列,所述血叶兰品种为“闽热寅龙”、“弦月”、“西贡红”、“银线”。

2.用于鉴定区分或辅助鉴定区分血叶兰品种的引物对,所述引物对为能够在血叶兰基因组扩增出权利要求1所述分子标记或其同源序列的引物对,所述血叶兰品种为“闽热寅龙”、“弦月”、“西贡红”、“银线”。。

3.根据权利要求2所述的引物对,其特征在于,所述引物对包括S1~S3所示的至少一对,其中S1包含SEQ ID NO.13、SEQ ID NO.14,其中S2包含SEQ ID NO.15、SEQ ID NO.16,其中S3包含SEQ ID NO.17、SEQ ID NO.18。

4.含有权利要求3所述的引物对的试剂盒。

5.一种鉴定区分或辅助鉴定区分血叶兰品种的方法,其特征在于包含以下步骤:

6.一种鉴定区分或辅助鉴定区分血叶兰品种的方法,其特征在于包含以下步骤:

7.用于鉴定区分或辅助鉴定区分血叶兰品种“西贡红”和其它血叶兰品种的分子标记,所述分子标记包含如SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:9中的任一条序列。

8.用于鉴定区分或辅助鉴定区分血叶兰品种“西贡红”和其它血叶兰品种的引物,所述引物为能够在血叶兰基因组扩增出权利要求7所述分子标记或其同源序列的引物。

9.用于鉴定区分或辅助鉴定区分血叶兰品种“西贡红”和其它血叶兰品种的方法,其特征在于包含以下步骤:

10.权利要求1所述的分子标记或权利要求3所述的引物或权利要求6所述的试剂盒的以下任一应用:

...

【技术特征摘要】

1.用于鉴定区分或辅助鉴定区分血叶兰品种的分子标记,其特征在于,所述分子标记包含如seq id no:1-seq id no:12任一序列,所述血叶兰品种为“闽热寅龙”、“弦月”、“西贡红”、“银线”。

2.用于鉴定区分或辅助鉴定区分血叶兰品种的引物对,所述引物对为能够在血叶兰基因组扩增出权利要求1所述分子标记或其同源序列的引物对,所述血叶兰品种为“闽热寅龙”、“弦月”、“西贡红”、“银线”。。

3.根据权利要求2所述的引物对,其特征在于,所述引物对包括s1~s3所示的至少一对,其中s1包含seq id no.13、seq id no.14,其中s2包含seq id no.15、seq id no.16,其中s3包含seq id no.17、seq id no.18。

4.含有权利要求3所述的引物对的试剂盒...

【专利技术属性】
技术研发人员:符稳群郑涛杨俊杰陈芸芸吴英详
申请(专利权)人:闽南师范大学
类型:发明
国别省市:

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