【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于dna分子身份证，具体涉及一组检测糜子种质资源基因型的ssr组合及糜子种质dna分子身份证的创建方法。
技术介绍
1、糜子(panicum miliaceum l.)，禾本科黍属作物，一年生喜温耐旱作物。糜子作为起源于中国的一种古老作物，在世界各地均有分布，其中中国、俄罗斯等国家种植面积较大。在中国，北至内蒙古自治区，南至海南省，西至新疆维吾尔自治区，东至黑龙江省，几乎各省(自治区)均有糜子的种植，在年降水较低的干旱和半干旱地区，糜子是主要粮食作物，同时由于糜子的抗贫瘠的特性，也是贫瘠之地的主要开荒作物之一。目前，世界上保存的糜子种质资源有20000余份，国内的种质资源也有将近10000份。面对如此庞大的群体，对糜子种质资源的管理就显得格外重要。同时，在区域和温度等各种因素的影响下，异源四倍体糜子不同种质资源的dna信息繁杂，不同资源的糜子dna信息的差异能够对其进行准确辨别。糜子基于ssr标记技术的研究广泛。薛延桃等利用103对高多态性ssr引物对146份国内外种质进行遗传多样性研究，表明国内野生资源的遗传多样性明显高于国外，且中国河北可能为糜子发源地。石甜甜等利用144个ssr标记对96份国内外糜子种质进行评估，基于upgma聚类和主成分分析分别将96份种质分为3个类群和6个类群，与地理来源基本一致。连帅等利用63对ssr多态性引物对192份国内外糜子种质资源进行分析，进一步证实中国是糜子起源的中心。dna分子身份证是指将不同种质资源的dna片段的不同转化为特有的字符串、条形码以及二维码等，再加入一些相关的信息
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于提供一组检测糜子种质资源基因型的ssr组合及糜子种质dna分子身份证的创建方法，所述糜子种质dna分子身份证包含糜子的基因型信息和基本信息，可应用于合理且规范的管理以及鉴定糜子的种质资源。
2、本专利技术提供了一组检测糜子种质资源基因型的ssr组合，包括ryw3、ryw6、ryw11、ryw18、ryw37、ryw43和ryw125；
3、针对ryw3设计的引物对包括ryw3-f和ryw3-r，所述ryw3-f的核苷酸序列如seq idno.1所示，ryw3-r的核苷酸序列如seq id no.2所示；
4、针对ryw6设计的引物对包括ryw6-f和ryw6-r，所述ryw6-f的核苷酸序列如seq idno.3所示，ryw6-r的核苷酸序列如seq id no.4所示；
5、针对ryw11设计的引物对包括ryw11-f和ryw11-r，所述ryw11-f的核苷酸序列如seq id no.5所示，ryw11-r的核苷酸序列如seq id no.6所示；
6、针对ryw18设计的引物对包括ryw18-f和ryw18-r，所述ryw18-f的核苷酸序列如seq id no.7所示，ryw18-r的核苷酸序列如seq id no.8所示；
7、针对ryw37设计的引物对包括ryw37-f和ryw37-r，所述ryw37-f的核苷酸序列如seq id no.9所示，ryw37-r的核苷酸序列如seq id no.10所示；
8、针对ryw43设计的引物对包括ryw43-f和ryw43-r，所述ryw43-f的核苷酸序列如seq id no.11所示，ryw43-r的核苷酸序列如seq id no.12所示；
9、针对ryw125设计的引物对包括ryw125-f和ryw125-r，所述ryw125-f的核苷酸序列如seq id no.13所示，ryw125-r的核苷酸序列如seq id no.14所示。
10、优选的，针对所述ssr组合设计的引物对在5’端均标记有荧光基团。
11、优选的，所述荧光基团包括fam或hex。
12、本专利技术还提供了利用上述ssr组合构建糜子种质dna分子身份证中的应用。
13、优选的，所述糜子种质dna分子身份证的类型包括字符串、条形码或二维码。
14、本专利技术还提供了一种糜子种质dna分子身份证的创建方法，包括以下步骤：将糜子基因组dna与上述ssr组合的引物对配制pcr反应体系进行pcr反应，对pcr产物进行荧光毛细管电泳检测；
15、将毛细管电泳所获得的ssr精确的dna分子量，进行数字化和/或字母化处理，得处理数据；
16、使用资源特征分析软件id analysis 4.0检测所述处理数据是否完全区分，对完全区分的数据进行遗传多样性和聚类分析；将每对引物扩增获得的所有不同带型，按分子量从小到大依次排列，组成相应且独特的字符串，进行dna分子身份证的构建。
17、优选的，所述pcr反应体系以20μl计，包括：2×mastermix 10μl、上游引物0.8μl、下游引物0.8μl、dna模板1μl和7.4μl的超纯水；
18、所述pcr反应的程序包括：94℃5min；94℃40s，不同tm退火40s，72℃1min，36个循环；72℃10min。
19、优选的，所述数字化和/或字母化处理，包括根据获得片段的位置进行0、1区分，同一位置有条带为1，无条带为0。
20、优选的，得到字符串后，还包括利用在线条形码生成器将不同种质特有的字符串转化为条形码身份证。
21、优选的，得到字符串后，还包括利用二维码在线技术将材料的基本信息转化为可扫描的二维码dna分子身份证。
22、有益效果：本专利技术提供了一组检测糜子种质资源基因型的ssr组合：ryw3、ryw6、ryw11、ryw18、ryw37、ryw43和ryw125。本专利技术实施例中利用256份材料在上述ssr组合的7对引物下共检出207个等位变异，平均每个位点检测出29.5714个，有效等位变异(ne)为2.0308(ryw18)～6.9305(ryw6)；shannon多样性指数(i)为0.9695(ryw18)～2.3538(ryw6)；观测杂合度(ho)为0.0000(ryw11)～0.9256(ryw18)；期望观测杂合度(he)为0.0744(ryw18)～1.0000(ryw11)；nei’s基因多样性指数(nei)为0.5076(ryw18)～0.8557(ryw6)；多态性信息含量(pic)为0.5255(ryw18)～0.8783(ryw43)。利用7对ssr引物，并结合其相应的表型数据，成功构建了中国核心种质的dna分子身份证，为后续挖掘糜子优质基因以及种质资源管理奠定了基础。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一组检测糜子种质资源基因型的SSR组合，其特征在于，包括RYW3、RYW6、RYW11、RYW18、RYW37、RYW43和RYW125；
2.根据权利要求1所述SSR组合，其特征在于，针对所述SSR组合设计的引物对在5’端均标记有荧光基团。
3.根据权利要求2所述SSR组合，其特征在于，所述荧光基团包括FAM或HEX。
4.利用权利要求1～3任一项所述SSR组合构建糜子种质DNA分子身份证中的应用。
5.根据权利要求4所述应用，其特征在于，所述糜子种质DNA分子身份证的类型包括字符串、条形码或二维码。
6.一种糜子种质DNA分子身份证的创建方法，其特征在于，包括以下步骤：将糜子基因组DNA与权利要求1～3任一项所述SSR组合的引物对配制PCR反应体系进行PCR反应，对PCR产物进行荧光毛细管电泳检测；
7.根据权利要求6所述创建方法，其特征在于，所述PCR反应体系以20μL计，包括：2×MasterMix 10μL、上游引物0.8μL、下游引物0.8μL、DNA模板1μL和余量的蒸馏水；
8
9.根据权利要求6所述创建方法，其特征在于，得到字符串后，还包括利用在线条形码生成器将不同种质特有的字符串转化为条形码身份证。
10.根据权利要求6所述创建方法，其特征在于，得到字符串后，还包括利用二维码在线技术将材料的基本信息转化为可扫描的二维码DNA分子身份证。
...【技术特征摘要】
1.一组检测糜子种质资源基因型的ssr组合，其特征在于，包括ryw3、ryw6、ryw11、ryw18、ryw37、ryw43和ryw125；
2.根据权利要求1所述ssr组合，其特征在于，针对所述ssr组合设计的引物对在5’端均标记有荧光基团。
3.根据权利要求2所述ssr组合，其特征在于，所述荧光基团包括fam或hex。
4.利用权利要求1～3任一项所述ssr组合构建糜子种质dna分子身份证中的应用。
5.根据权利要求4所述应用，其特征在于，所述糜子种质dna分子身份证的类型包括字符串、条形码或二维码。
6.一种糜子种质dna分子身份证的创建方法，其特征在于，包括以下步骤：将糜子基因组dna与权利要求1～3任一项所述ssr组合的引物对配制pc...
【专利技术属性】
技术研发人员：王瑞云，薛亚鹏，王宇卓，王晓丹，迪帕克，陈凌，曹晓宁，乔治军，
申请(专利权)人：山西农业大学，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。