System.ArgumentOutOfRangeException: 索引和长度必须引用该字符串内的位置。 参数名: length 在 System.String.Substring(Int32 startIndex, Int32 length) 在 zhuanliShow.Bind() 核酸测序数据处理方法、计算机设备及存储介质技术_技高网

核酸测序数据处理方法、计算机设备及存储介质技术

技术编号:41230086 阅读:6 留言:0更新日期:2024-05-09 23:46
本申请提供了一种核酸测序数据处理方法、计算机设备及存储介质,其中,所述方法包括:在核酸测序的第一测序阶段结束后,读取在核酸测序的第一测序阶段检测出的多个测序对象的第一测序数据;其中,第一测序数据中包含样本标签的测序数据及核酸序列中的一部分序列的测序数据;在进行核酸测序的第二测序阶段的同时,根据样本标签的测序数据识别多个测序对象各自的样本来源,并根据识别出的样本来源从多个测序对象的第一测序数据中将来源于同种生物样本的至少一个测序对象的第一测序数据进行拆分处理,得到多种生物样本的第一测序结果。

【技术实现步骤摘要】

本申请涉及计算机,具体而言,涉及核酸测序数据处理方法、计算机设备及存储介质


技术介绍

1、随着二代核酸检测技术的迅猛发展,二代核酸检测技术被应用于多种场景以解决相应问题,比如用来解决生物学问题等。其中二代核酸检测技术基于对检测时间和检测成本的平衡,通常是对来源于多种检测样本的多个检测对象同时进行检测,并且为了能够对检测对象的样本来源进行区分,检测对象中不仅包含需要检测的核酸序列,还包含有样本标签,样本标签用于指示对应的核酸序列来源于哪个样本。

2、在进行测序的过程中会产生大量需要处理的测序数据,因此如何对大量待处理的测序数据进行处理成为了该领域内亟待解决的问题。


技术实现思路

1、本申请实施例至少提供一种核酸测序数据处理方法、计算机设备及存储介质。

2、第一方面,本申请实施例提供了一种核酸测序数据处理方法,应用于多个测序对象的核酸测序数据,所述多个测序对象来源于多种生物样本,所述测序对象包含样本标签和核酸序列,所述样本标签用于指示所述测序对象的样本来源;所述方法包括:

3、在核酸测序的第一测序阶段结束后,读取在核酸测序的第一测序阶段检测出的所述多个测序对象的第一测序数据;其中,所述第一测序数据中包含所述样本标签的测序数据及所述核酸序列中的一部分序列的测序数据;

4、在进行核酸测序的第二测序阶段的同时,根据所述样本标签的测序数据识别所述多个测序对象各自的样本来源,并根据识别出的样本来源从所述多个测序对象的第一测序数据中将来源于同种生物样本的至少一个测序对象的第一测序数据进行拆分处理,得到所述多种生物样本的第一测序结果。

5、一种可能的实施方式中,所述样本标签包括第一样本标签和第二样本标签,所述第一测序数据中包含所述第一样本标签的测序数据和所述第二样本标签的测序数据。

6、一种可能的实施方式中,所述样本标签包括第一样本标签和第二样本标签,所述第一测序数据中包含所述第一样本标签的测序数据。

7、一种可能的实施方式中,所述样本标签包括第一样本标签,所述第一测序数据中包含所述第一样本标签的测序数据。

8、一种可能的实施方式中,所述方法还包括:

9、在所述核酸测序的第二测序阶段结束后,读取在核酸测序的第二测序阶段检测出的所述多个测序对象的第二测序数据,其中,所述第二测序数据中包含所述核酸序列中的另一部分序列的测序数据;

10、根据在第一测序阶段识别出的样本来源从所述多个测序对象的第二测序数据中将来源于同种生物样本的至少一个测序对象的第二测序数据进行拆分处理,得到所述多种生物样本的第二测序结果;

11、基于所述第一测序结果和所述第二测序结果,汇总生成所述多种生物样本的目标测序结果。

12、一种可能的实施方式中,所述方法还包括:

13、在所述核酸测序的第二测序阶段结束后,读取在核酸测序的第二测序阶段检测出的所述多个测序对象的第二测序数据,其中,所述第二测序数据中包含第二样本标签的测序数据和所述核酸序列中的另一部分序列的测序数据;

14、根据所述第一样本标签和所述第二样本标签的测序数据识别所述多个测序对象各自的样本来源,并根据识别出的样本来源从所述多个测序对象的第二测序数据中将来源于同种生物样本的至少一个测序对象的第二测序数据进行拆分处理,得到所述多种生物样本的第二测序结果;

15、基于所述第一测序结果和所述第二测序结果,汇总生成所述多种生物样本的目标测序结果。

16、一种可能的实施方式中,所述第一测序结果包括临时数据形式的第一测序统计数据;

17、所述基于所述第一测序结果和所述第二测序结果,汇总生成所述多种生物样本的目标测序结果,包括:

18、将所述第二测序结果中的第二测序统计数据和所述临时数据形式的第一测序统计数据进行融合计算,得到目标统计数据;

19、基于所述目标统计数据,生成所述多种生物样本的目标测序结果。

20、一种可能的实施方式中,所述将所述第二测序结果中的第二测序统计数据和所述临时数据形式的第一测序统计数据进行融合计算,得到所述目标统计数据,包括:

21、针对任一所述测序对象,根据该测序对象对应的样本标签,对该测序对象对应的临时数据形式的第一测序统计数据和第二测序统计数据进行融合计算,得到该测序对象对应的目标统计数据。

22、一种可能的实施方式中,所述方法还包括:

23、在测序阶段,采集所述多个测序对象的荧光图像;其中,所述荧光图像为所述多个测序对象在多个测序循环中的待测碱基经过荧光成像所产生的;

24、对所述多个测序对象的荧光图像进行特征提取,并根据提取后得到的荧光特征检测出待测碱基,得到测序数据;其中,所述测序阶段包括第一测序阶段和第二测序阶段。

25、第二方面,本申请实施例还提供一种计算机设备,包括:处理器、存储器和总线,所述存储器存储有所述处理器可执行的机器可读指令,当计算机设备运行时,所述处理器与所述存储器之间通过总线通信,所述机器可读指令被所述处理器执行时执行上述第一方面,或第一方面中任一种可能的实施方式中的步骤。

26、第三方面,本申请实施例还提供一种计算机可读存储介质,该计算机可读存储介质上存储有计算机程序,该计算机程序被处理器运行时执行上述第一方面,或第一方面中任一种可能的实施方式中的步骤。

27、本申请实施例提供的核酸测序数据处理方法、计算机设备及存储介质,可以在进行测序过程的第二测序阶段的同时,对此前第一测序阶段产生的第一测序数据进行拆分处理,从而实现拆分处理和样本测序的同步进行,这样使得在完成第二阶段测序后需要处理的数据不包含此前已处理过的第一测序数据,相较于在测序过程完成后再进行全部测序数据的处理,通过在测序过程中测序和数据处理的并行,能够减少在测序结合后数据处理所需要的等待时间,提高了测序数据的处理效率,同时提高了硬件设备的利用率。

28、此外,通过在测序过程中测序和数据处理的并行,还可以减少实时数据处理量的峰值,从而可以降低数据处理过程中对硬件设备的性能需求,所述性能需求例如可以为内存容量需求,从而可以降低数据处理过程的硬件成本,降低了测序数据处理的硬件使用门槛。

29、为使本申请的上述目的、特征和优点能更明显易懂,下文特举较佳实施例,并配合所附附图,作详细说明如下。

本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种核酸测序数据处理方法,其特征在于,应用于多个测序对象的核酸测序数据,所述多个测序对象来源于多种生物样本,所述测序对象包含样本标签和核酸序列,所述样本标签用于指示所述测序对象的样本来源;所述方法包括:

2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述样本标签包括第一样本标签和第二样本标签,所述第一测序数据中包含所述第一样本标签的测序数据和所述第二样本标签的测序数据。

3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述样本标签包括第一样本标签和第二样本标签,所述第一测序数据中包含所述第一样本标签的测序数据。

4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述样本标签包括第一样本标签,所述第一测序数据中包含所述第一样本标签的测序数据。

5.根据权利要求2或4所述的方法,其特征在于,所述方法还包括:

6.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,所述方法还包括:

7.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,所述第一测序结果包括临时数据形式的第一测序统计数据;

8.根据权利要求7所述的方法,其特征在于,所述将所述第二测序结果中的第二测序统计数据和所述临时数据形式的第一测序统计数据进行融合计算,得到所述目标统计数据,包括:

9.一种计算机设备,其特征在于,包括:处理器、存储器和总线,所述存储器存储有所述处理器可执行的机器可读指令,当计算机设备运行时,所述处理器与所述存储器之间通过总线通信,所述机器可读指令被所述处理器执行时执行如权利要求1至8任一所述的核酸测序数据处理方法的步骤。

10.一种计算机可读存储介质,其特征在于,该计算机可读存储介质上存储有计算机程序,该计算机程序被处理器运行时执行如权利要求1至8任一所述的核酸测序数据处理方法的步骤。

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【技术特征摘要】

1.一种核酸测序数据处理方法,其特征在于,应用于多个测序对象的核酸测序数据,所述多个测序对象来源于多种生物样本,所述测序对象包含样本标签和核酸序列,所述样本标签用于指示所述测序对象的样本来源;所述方法包括:

2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述样本标签包括第一样本标签和第二样本标签,所述第一测序数据中包含所述第一样本标签的测序数据和所述第二样本标签的测序数据。

3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述样本标签包括第一样本标签和第二样本标签,所述第一测序数据中包含所述第一样本标签的测序数据。

4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述样本标签包括第一样本标签,所述第一测序数据中包含所述第一样本标签的测序数据。

5.根据权利要求2或4所述的方法,其特征在于,所述方法还包括:

6.根据权利要求3...

【专利技术属性】
技术研发人员:肖勇杰徐晓东崔若鹏
申请(专利权)人:郑州思昆生物工程有限公司
类型:发明
国别省市:

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