【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物信息学领域，特别是涉及一种基于扩增捕获的小panel检测cnv的方法。
技术介绍
1、拷贝数变异是指基因组中dna序列的重复、缺失或插入等变异，其中cnv的检测对于疾病的诊断、分型、预后预测和治疗策略制定具有重要意义，传统的cnv检测方法通常需要大量的基因组信息，一般需要全基因组测序或全外显子测序，检测过程复杂、耗时，难以满足临床试剂需求，因此，如何进行快速、准确、高效的cnv检测方法对于临床用药具有非常重要的意义，目前针对大部分检测需求，小panel由于仅包含几十到几百个测序基因，检测结果稳定，成本低，分析速度快，得到了越来越多的应用，一般的cnv检测在拷贝数变异影响区域长度与设计总长度的比值20％的时候，拷贝数变异检测则会遇到困难。但是在小panel中，由于设计总长度有限，容易出现高达50％占比的拷贝数变异，无法使用目前的cnv检测，因此小panel检测cnv特别受到cnv待测区域占比过高这一情况的局限。
2、目前针对小panel检测cnv受限的问题，有提出在设计小panel时引入若干拷贝数稳定的对照基因，降低cnv待测区域的占比，使得加入对照基因后预计出现的cnv区域占panel总设计长度的比例变小，一般小于panel总设计长度的20％，从而降低cnv检测软件基于测序数据覆盖度分布检测cnv信号的影响，使得大型cnv可以被正常检出，但是由于不同的引物存在不同的扩增效率，以及不同样本不同人员不同批次试剂等原因造成的pcr扩增过程的不一致性，导致每个扩增子的深度大不相同，不同的样本的扩增子测序深度
技术实现思路
1、针对上述问题，本专利技术提供了一种基于扩增捕获的小panel检测cnv的方法，利用同批次cnv阴性样本做对照来检测拷贝数变异，可以改善现有的基于小panel进行的cnv检测中易于出现假阳性和假阴性的问题。
2、本专利技术的技术方案是：
3、一种基于扩增捕获的小panel检测cnv的方法，包括如下步骤：
4、s1、将同批次的待测样本与cnv阴性对照样本的dna，进行基于带umi引物的扩增捕获建库测序；
5、s2、获得带有umi标签的待测样本测序数据和同批次cnv阴性对照样本测序数据；
6、s3、对步骤s2获得的测序数据进行质控并与参考基因组进行比对，获得待测样本和同批次cnv阴性对照样本的测序数据在参考基因组上的比对数据；
7、s4、对步骤s3获得的比对数据进行umi去重处理，获得两个样本的每个扩增子的起始dna片段数量的数据，即umi去重处理后的扩增子测序深度数据；
8、s5、计算步骤s4获得的umi去重处理后的扩增子测序深度数据，并采用归一化的方法消除下机数据量的影响；
9、s6、计算待测样本测序数据和同批次cnv阴性对照样本测序数据在非cnv区域的扩增子测序深度的相关系数；
10、s7、根据步骤s6得到的相关数据，计算待测样本相对同批次cnv阴性对照样本在cnv区域每个扩增子测序深度的变化值，取平均值作为该cnv区域的测序深度变化值；
11、s8、根据变化值结果进行分析判断目标区域拷贝数情况：
12、 变化值 拷贝数情况 小于0.75 拷贝数减少 大于等于0.75，小于等于1.25 拷贝数不变 大于1.25 拷贝数增加
13、根据拷贝数情况分析cnv结果。
14、所述步骤s2，所述测序数据为fastq文件。
15、所述步骤s3，所述数据质控为去掉接头序列和低质量序列。
16、所述步骤s3，所述参考基因组进行比对后得到测序序列比对到参考基因组的文件即bam文件。
17、所述步骤s4，所述umi去重处理为合并相同umi的reads，得到参考基因组的去重umi序列比对文件即deumi bam文件，其中包含了样本中的扩增子区域的起始片段数量。
18、所述步骤s6，所述测序深度相关系数为皮尔逊相关系数，若该系数大于等于0.9，则进行下一步，否则需要重新选择cnv阴性对照样本。
19、所述步骤s1，所述pcr建库测序采用的引物，包括snv、indel点位和cnv基因，其中cnv基因的扩增子占比不超过50％。
20、本专利技术的有益效果是：
21、1.利用umi回溯核酸的起始含量，并使用同批次的cnv阴性样本做对照，最大程度减少了不同样本的扩增效率不均一造成的扩增子测序深度的差异，提高了cnv检测的灵敏度和特异性；
22、2.利用待测样本和对照样本的非cnv区域测序深度的相关性来确保两组样本的扩增效率具有高度一致性，保证cnv检测的准确性。
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1.一种基于扩增捕获的小panel检测CNV的方法，其特征在于，包括如下步骤：
2.根据权利要求1所述的一种基于扩增捕获的小panel检测CNV的方法，其特征在于，所述步骤S2，所述测序数据为fastq文件。
3.根据权利要求1所述的一种基于扩增捕获的小panel检测CNV的方法，其特征在于，所述步骤S3，所述数据质控为去掉接头序列和低质量序列。
4.根据权利要求1所述的一种基于扩增捕获的小panel检测CNV的方法，其特征在于，所述步骤S3，所述参考基因组进行比对后得到测序序列比对到参考基因组的文件即bam文件。
5.根据权利要求1所述的一种基于扩增捕获的小panel检测CNV的方法，其特征在于，所述步骤S4，所述UMI去重处理为合并相同UMI的reads，得到参考基因组的去重UMI序列比对文件即deUMI bam文件，其中包含了样本中的扩增子区域的起始DNA片段数量。
6.根据权利要求1所述的一种基于扩增捕获的小panel检测CNV的方法，其特征在于，所述步骤S6，所述测序深度相关系数为皮尔逊相关系数，若该系数大于等
7.根据权利要求1所述的一种基于扩增捕获的小panel检测CNV的方法，其特征在于，所述步骤S1，所述PCR建库测序采用的引物，包括SNV、Indel点位和CNV基因，其中CNV基因的扩增子占比不超过50％。
...【技术特征摘要】
1.一种基于扩增捕获的小panel检测cnv的方法，其特征在于，包括如下步骤：
2.根据权利要求1所述的一种基于扩增捕获的小panel检测cnv的方法，其特征在于，所述步骤s2，所述测序数据为fastq文件。
3.根据权利要求1所述的一种基于扩增捕获的小panel检测cnv的方法，其特征在于，所述步骤s3，所述数据质控为去掉接头序列和低质量序列。
4.根据权利要求1所述的一种基于扩增捕获的小panel检测cnv的方法，其特征在于，所述步骤s3，所述参考基因组进行比对后得到测序序列比对到参考基因组的文件即bam文件。
5.根据权利要求1所述的一种基于扩增捕获的小panel检测cnv的方...
【专利技术属性】
技术研发人员：李为民，陈勃江，胡杰，叶丰，杜昭，陈冠男，王婧，胡文闯，
申请(专利权)人：四川大学华西医院，
类型：发明
国别省市：
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