【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于水产动物分子标记，具体涉及一种与绿鳍马面鲀生长性状相关的snp分子标记及其应用。
技术介绍
1、绿鳍马面鲀（thamnaconus septentrionalis）隶属鲀形目（tetraodontiformes）、单角鲀科（monacanthidae）、马面鲀属（thamnaconus），由于绿鳍马面鲀的研究主要集中在资源调查和评估和种群遗传多样性分析等方面，只有少量研究涉及繁殖育种，所以导致绿鳍马面鲀的养殖产量陷入瓶颈，产量较低，缺乏优良品种。利用现代生物技术，对绿鳍马面鲀开展分子标记的研究和开发，培育出具有生长快、产量高等优良生长性状的新品种，是绿鳍马面鲀养殖产业壮大和健康发展的必要条件。
2、分子标记是指能反映生物个体或种群间基因组中某种差异的特异性dna片段。单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, snp）是指由单个核苷酸的替换、颠换、缺失或插入等变化引起的dna序列多态性。作为第三代分子标记，snp标记作具有多态性高、遗传稳定性高和检测方便等诸多优点，已广泛应用于鱼类分子育种过程中。基于snp分子标记是目前最流行的进行鱼类分子育种的和性状定位的最重要的工具，可以对具有性状优势的等位基因或基因型的个体进行选择育种。
技术实现思路
1、本专利技术的第一个目的在于提供一种与绿鳍马面鲀生长性状相关的snp分子标记。
2、本专利技术的目的还在于提供一种检测上述snp分子标记的引物或试剂盒以及利用所述引物或
3、本专利技术的最后一个目的在于提供检测上述snp分子标记的试剂、上述引物或试剂盒在选育具有优良生长性状的绿鳍马面鲀中的应用。
4、本专利技术的上述第一个目的可以通过以下技术方案来实现：一种与绿鳍马面鲀生长性状相关的snp分子标记，所述snp分子标记位于绿鳍马面鲀5号染色体的第896561位碱基处，其突变类型为a/g，命名为chr5: 896561a>g。
5、参考基因组版本号为gca_009823395.1。
6、进一步地，所述生长性状为包括体重、体长和体高，其中，aa基因型为优选基因型，该基因型个体生长性状优于ag和gg基因型。
7、因此，本专利技术提供了一种与绿鳍马面鲀生长性状相关的snp分子标记，所述生长性状包括个体的体重、体长和体高，它位于5号染色体的896561位碱基处，突变类型为a/g，命名为chr5: 896561a>g；其中，aa基因型为优选基因型，该基因型个体生长形状优于ag和gg基因型。
8、本专利技术的上述第二个目的可以通过以下技术方案来实现：一种检测与绿鳍马面鲀生长性状相关的snp分子标记的引物，所述引物包括上游引物和下游引物，所述上游引物的序列如seq id no：1所示，所述下游引物的序列如seq id no：2所示。
9、具体地：
10、上游引物：5’-ggacccagtgaagttgagca-3’（ seq id no：1）；
11、下游引物：5’-ttcattgtcagcctggcagt-3’（ seq id no：2）。
12、本专利技术还提供了一种检测与绿鳍马面鲀生长性状相关的snp分子标记的试剂盒，所述试剂盒包括上述的引物。
13、进一步地，本专利技术还提供了一种选育具有优良生长性状的绿鳍马面鲀的方法，包括以下步骤：
14、（1）提取待测绿鳍马面鲀个体鳍条dna；
15、（2）利用所述的引物或试剂盒对提取的dna进行pcr扩增，获得扩增产物；
16、（3）对扩增产物进行测序分析，确定上述待测绿鳍马面鲀个体的snp分子标记（chr5: 896561a>g snp位点）基因型，然后分析确定个体是否具有优良生长性状潜力。
17、可选地，步骤（3）中所述snp分子标记（chr5: 896561a>g snp位点）基因型中aa基因型的个体生长性状优于ag和gg基因型。
18、本专利技术的上述最后一个目的可以通过以下技术方案来实现：检测上述snp分子标记的试剂在选育具有优良生长性状的绿鳍马面鲀中的应用。
19、本专利技术还公开了上述引物或上述试剂盒在选育具有优良生长性状的绿鳍马面鲀中的应用。
20、本专利技术还进一步公开了上述方法在选育具有优良生长性状的绿鳍马面鲀中的应用。
21、本专利技术具有以下优点：
22、（1）本专利技术通过全基因组关联分析解析绿鳍马面鲀混合家系群体的生长性状，筛选到一个与个体体长和体重关联的候选snp位点，命名为chr5:896561 a>g；并且在另一个绿鳍马面鲀群体中进一步验证确定了该snp位点与生长性状相关联；
23、（2）本专利技术snp标记通过一对引物即可判定，操作简单方便，且结果准确可靠；
24、（3）本专利技术提供的snp位点及引物和试剂盒在绿鳍马面鲀分子标记辅助育种中具有应用前景，该snp分子标记不受个体年龄、性别等因素的影响，可用于早期绿鳍马面鲀的筛选，能够显著缩短育种时间。
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1.一种与绿鳍马面鲀生长性状相关的SNP分子标记，其特征在于：所述SNP分子标记位于绿鳍马面鲀5号染色体的第896561位碱基处，其突变类型为A/G，命名为Chr5: 896561A>G。
2.根据权利要求1所述与绿鳍马面鲀生长性状相关的SNP分子标记，其特征在于：所述生长性状包括体重、体长和体高，其中，AA基因型为优选基因型，该基因型个体生长性状优于AG和GG基因型。
3.一种检测权利要求1所述与绿鳍马面鲀生长性状相关的SNP分子标记的引物，其特征在于：所述引物包括上游引物和下游引物，所述上游引物的序列如SEQ ID NO：1所示，所述下游引物的序列如SEQ ID NO：2所示。
4.一种检测与绿鳍马面鲀生长性状相关的SNP分子标记的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒包括权利要求3中所述的引物。
5.一种选育具有优良生长性状的绿鳍马面鲀的方法，其特征在于包括以下步骤：
6.根据权利要求5所述选育具有优良生长性状的绿鳍马面鲀的方法，其特征在于：步骤（3）中所述SNP分子标记的基因型中AA基因型的个体生长性状优于AG和G
7.检测权利要求1或2所述SNP分子标记的试剂在选育具有优良生长性状的绿鳍马面鲀中的应用。
8.权利要求3所述引物在选育具有优良生长性状的绿鳍马面鲀中的应用。
9.权利要求4所述试剂盒在选育具有优良生长性状的绿鳍马面鲀中的应用。
10.权利要求5或6所述方法在选育具有优良生长性状的绿鳍马面鲀中的应用。
...【技术特征摘要】
1.一种与绿鳍马面鲀生长性状相关的snp分子标记，其特征在于：所述snp分子标记位于绿鳍马面鲀5号染色体的第896561位碱基处，其突变类型为a/g，命名为chr5: 896561a>g。
2.根据权利要求1所述与绿鳍马面鲀生长性状相关的snp分子标记，其特征在于：所述生长性状包括体重、体长和体高，其中，aa基因型为优选基因型，该基因型个体生长性状优于ag和gg基因型。
3.一种检测权利要求1所述与绿鳍马面鲀生长性状相关的snp分子标记的引物，其特征在于：所述引物包括上游引物和下游引物，所述上游引物的序列如seq id no：1所示，所述下游引物的序列如seq id no：2所示。
4.一种检测与绿鳍马面鲀生长性状相关的snp分...
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