一种精确识别鉴定耐药基因环境宿主菌的方法技术

本发明专利技术公开了一种精确识别鉴定耐药基因环境宿主菌的方法，包括采用改进的巢式PCR进行epicPCR，将细菌16S rRNA基因的片段与目标耐药基因相连接。本发明专利技术方法克服了现有的epicPCR的缺陷，实现了更高精度的宿主菌物种注释，对现有的epicPCR方法中的巢式PCR的引物及反应条件进行改进，将16S rRNA基因的V4‑V8或V4‑V9区与目标耐药基因相连接。相比于现有的epicPCR中扩增片段仅覆盖V4区，改进epicPCR扩增片段覆盖16S rRNA基因的V4‑V8或V4‑V9区，大幅提升epicPCR在种水平的注释率。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及一种识别鉴定菌株的方法，特别涉及一种识别和鉴定耐药基因宿主菌的方法，属于生物。

技术介绍

1、耐药基因在环境菌群间的传播与扩散是人类健康安全的潜在威胁。识别耐药基因的环境宿主菌有利于为管控耐药基因的环境传播风险提供有益信息。“耐药基因的宿主菌”为携带耐药基因的细菌，又称耐药菌。然而，目前如何快速、高通量识别耐药基因在复杂环境体系中的可培养和不可培养耐药菌仍是重要技术挑战。

2、耐药菌能通过表达其携带的耐药基因而表现出对抗生素的耐受性(即“耐药性”)。抗生素由于能高效杀灭细菌而成为治疗细菌源感染的重要药物。然而，随着抗生素在人类临床和动物养殖过程的大量使用甚至滥用，人类及动物肠道、粪污，以及粪污受纳环境中往往存在较高的抗生素残留。在抗生素压力的选择作用下，耐药基因的宿主菌由于具有耐药性而通常表现出生存优势，从而进一步被选择性富集。环境既是耐药基因宿主菌的重要储库，也是其从动物传播到人的重要途径。耐药基因宿主菌在环境中的富集、传播和扩散，最终有可能使人类临床面临无药可医的困境。

3、耐药基因既可以通过垂直遗传的方式在宿主菌本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种精确识别鉴定耐药基因环境宿主菌的方法，其特征是，包括采用改进的巢式PCR进行epicPCR扩增，将细菌16S rRNA基因的V4-V8或V4-V9区与目标耐药基因相连接。

2.如权利要求1所述的方法，其特征是，epicPCR扩增过程中，所述的改进的巢式PCR的反向引物的序列号为SEQ ID NO. 2、SEQ ID NO. 4或SEQ ID NO. 5，优选为SEQ ID NO. 2或SEQ ID NO. 4，进一步优选为SEQ ID NO. 2。

3.如权利要求1或2所述的方法，其特征是，在采用改进的巢式PCR引物进行epicPCR过程中，巢式PCR的引...

【技术特征摘要】

1.一种精确识别鉴定耐药基因环境宿主菌的方法，其特征是，包括采用改进的巢式pcr进行epicpcr扩增，将细菌16s rrna基因的v4-v8或v4-v9区与目标耐药基因相连接。

2.如权利要求1所述的方法，其特征是，epicpcr扩增过程中，所述的改进的巢式pcr的反向引物的序列号为seq id no. 2、seq id no. 4或seq id no. 5，优选为seq id no. 2或seq id no. 4，进一步优选为seq id no. 2。

3.如权利要求1或2所述的方法，其特征是，在采用改进的巢式pcr引物进行epicpcr过程中，巢式pcr的引物浓度为0.4-0.9μm ，优选为0.6 μm。

4.如权利要求1或2所述的方法，其特...

【专利技术属性】
技术研发人员：张昱，刘诗海，代世婷，韩子铭，杨敏，
申请(专利权)人：中国科学院生态环境研究中心，
类型：发明
国别省市：