一种肺腺癌放疗应答中潜在分子机制的分析方法技术

本发明专利技术公开了一种肺腺癌放疗应答中潜在分子机制的分析方法，包括以下步骤：步骤一、获取数据：从TCGA下载肺腺癌的450K甲基化数据和转录组数据，从GEO下载GSE146100和肺腺癌单细胞数据，从GEO下载GSE68379肺腺癌甲基化细胞系数据；步骤二、提取样本：挑选文件中submitter_id.samples、primary_therapy_outcome_success、radiation_therapy、sample_type.samples这几列，去掉NA指，然后筛选radiation_therapys为YES，并且sample_type.samples不为Solid Tissue Normal的样本，共49个样本；本发明专利技术该分析方法解释差异分析和功能富集结果的生物学意义，探讨甲基化和转录组数据整合分析的重要性，强调验证数据集的比较，讨论共性和差异性。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及肺腺癌放疗，具体为一种肺腺癌放疗应答中潜在分子机制的分析方法。

技术介绍

1、在生活中有很多人可能没听说过肺腺癌这种疾病，其实肺腺癌也是肺癌疾病中的一种，这种疾病属于是一种非小细胞癌，肺腺癌好发人群主要是女性和非吸烟者，本病起源于支气管粘膜上皮，有少部分也起源于大的支气管粘膜腺，当患有这种疾病时病人也是会出现一种症状表现。

2、一般肺腺癌病人采用放射治疗，也是会有一定的效果的，虽然肺腺癌接受放疗，它的敏感性不如肺鳞癌和小细胞肺癌好，但是对于一些不能够进行手术切除的肺腺癌病人，或者是局部晚期的肺腺癌病人，放疗仍然是一个重要的治疗手段，比如有一些早期肺腺癌的病人，可能会因为心肺功能比较差，不能够耐受手术的切除，或者病人拒绝进行手术治疗，这个时候根治性的放疗，就是一个重要的治疗手段，而对于一些手术有困难的局部晚期的病人，同样可以采用根治性的放射治疗，来控制病情的发展，在放疗的同时还可以联合全身的化疗，通过放疗与化疗的综合应用，可以进一步提高治疗的疗效，延长病人的生存期。

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【技术保护点】

1.一种肺腺癌放疗应答中潜在分子机制的分析方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的一种肺腺癌放疗应答中潜在分子机制的分析方法，其特征在于：所述步骤三中筛选条件具体为将primary_therapy_outcome_success这一列中“Complete Remission/Response”和“Partial Remission/Response”的样本归为放疗“sensitive”组，其他归为放疗“resistant”组。

3.根据权利要求1所述的一种肺腺癌放疗应答中潜在分子机制的分析方法，其特征在于：所述步骤六中差异分析的具体条件为差异筛选...

【技术特征摘要】

1.一种肺腺癌放疗应答中潜在分子机制的分析方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的一种肺腺癌放疗应答中潜在分子机制的分析方法，其特征在于：所述步骤三中筛选条件具体为将primary_therapy_outcome_success这一列中“complete remission/response”和“partial remission/response”的样本归为放疗“sensitive”组，其他归为放疗“resistant”组。

3.根据权利要求1所述的一种肺腺癌放疗应答中潜在分子机制的分析方法，其特征在于：所述步骤六中差异分析的具体条件为差异筛选阈值为“padj＜0.05，logfc＜0.5”，对luad甲基化数据使用minfi包中的noob函数进行标准化，利用t检验方法找差异探针，设置条件是p.adjusted＜0.05。

4.根据权利要求1所述的一种肺腺癌放疗应答中潜在分子机制的分析方法，其特征在于：所述步骤七中肺腺癌转录组签名矩阵制作过程为对于下载的肺腺癌单细胞数据，利用seurat包对单细胞数据进行标准化、降维和聚类，利用findallmarkers找到每一个cluster的marker genes，利用singler和cellmarker2对每一个cluster进行细胞类型注释，然后上传至官网制作肺腺癌转录组签名矩阵。

5.根...

【专利技术属性】
技术研发人员：李雪玲，崔双双，
申请(专利权)人：中国科学院合肥物质科学研究院，
类型：发明
国别省市：