【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物,涉及一种提高宏基因组物种鉴定准确性的方法、装置、存储介质及其应用。
技术介绍
1、核酸是生命体遗传信息的主要载体,不同的碱基数量和排列顺序造就了生命体的多样性。基因测序技术解析生命体的核酸结构,可以突破不同病原体类型的局限性,已逐渐成为临床微生物鉴定领域的重要工具。随着测序技术的不断发展,自动化测序、焦磷酸测序、高通量测序、甲基化修饰测序等技术应运而生。如现在在临床诊断中应用最广泛的高通量测序,增加了测序通量、降低了测序成本,与传统实验室病原检测方法相比,可以无偏向性的全面覆盖多种病原体,在同时鉴定细菌、真菌、病毒和寄生虫等多种类型病原微生物的同时,还可以检测耐药基因和毒力因子,指导临床精准用药。
2、目前,在基于测序技术的病原鉴定分析流程中,普遍是根据序列与物种参考基因组的比对情况鉴定病原微生物。如cn110349630a公开一种血液宏基因组测序数据的分析方法、装置及其应用,包括数据质控统计和拆分步骤、人源序列去除步骤、质粒序列去除和内参比对步骤、病原基因组序列库比对步骤和病原参数注释步骤。但同源物种的
...【技术保护点】
1.一种提高宏基因组物种鉴定准确性的方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:
2.根据权利要求1所述提高宏基因组物种鉴定准确性的方法,其特征在于,步骤S1中所述同源物种的基因组相似性>=90%;
3.根据权利要求1或2所述提高宏基因组物种鉴定准确性的方法,其特征在于,步骤S2具体包括:
4.根据权利要求1-3任一项所述提高宏基因组物种鉴定准确性的方法,其特征在于,步骤S3具体包括:根据各物种代表株对应的注释文件提取其包括基因区域序列片段,将各序列片段比对S1步骤中构建的同源物种数据库,提取有比对结果的序列保存;
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...【技术特征摘要】
1.一种提高宏基因组物种鉴定准确性的方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:
2.根据权利要求1所述提高宏基因组物种鉴定准确性的方法,其特征在于,步骤s1中所述同源物种的基因组相似性>=90%;
3.根据权利要求1或2所述提高宏基因组物种鉴定准确性的方法,其特征在于,步骤s2具体包括:
4.根据权利要求1-3任一项所述提高宏基因组物种鉴定准确性的方法,其特征在于,步骤s3具体包括:根据各物种代表株对应的注释文件提取其包括基因区域序列片段,将各序列片段比对s1步骤中构建的同源物种数据库,提取有比对结果的序列保存;
5.一种提高宏基因组物种鉴定准确性的装置,其特征在于,所述装置用于执行权利要求1-4任一项所述的提高宏基因组物种鉴定准确性的方法中的步骤,所述装置包括:
6.根据权...
【专利技术属性】
技术研发人员:郭凤明,陈玲,袁剑颖,钟佩雯,欧阳聪,李英镇,陈嘉昌,柳俊,胡朝晖,
申请(专利权)人:广州市金圻睿生物科技有限责任公司,
类型:发明
国别省市:
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