一种提高宏基因组物种鉴定准确性的方法、装置、存储介质及其应用制造方法及图纸

技术编号:40955346 阅读:37 留言:0更新日期:2024-04-18 20:31
本发明专利技术公开了一种提高宏基因组物种鉴定准确性的方法、装置、存储介质及其应用。本发明专利技术基于各同源物种的多株参考基因组,分析各物种的种内保守且种间特异的单核苷酸多态性位点作为可区分同源物种鉴定位点cs_SNP;基于测序数据已有特征,比对至构建的病原分析数据库;根据cs_SNP位点的检出情况,区分同源物种,提高检测结果准确性。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物,涉及一种提高宏基因组物种鉴定准确性的方法、装置、存储介质及其应用


技术介绍

1、核酸是生命体遗传信息的主要载体,不同的碱基数量和排列顺序造就了生命体的多样性。基因测序技术解析生命体的核酸结构,可以突破不同病原体类型的局限性,已逐渐成为临床微生物鉴定领域的重要工具。随着测序技术的不断发展,自动化测序、焦磷酸测序、高通量测序、甲基化修饰测序等技术应运而生。如现在在临床诊断中应用最广泛的高通量测序,增加了测序通量、降低了测序成本,与传统实验室病原检测方法相比,可以无偏向性的全面覆盖多种病原体,在同时鉴定细菌、真菌、病毒和寄生虫等多种类型病原微生物的同时,还可以检测耐药基因和毒力因子,指导临床精准用药。

2、目前,在基于测序技术的病原鉴定分析流程中,普遍是根据序列与物种参考基因组的比对情况鉴定病原微生物。如cn110349630a公开一种血液宏基因组测序数据的分析方法、装置及其应用,包括数据质控统计和拆分步骤、人源序列去除步骤、质粒序列去除和内参比对步骤、病原基因组序列库比对步骤和病原参数注释步骤。但同源物种的基因组相似性较高,如本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种提高宏基因组物种鉴定准确性的方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:

2.根据权利要求1所述提高宏基因组物种鉴定准确性的方法,其特征在于,步骤S1中所述同源物种的基因组相似性>=90%;

3.根据权利要求1或2所述提高宏基因组物种鉴定准确性的方法,其特征在于,步骤S2具体包括:

4.根据权利要求1-3任一项所述提高宏基因组物种鉴定准确性的方法,其特征在于,步骤S3具体包括:根据各物种代表株对应的注释文件提取其包括基因区域序列片段,将各序列片段比对S1步骤中构建的同源物种数据库,提取有比对结果的序列保存;

5.一种提高宏基因组物...

【技术特征摘要】

1.一种提高宏基因组物种鉴定准确性的方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:

2.根据权利要求1所述提高宏基因组物种鉴定准确性的方法,其特征在于,步骤s1中所述同源物种的基因组相似性>=90%;

3.根据权利要求1或2所述提高宏基因组物种鉴定准确性的方法,其特征在于,步骤s2具体包括:

4.根据权利要求1-3任一项所述提高宏基因组物种鉴定准确性的方法,其特征在于,步骤s3具体包括:根据各物种代表株对应的注释文件提取其包括基因区域序列片段,将各序列片段比对s1步骤中构建的同源物种数据库,提取有比对结果的序列保存;

5.一种提高宏基因组物种鉴定准确性的装置,其特征在于,所述装置用于执行权利要求1-4任一项所述的提高宏基因组物种鉴定准确性的方法中的步骤,所述装置包括:

6.根据权...

【专利技术属性】
技术研发人员:郭凤明陈玲袁剑颖钟佩雯欧阳聪李英镇陈嘉昌柳俊胡朝晖
申请(专利权)人:广州市金圻睿生物科技有限责任公司
类型:发明
国别省市:

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