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基于有向图卷积的上皮细胞基因调控关系预测方法技术

技术编号:40914906 阅读:9 留言:0更新日期:2024-04-18 14:42
本发明专利技术公开了一种基于有向图卷积的上皮细胞基因调控关系预测方法,包括:1、获取上皮细胞基因的表达值,并对特征值进行预处理;2、获取上皮细胞基因序列数据并将基因序列数据输入循环神经网络模型双向门控循环单元中得到该类基因的序列特征;3、对上皮细胞基因序列,通过生物学定义公式,计算生物特征;4前面步骤得到的特征拼接后输入有向图卷积神经网络中训练得到上皮细胞基因调控网络及其输出的预测分数矩阵,从而根据预测分数矩阵和阈值之间的关系,判断基因间是否存在调控关系。本发明专利技术能准确预测人体上皮细胞基因间的控制关系,有助于研究人员更高效地研究生物体本质。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及智能信息处理和生物信息领域,具体来说是一种基于有向图卷积的上皮细胞基因调控关系的预测方法。


技术介绍

1、对于细胞来说,转录调节是非常重要的,它允许细胞适应不断变化的环境,并且对外界刺激做出反应来动态的调节基因的表达。转录因子(tf)通过调控自身及其对应靶基因(target)发挥作用,转录因子与靶基因以及他们之间的相互作用构成了基因调控网络(grn)。grn旨在捕捉转录因子和靶基因这些实体分子之间的依赖关系。基因调控网络通过控制基因表达在生物体的生长发育中有着至关重要的作用,具体表现为:grn是维持生命过程、控制生化反应、调节化合物水平等的核心元素,在各种生物体和系统中发挥着重要作用。因此,准确的构建grn可以提高我们对基因的调控机制以及生物体分子机制的理解。

2、为了更好的了解基因间的调控机制,近年来开发了很多算法用于grn的构建:基于信息论的方法以基因的相关性为基础来量化基因之间的统计依赖性,从得到的基因间的相关矩阵中来预测grn的结构。基于布尔网络的方法是将使用布尔变量来表示基因的状态,然后使用布尔函数来计算基因之间的关系,本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种基于有向图卷积的上皮细胞基因调控关系预测方法,其特征在于,包含如下步骤:

2.根据权利要求1所述的基于有向图卷积的上皮细胞基因调控关系的预测方法,其特征在于,所述条件变分自动编码器包括两部分:编码器网络和解码器网络,其中,编码器网络和解码器网络均由多层感知机构成;

3.根据权利要求2所述的基于有向图卷积的上皮细胞基因调控关系的预测方法,其特征在于,所述步骤5包括:

4.一种电子设备,包括存储器以及处理器,其特征在于,所述存储器用于存储支持处理器执行权利要求1-3中任一所述基于有向图卷积的上皮细胞基因调控关系预测方法的程序,所述处理器被配置为用于...

【技术特征摘要】

1.一种基于有向图卷积的上皮细胞基因调控关系预测方法,其特征在于,包含如下步骤:

2.根据权利要求1所述的基于有向图卷积的上皮细胞基因调控关系的预测方法,其特征在于,所述条件变分自动编码器包括两部分:编码器网络和解码器网络,其中,编码器网络和解码器网络均由多层感知机构成;

3.根据权利要求2所述的基于有向图卷积的上皮细胞基因调控关系的预测方法,其特征在于,所述步骤5包括:

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【专利技术属性】
技术研发人员:郑春厚郭子强魏丕静高震曹瑞芬
申请(专利权)人:安徽大学
类型:发明
国别省市:

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