【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物，具体涉及与茄子果皮颜色紧密连锁的分子标记及其应用。
技术介绍
1、茄子(solanum melongena l.，2n＝24)是具有重要经济价值和营养价值的茄科蔬菜，起源于亚洲地区，在世界各地均有栽培。一般认为我国是茄子的第二起源地以及次生演化中心，有着丰富的种质资源，果实颜色有紫黑色、紫红色、粉红色、绿色、白色等。现有茄子商品种的果皮主要是紫黑色和紫红色，少部分为绿色，但白皮茄子还不太常见。茄子果色主要受两种色素的影响，即花青素和叶绿素。紫茄果皮富含花青素，绿茄果皮富含叶绿素，白茄果皮中这两种色素的含量极低、几乎没有。茄子果实含有丰富的维生素、矿质元素和各种生物碱等，具有抗氧化性和营养价值。由于果实外观品质是直接影响消费者购买的关键因素，果皮颜色成为目前茄子育种研究的热点。当前，在茄子果皮颜色性状方面的研究主要聚焦在紫皮茄子，而关于茄子绿色果皮的进展仍然较少。
2、分子标记的出现为茄子提供了新的育种途径，有助于选育出更好、更优良的品种。开发与目标性状共分离或紧密连锁并且稳定、检测方便快捷的分子标记，可以极大地提高育种中选择的准确性和效率，显著缩短育种周期，但关键是要开发高效的分子标记，这对于茄子品种改良及新品种选育具有重要意义。
技术实现思路
1、本专利技术所要解决的问题是如何鉴定或辅助鉴定茄子果皮颜色。
2、为了解决以上技术问题，本专利技术提供了一种indel分子标记或检测所述indel分子标记的物质的应用，并对该标记的实用性进行了验
3、本专利技术首先提供了indel分子标记或检测所述indel分子标记的物质的应用，所述indel分子标记是一条链的核苷酸序列是seq id no.3的第56-64位的双链dna分子；所述应用可为下述任一种：
4、1)indel分子标记或检测所述indel分子标记的物质在鉴定或辅助鉴定茄子果皮颜色中的应用；
5、2)indel分子标记或检测所述indel分子标记的物质在茄子育种中的应用。
6、所述含有indel分子标记的另一条链的核苷酸序列与seq id no.3反向互补。
7、上述seq id no.3由153个核苷酸组成。
8、上述应用中，所述检测所述indel分子标记的物质可为含有扩增包含所述indel分子标记在内的茄子基因组dna片段的pcr引物。
9、上述应用中，所述pcr引物为引物对，所述引物对由上游引物和下游引物组成，所述上游引物为与茄子基因组dna中所述indel分子标记的上游特异结合的单链dna，所述下游引物为与茄子基因组dna中所述indel分子标记的下游特异结合的单链dna。
10、在一个具体的实施例中，所述上游引物序列如seq id no.1所示，所述下游引物序列如seq id no.2所示。
11、本专利技术中，所述茄子可为茄子自交系。也可为两种茄子自交系的杂交后代。所述茄子也可为纯系。
12、本专利技术中，所述茄子具体可为茄子自交系bl01(表现为绿色果皮)或自交系b1(表现为白色果皮)或两种茄子自交系的杂交f1代。
13、本专利技术还提供了一种鉴定或辅助鉴定茄子果皮颜色的方法，包括以下步骤：
14、检测待鉴定茄子的基因组dna中是否含有前文所述indel分子标记，基因组dna中含有所述indel分子标记的待鉴定茄子的果皮颜色为绿色，基因组dna中不含有所述indel分子标记的待鉴定茄子的果皮颜色为白色。
15、在一个具体的实施例中，所述鉴定或辅助鉴定茄子果皮颜色的方法包括以下步骤：
16、1)以待鉴定茄子基因组dna为模板，利用前文所述引物对进行pcr扩增，得到pcr产物；
17、2)根据所述pcr产物是否含有前文所述的indel分子标记来鉴定茄子果皮颜色；
18、所述pcr产物含有前文所述的indel分子标记的所述待鉴定茄子的果皮颜色为绿色，所述pcr产物不含有前文所述的indel分子标记的所述待鉴定茄子的果皮颜色为白色。
19、若茄子品种中，所述pcr产物的dna片段与茄子自交系bl01(表现为绿色果皮)的pcr产物大小相同，均为153bp，该dna片段的核苷酸序列是序列表中seq id no.3，含有9bp的插入序列5’-tgtcatttt-3’(位于序列表中seq id no.3的第56-64位)；将pcr产物为核苷酸序列是序列表中seq id no.3的dna片段的茄子品种(系)的基因型定义为插入类型(简称等位变异fc8-l546-aa基因型)。
20、若茄子品种中，所述pcr产物的dna片段与茄子自交系b1(表现为白色果皮)的pcr产物大小相同，均为144bp，该dna片段的核苷酸序列是序列表中seq id no.4，将pcr产物为核苷酸序列是序列表中seq id no.4的的茄子品种(系)的基因型定义为缺失类型(简称等位变异fc8-l546-bb基因型)。
21、若茄子品种中，所述pcr产物含有两条不同长度的扩增产物，一条为153bp，该dna片段的核苷酸序列是序列表中seq id no.3，含有9bp的插入序列5’-tgtcatttt-3’(位于序列表中seq id no.3的第56-64位)，另一条为144bp，该dna片段的核苷酸序列是序列表中seq id no.4；将pcr产物同时含有核苷酸序列是序列表中seq id no.3和seq id no.4的dna片段的茄子品种(系)的基因型定义为杂合型类型(简称等位变异fc8-l546-ab基因型)。
22、在一个具体的实施例中，所述pcr扩增的体系为(12μl)：dna模板液2μl、2×taqmix 5μl、fc8-l546 f和fc8-l546 r各1μl(10μm/l)，用3μl ddh2o将总体积补齐至12μl。
23、所述pcr扩增反应程序：94℃预变性5min；94℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸30s，30个循环；72℃延伸5min。
24、本专利技术还提供了茄子育种的方法，所述方法包括如下：
25、1)选择茄子基因组dna中含有前文所述indel分子标记的茄子作为亲本进行育种，获得果皮颜色为绿色的茄子品种；
26、2)选择茄子基因组dna中不含有前文所述indel分子标记的茄子作为亲本进行育种，获得果皮颜色为白色的茄子品种。
27、前文所述的indel分子标记也属于本专利技术的保护范围。
28、所述indel分子标记位于“guiqie1”茄子基因组(genbank号：egp19168.1)8号染色体84,418,500-84,418,643bp处。
29、本专利技术中，所述indel分子标记命名为fc8-l546。
30、本专利技术首先提供了一种indel分子标记或检测in本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.InDel分子标记或检测所述InDel分子标记的物质的应用，其特征在于，所述InDel分子标记是一条链的核苷酸序列是SEQ ID No.3的第56-64位的双链DNA分子；所述应用为下述任一种：
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述物质为含有扩增包含所述InDel分子标记在内的茄子基因组DNA片段的PCR引物。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述PCR引物为引物对，所述引物对由上游引物和下游引物组成，所述上游引物为与茄子基因组DNA中所述InDel分子标记的上游特异结合的单链DNA，所述下游引物为与茄子基因组DNA中所述InDel分子标记的下游特异结合的单链DNA。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述上游引物序列如SEQ ID No.1所示，所述下游引物序列如SEQ ID No.2所示。
5.根据权利要求1-4中任一所述的应用，其特征在于，所述茄子为茄子自交系。
6.一种鉴定或辅助鉴定茄子果皮颜色的方法，其特征在于，包括以下步骤：
7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于
8.茄子育种的方法，其特征在于，所述方法包括如下：
9.权利要求1中所述的InDel分子标记。
...【技术特征摘要】
1.indel分子标记或检测所述indel分子标记的物质的应用，其特征在于，所述indel分子标记是一条链的核苷酸序列是seq id no.3的第56-64位的双链dna分子；所述应用为下述任一种：
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述物质为含有扩增包含所述indel分子标记在内的茄子基因组dna片段的pcr引物。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述pcr引物为引物对，所述引物对由上游引物和下游引物组成，所述上游引物为与茄子基因组dna中所述indel分子标记的上游特异结合的单链dna，所述下游引物为与茄子基因组d...
【专利技术属性】
技术研发人员：于文进，方华蓉，王鹏，李昌霞，阳燕娟，王万浩，
申请(专利权)人：广西大学，
类型：发明
国别省市：
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