【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物，具体地说，涉及检测稻瘟病菌群体类型的kasp引物组合及其应用。
技术介绍
1、由稻瘟病菌(magnaporthe oryzae)引起的稻瘟病是水稻的第一大病害，常年造成的产量损失在10％-30％，严重时颗粒无收。种植抗病品种是防治稻瘟病最经济有效的方法。然而，连年大面积种植单一抗性品种带给病原菌较大的选择压力，在持续高选择压力的情况下，病原菌开始快速变异，在几年的时间内就可突破抗病品种的抗性。因此，从分子水平加强对稻瘟病菌群体遗传结构的监测有助于合理安排抗病品种的布局，指导有针对性的投放抗病品种，同时为育种单位培育广谱抗稻瘟病新品种提供参考。已有研究证实中国南方稻区稻瘟病菌可划分为3个遗传类群(文献1：zhong z,chen m,lin l,et al.populationgenomic analysis of the rice blast fungus reveals specific events associatedwith expansion of three main clades[j].the isme journal,2018,12(8):1867-1878，其中记载为clade 1-clade 3；文献2：中国专利cn117004755a)。有必要研究可快速检测稻瘟病菌群体类型的方法。
技术实现思路
1、本专利技术的目的之一在于提供一种快速检测稻瘟病菌群体类型的kasp引物组合及其应用。
2、为了实现该目的，本专利技术的技术方案如下
3、本专利技术提供一种检测稻瘟病菌群体类型的kasp引物组合，其包括bm1-bm10引物组合中的任意一组或多组；
4、所述bm1-bm10引物组合中的每组包含两条特异性引物和一条通用引物；两条所述特异性引物分别标记有产生不同荧光色的荧光报告基团；
5、bm1引物组合的核苷酸序列分别如seq id no.1-3所示；bm2引物组合的核苷酸序列分别如seq id no.4-6所示；bm3引物组合的核苷酸序列分别如seq id no.7-9所示；bm4引物组合的核苷酸序列分别如seq id no.10-12所示；bm5引物组合的核苷酸序列分别如seq id no.13-15所示；bm6引物组合的核苷酸序列分别如seq id no.16-18所示；bm7引物组合的核苷酸序列分别如seq id no.19-21所示；bm8引物组合的核苷酸序列分别如seq idno.22-24所示；bm9引物组合的核苷酸序列分别如seq id no.25-27所示；bm10引物组合的核苷酸序列分别如seq id no.28-30所示。
6、本专利技术研究发现采用上述kasp引物组合可有效实现对稻瘟病菌群体类型的检测，具体采用bm1-bm5引物组合中的任意一组可实现i群和ii/iii群的检测，采用bm6-bm10引物组合中的任意一组可实现iii群和i/ii群的检测。结合上述bm1-bm5引物组合中的任意一组和bm6-bm10引物组合中的任意一组，可通过排除法确认待测稻瘟病菌是否属于ii群。
7、本专利技术所指稻瘟病菌的群体类型分为i群、ii群、iii群，其是依据全基因组snp标记基因分型和生物信息学分析进行划分的，具体方法可参见中国专利cn117004755a。
8、本专利技术的kasp引物组合中，所述荧光报告基团选自fam、hex、joe、tet、cy3、cy5、rox、texas中的任一种。
9、本专利技术还提供上述kasp引物组合在制备检测稻瘟病菌群体类型的检测试剂或试剂盒中的应用。
10、本专利技术另提供用于检测稻瘟病菌群体类型的检测试剂或试剂盒，其包含上述kasp引物组合。
11、本专利技术再提供一种检测稻瘟病菌群体类型的方法，以待测稻瘟病菌样品的dna为模板，利用上述kasp引物组合进行pcr检测，并根据pcr检测结果进行稻瘟病菌群体类型的确认。
12、本专利技术的方法中，在进行pcr检测时，使用bm1-bm5引物组合中的任意一组实现所述待测稻瘟病菌样品是否属于i群的确认；
13、若使用bm1引物组合进行检测时，只检测到如seq id no.1所示特异性引物携带的荧光信号，则判定所述待测稻瘟病菌样品属于i群；
14、若使用bm2引物组合进行检测时，只检测到如seq id no.5所示特异性引物携带的荧光信号，则判定所述待测稻瘟病菌样品属于i群；
15、若使用bm3引物组合进行检测时，只检测到如seq id no.7所示特异性引物携带的荧光信号，则判定所述待测稻瘟病菌样品属于i群；
16、若使用bm4引物组合进行检测时，只检测到如seq id no.11所示特异性引物携带的荧光信号，则判定所述待测稻瘟病菌样品属于i群；
17、若使用bm5引物组合进行检测时，只检测到如seq id no.13所示特异性引物携带的荧光信号，则判定所述待测稻瘟病菌样品属于i群；
18、使用bm6-bm10引物组合中的任意一组实现所述待测稻瘟病菌样品是否属于iii群的确认；
19、若使用bm6引物组合进行检测时，只检测到如seq id no.17所示特异性引物携带的荧光信号，则判定所述待测稻瘟病菌样品属于iii群；
20、若使用bm7引物组合进行检测时，只检测到如seq id no.20所示特异性引物携带的荧光信号，则判定所述待测稻瘟病菌样品属于iii群；
21、若使用bm8引物组合进行检测时，只检测到如seq id no.23所示特异性引物携带的荧光信号，则判定所述待测稻瘟病菌样品属于iii群；
22、若使用bm9引物组合进行检测时，只检测到如seq id no.26所示特异性引物携带的荧光信号，则判定所述待测稻瘟病菌样品属于iii群；
23、若使用bm10引物组合进行检测时，只检测到如seq id no.29所示特异性引物携带的荧光信号，则判定所述待测稻瘟病菌样品属于iii群；
24、使用bm1-bm5引物组合中的任意一组，以及bm6-bm10引物组合中的任意一组进行两次pcr检测，通过排除法判定所述待测稻瘟病菌样品是否属于ii群。
25、本专利技术的方法中，所述pcr检测的反应体系以总体积10μl计包括：所述待测稻瘟病菌样品的dna模板25ng-250ng，2×flu as-pcr mix 4.8-5.2μl，两条特异性引物各0.14-0.16μl，通用引物0.28-0.32μl，余量为水；特异性引物和通用引物的浓度为10μm。
26、本专利技术的方法中，所述pcr检测的反应体系以总体积2μl计包括：所述待测稻瘟病菌样品的dna模板5ng-50ng，2×flu as-pcr mix 0.8-1.2μl，两条特异性引物各0.028-0.032μl，通用引物0.056-0.064μl，余量为水；特异性引物和通用引物的浓度为10μm。...
【技术保护点】
1.检测稻瘟病菌群体类型的KASP引物组合，其特征在于，包括BM1-BM10引物组合中的任意一组或多组；
2.根据权利要求1所述的KASP引物组合，其特征在于，所述荧光报告基团选自FAM、HEX、JOE、TET、CY3、CY5、ROX、Texas中的任一种。
3.权利要求1或2所述的KASP引物组合在制备检测稻瘟病菌群体类型的检测试剂或试剂盒中的应用。
4.用于检测稻瘟病菌群体类型的检测试剂或试剂盒，其特征在于，包含权利要求1或2所述的KASP引物组合。
5.一种检测稻瘟病菌群体类型的方法，其特征在于，以待测稻瘟病菌样品的DNA为模板，利用权利要求1或2所述的KASP引物组合进行PCR检测，并根据PCR检测结果进行稻瘟病菌群体类型的确认。
6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，在进行PCR检测时，使用BM1-BM5引物组合中的任意一组实现所述待测稻瘟病菌样品是否属于I群的确认；
7.根据权利要求5或6所述的方法，其特征在于，所述PCR检测的反应体系以总体积10μL计包括：所述待测稻瘟病菌样品的DNA模板2
8.根据权利要求5或6所述的方法，其特征在于，所述PCR检测的反应体系以总体积2μL计包括：所述待测稻瘟病菌样品的DNA模板5ng-50ng，2×Flu AS-PCR Mix 0.8-1.2μL，两条特异性引物各0.028-0.032μL，通用引物0.056-0.064μL，余量为水；特异性引物和通用引物的浓度为10μM。
9.根据权利要求5-8任一项所述的方法，其特征在于，所述PCR检测的反应程序为：94℃预变性15分钟；第一步扩增反应：94℃变性20秒，65℃～57℃退火并延伸60秒，10个循环，每个循环退火及延伸的温度降低0.8℃；第二步扩增反应：94℃变性20秒，57℃退火并延伸60秒，26个循环。
10.权利要求1或2所述的KASP引物组合或权利要求3所述的检测试剂或试剂盒在明确稻瘟病菌群体的结构组成中的应用。
...【技术特征摘要】
1.检测稻瘟病菌群体类型的kasp引物组合，其特征在于，包括bm1-bm10引物组合中的任意一组或多组；
2.根据权利要求1所述的kasp引物组合，其特征在于，所述荧光报告基团选自fam、hex、joe、tet、cy3、cy5、rox、texas中的任一种。
3.权利要求1或2所述的kasp引物组合在制备检测稻瘟病菌群体类型的检测试剂或试剂盒中的应用。
4.用于检测稻瘟病菌群体类型的检测试剂或试剂盒，其特征在于，包含权利要求1或2所述的kasp引物组合。
5.一种检测稻瘟病菌群体类型的方法，其特征在于，以待测稻瘟病菌样品的dna为模板，利用权利要求1或2所述的kasp引物组合进行pcr检测，并根据pcr检测结果进行稻瘟病菌群体类型的确认。
6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，在进行pcr检测时，使用bm1-bm5引物组合中的任意一组实现所述待测稻瘟病菌样品是否属于i群的确认；
7.根据权利要求5或6所述的方法，其特征在于，所述pcr检测的反应体系以总体积10μl计包括：所述待测稻瘟病菌样...
【专利技术属性】
技术研发人员：杨远柱，刘鑫，江南，邓钊，涂洲溢，傅军，胡小淳，刘毅康，陈鹏程，王凯，黎琛子，
申请(专利权)人：袁隆平农业高科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：
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