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用于鉴定乌鳖种质的SNP标记及其KASP引物组、试剂盒和鉴定方法技术

技术编号:40749380 阅读:5 留言:0更新日期:2024-03-25 20:05
本发明专利技术涉及分子生物学技术领域,尤其涉及用于鉴定乌鳖种质的SNP标记及其KASP引物组、试剂盒和鉴定方法,SNP标记位于如SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的第135位,KASP引物组用于扩增上述与乌鳖种质鉴定相关的SNP标记,且上述SNP标记及其KASP引物组可应用在在鉴定或辅助鉴定乌鳖种质中。本发明专利技术在鉴定乌鳖品种的应用中,具有灵敏度高、稳定性强、检测成本低,操作简便快捷等优点。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及分子生物学,尤其涉及用于鉴定乌鳖种质的snp标记及其kasp引物组、试剂盒和鉴定方法。


技术介绍

1、乌鳖是浙江清溪鳖业有限公司和浙江省水产引种育种中心从中华鳖体色变异的个体经过选育扩繁,于2008年通过国家审定的中华鳖新品种。2011年底,国家级清溪乌鳖良种场建设完毕,完成了良种场的验收工作,自此乌鳖开始向全国推广养殖。该品种的典型特征是通体颜色呈现黑色,背部有深黑色斑纹,肌肉中的黑色素含量较高,全黑体色遗传稳定性达100%。黑色素是目前所知唯一一种能保护生物体免受辐射伤害的天然内源性生物聚合体,对人体具有提高免疫力、抵抗衰老、抑制病毒等作用,此外,乌鳖不仅具有丰富的营养价值,也具有一定的药用价值。

2、随着龟鳖养殖业的迅猛发展,种质混杂现象严重,开发不同地理种的种质鉴定方法具有重要意义,在对于乌鳖的种质鉴定研究上,唐伟以包括乌鳖在内的6个不同中华鳖群体的coi基因全长序列为对象设计通用引物,并进行了比对分析,研究结果认为coi基因不能将中华鳖不同地理群体区分开来,但能用于不同属间鉴定;斯越秀基于乌鳖和日本鳖的皮肤组织中的asp基因存在差异,开发了一种快速鉴定方法可以对日本鳖和乌鳖进行区分。但是以上方法均不能达到在我国常见的地理群体中快速、准确鉴定出乌鳖的效果。


技术实现思路

1、有鉴于此,本专利技术的目的是提供用于鉴定乌鳖种质的snp标记及其kasp引物组、试剂盒和鉴定方法,可用于从来源不同的鳖的品种中实现对乌鳖的快速精准检测,具有广泛的应用普适性。</p>

2、本专利技术通过以下技术手段解决上述技术问题:

3、第一方面,本专利技术提供了一种用于鉴定乌鳖种质的snp标记,所述snp标记位于如seq id no:1所示核苷酸序列的第135位。

4、结合第一方面,在一些实施例中,所述snp标记在乌鳖中的基因型为aa,在黄河鳖、洞庭鳖、日本鳖、长永鳖、黄沙鳖中的基因型为gg。

5、第二方面,本专利技术提供了用于扩增上述与乌鳖种质鉴定相关的snp标记的kasp引物组。

6、结合第二方面,在一些实施例中,所述kasp引物组包括:

7、第一正向引物,所述第一正向引物的核苷酸序列如seq id no:2所示;

8、第二正向引物,所述第二正向引物的核苷酸序列如seq id no:3所示;

9、反向引物,所述反向引物的核苷酸序列如seq id no:4所示。

10、第三方面,本专利技术提供了一种试剂,所述试剂中含有上述kasp引物组。

11、第四方面,本专利技术提供了一种试剂盒,所述试剂盒中含有上述kasp引物组。

12、第五方面,本专利技术提供了上述kasp引物组或试剂试剂盒在鉴定或辅助鉴定乌鳖种质中的应用。

13、第六方面,本专利技术提供了一种乌鳖种质鉴定方法,包括如下步骤:

14、s1.从待检测的样本群体中提取鳖的裙边组织样本基因组dna;

15、s2.采用上述kasp引物组对上述snp标记进行pcr扩增,得到pcr扩增产物,并对pcr扩增产物进行荧光信号扫描;

16、s3.根据pcr扩增产物的荧光信号分析每个样本分别在所述snp标记位点的基因型;

17、s4.得出结论,若所述snp标记位点的基因型分别为aa,样本为乌鳖,若所述snp标记位点的基因型分别为gg,样本为黄沙鳖、洞庭鳖、日本鳖、黄河鳖、长永鳖中的一种。

18、结合第六方面,在一些实施例中,所述pcr扩增的反应体系包括:样本dna 5μl、kasp引物混合物0.14μl、kasp mix 5μl。

19、结合第六方面,在一些实施例中,pcr扩增的反应条件为:

20、预变性,温度94℃,时间15min,1个循环;

21、变性,温度94℃,时间20sec,复性/延伸61-55℃,时间60sec,10个循环;

22、变性,温度94℃,时间20sec,复性/延伸55℃,时间60sec,26个循环。

23、本专利技术通过筛选出具有高质量和高多态性的snp标记,可用于从来源不同的鳖的品种中实现对乌鳖的精准检测,具有广泛的应用普适性。而且本专利技术的snp标记为共显性标记,特异性、灵敏度和分辨力较高,该snp标记不受环境条件影响,检测结果准确、重复性和稳定性较好;本专利技术在鉴定乌鳖种质的应用中,具有灵敏度高、稳定性强、检测成本较低,操作简便快捷等优点。

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【技术保护点】

1.用于鉴定乌鳖种质的SNP标记,其特征在于,所述SNP标记位于如SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的第135位。

2.根据权利要求1所述的用于鉴定乌鳖种质的SNP标记,其特征在于,所述SNP标记在乌鳖中的基因型为AA,在黄河鳖、洞庭鳖、日本鳖、长永鳖、黄沙鳖中的基因型为GG。

3.一种用于扩增如权利要求1或2所述的与乌鳖种质鉴定相关的SNP标记的KASP引物组。

4.根据权利要求3所述的KASP引物组,其特征在于,所述KASP引物组包括:

5.一种试剂,其特征在于,所述试剂中含有如权利要求3或4所述的KASP引物组。

6.一种试剂盒,其特征在于,所述试剂盒中含有如权利要求3或4所述的KASP引物组。

7.根据权利要求3或4所述的KASP引物组或权利要求5所述的试剂或权利要求6所述的试剂盒在鉴定或辅助鉴定乌鳖种质中的应用。

8.一种乌鳖种质鉴定方法,其特征在于,包括如下步骤:

9.根据权利要求7所述的乌鳖种质鉴定方法,其特征在于,所述PCR扩增的反应体系包括:样本DNA 5μL、KASP引物混合物0.14μL、KASP mix 5μL。

10.根据权利要求8所述的乌鳖种质鉴定方法,其特征在于,PCR扩增的反应条件为:

...

【技术特征摘要】

1.用于鉴定乌鳖种质的snp标记,其特征在于,所述snp标记位于如seq id no:1所示核苷酸序列的第135位。

2.根据权利要求1所述的用于鉴定乌鳖种质的snp标记,其特征在于,所述snp标记在乌鳖中的基因型为aa,在黄河鳖、洞庭鳖、日本鳖、长永鳖、黄沙鳖中的基因型为gg。

3.一种用于扩增如权利要求1或2所述的与乌鳖种质鉴定相关的snp标记的kasp引物组。

4.根据权利要求3所述的kasp引物组,其特征在于,所述kasp引物组包括:

5.一种试剂,其特征在于,所述试剂中含有如权利要求3或4所述的kasp引物组...

【专利技术属性】
技术研发人员:王晓清梁艺馨秦溱王佩胡亚洲熊钢葛玲瑞熊舒婷
申请(专利权)人:湖南农业大学
类型:发明
国别省市:

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