本发明专利技术涉及生物技术领域，公开了一种流感病毒自动化快速分型方法、装置、设备及介质，本发明专利技术通过对每个待分析流感病毒的初始高通量测序数据进行测序质量评估与处理，可以提高数据质量。进而将多个目标高通量测序数据比对到流感病毒参考基因组序列数据库进行分析，可以初步确定多个待分析流感病毒的型别，进而通过流感病毒参考基因组序列数据库为参考，对确定型别的多个待分析流感病毒的目标高通量测序数据进行基因组组装，可以进一步确定多个待分析流感病毒的目标分型结果。因此，通过实施本发明专利技术，仅仅通过初始高通量测序数据就可以自动化完成整个分析流程，快速、精确、自动化的确认流感病毒的具体型别，能够完全满足快速分型诊断的需求。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物，具体涉及一种流感病毒自动化快速分型方法、装置、设备及介质。
技术介绍
1、流行性感冒病毒简称流感病毒(influenza virus)，主要由甲型或乙型流感病毒感染后引起急性呼吸道疾病，患者有畏寒、浑身酸痛、头痛、发热、鼻塞、流涕、咽痛及咳嗽等症状，严重情况下可导致继发性肺炎。每种甲型流感病毒表面都有一个由流感血凝素(hemagglutinin,ha)和神经氨酸酶(neuraminidase，na)组成的受体复合物，共有18种流感血凝素类型，每种类型都以字母"h"命名，类似地，有11种已知的神经氨酸酶以字母"n"后跟数字命名，不同的甲型流感病毒株因其血凝素和神经氨酸酶的组合而命名；而乙型流感病毒主要有victoria和yamagata，甲乙型流感病毒基因组均由8条单股负链的rna组成。
2、流感病毒具有突变性强，变异迅速的特点，对药物的耐药性不断增强，疫苗的保护作用不断减弱。因此，对感染的病原体进行快速准确的分型和溯源分析，对于预防流感爆发和疾病的治疗都具有重要意义。而目前流感病毒的鉴别诊断主要依靠病毒分离培养、抗原检测、rt-pcr扩展等方法，这些分析方法费时耗力，无法实现快速分型诊断的需求。
技术实现思路
1、有鉴于此，本专利技术提供了一种流感病毒自动化快速分型方法、装置、设备及介质，以解决现有病毒分析方法费时耗力，无法实现快速分型诊断的需求的问题。
2、第一方面，本专利技术提供了一种流感病毒自动化快速分型方法，该方法包括：
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p>3、获取流感病毒参考基因组序列数据库和每个待分析流感病毒的初始高通量测序数据；对每个初始高通量测序数据进行测序质量评估与处理，得到多个目标高通量测序数据；基于多个目标高通量测序数据和流感病毒参考基因组序列数据库，确定多个待分析流感病毒的型别；基于流感病毒参考基因组序列数据库，对确定型别的多个待分析流感病毒的目标高通量测序数据进行基因组组装，得到组装序列；当组装序列满足预设条件时，利用流感病毒参考基因组序列数据库和组装序列进行病毒分析，得到确定型别的多个待分析流感病毒的目标分型结果。4、本专利技术提供的流感病毒自动化快速分型方法，通过对每个待分析流感病毒的初始高通量测序数据进行测序质量评估与处理，可以提高高通量测序数据的质量。进而将多个目标高通量测序数据比对到流感病毒参考基因组序列数据库进行分析，可以初步确定多个待分析流感病毒的型别，进而通过流感病毒参考基因组序列数据库为参考，对确定型别的多个待分析流感病毒的目标高通量测序数据进行基因组组装，可以进一步确定多个待分析流感病毒的目标分型结果。因此，通过实施本专利技术，仅仅通过初始高通量测序数据就可以自动化完成整个分析流程，快速、精确、自动化的确认流感病毒的具体型别，能够完全满足快速分型诊断的需求，进而可以有助于加强流感病毒变异的检测，快速做出准确的预报，为防治流感病毒提供数据支撑，对临床医生诊治具有指导意义，对流感防控具有重要意义。
5、在一种可选的实施方式中，对每个初始高通量测序数据进行测序质量评估与处理，得到多个目标高通量测序数据，包括：
6、对每个初始高通量测序数据进行测序质量评估，得到质量评估结果；基于质量评估结果，对每个初始高通量测序数据进行处理，得到多个目标高通量测序数据。
7、本专利技术通过对初始高通量测序数据进行质量评估与处理，可以提高高通量测序数据的质量。
8、在一种可选的实施方式中，基于多个目标高通量测序数据和流感病毒参考基因组序列数据库，确定多个待分析流感病毒的型别，包括：
9、将多个目标高通量测序数据比对到流感病毒参考基因组序列数据库中，得到第一比对文件；基于第一比对文件确定多个待分析流感病毒的型别。
10、本专利技术通过目标高通量测序数据和流感病毒参考基因组序列数据库比对，可以初步确定多个待分析流感病毒的型别。
11、在一种可选的实施方式中，将多个目标高通量测序数据比对到流感病毒参考基因组序列数据库中，得到第一比对文件之后，该方法还包括：
12、基于第一比对文件，计算平均测序深度、覆盖率和丰度；基于平均测序深度、覆盖率和丰度，确定多个待分析流感病毒的型别。
13、本专利技术通过平均测序深度、覆盖率和丰度确认待分析流感病毒的型别，可以使流感病毒的分型更精确可靠。
14、在一种可选的实施方式中，基于流感病毒参考基因组序列数据库，对确定型别的多个待分析流感病毒的目标高通量测序数据进行基因组组装，得到组装序列，包括：
15、基于流感病毒参考基因组序列数据库获取确定型别的多个待分析流感病毒的目标参考基因组序列；将确定型别的多个待分析流感病毒的目标高通量测序数据比对到目标参考基因组序列中，得到第二比对文件；基于第二比对文件和目标参考基因组序列进行基因组组装，得到组装序列。
16、在一种可选的实施方式中，当组装序列满足预设条件时，利用流感病毒参考基因组序列数据库和组装序列进行病毒分析，得到确定型别的多个待分析流感病毒的目标分型结果，包括：
17、当组装序列满足预设条件时，将流感病毒参考基因组序列数据库和组装序列进行合并，得到目标序列；基于目标序列进行多序列比对，得到多序列比对结果；利用多序列比对结果进行病毒溯源分析，得到确定型别的多个待分析流感病毒的目标分型结果。
18、本专利技术通过多序列比对进行溯源分析，可以更精确可靠的确定待分析流感病毒的目标分型结果。
19、在一种可选的实施方式中，利用多序列比对结果进行病毒溯源分析，得到确定型别的多个待分析流感病毒的目标分型结果，包括：
20、基于多序列比对结果构建系统发育树；利用系统发育树对目标分型结果进行验证；当验证通过，得到确定型别的多个待分析流感病毒的目标分型结果。
21、本专利技术通过多序列比对结果构建系统发育树，可以验证分型结果的精确性，进而提高目标分型结果的精确。
22、第二方面，本专利技术提供了一种流感病毒自动化快速分型装置，该装置包括：
23、获取模块，用于获取流感病毒参考基因组序列数据库和每个待分析流感病毒的初始高通量测序数据；评估与处理模块，用于对每个初始高通量测序数据进行测序质量评估与处理，得到多个目标高通量测序数据；确定模块，用于基于多个目标高通量测序数据和流感病毒参考基因组序列数据库，确定多个待分析流感病毒的型别；组装模块，用于基于流感病毒参考基因组序列数据库，对确定型别的多个待分析流感病毒的目标高通量测序数据进行基因组组装，得到组装序列；分析模块，用于当组装序列满足预设条件时，利用流感病毒参考基因组序列数据库和组装序列进行病毒分析，得到确定型别的多个待分析流感病毒的目标分型结果。
24、第三方面，本专利技术提供了一种计算机设备，包括：存储器和处理器，存储器和处理器之间互相通信连接，存储器中存储有计算机指令，处理器通过执行计算机指令，从而执行上述第一方面或其对应的任一实施方式的流感病毒自动化快速分型方本文档来自技高网
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【技术保护点】
1.一种流感病毒自动化快速分型方法，其特征在于，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，对每个所述初始高通量测序数据进行测序质量评估与处理，得到多个目标高通量测序数据，包括：
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，基于所述多个目标高通量测序数据和所述流感病毒参考基因组序列数据库，确定多个所述待分析流感病毒的型别，包括：
4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，将所述多个目标高通量测序数据比对到所述流感病毒参考基因组序列数据库中，得到第一比对文件之后，所述方法还包括：
5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，基于所述流感病毒参考基因组序列数据库，对确定型别的多个所述待分析流感病毒的所述目标高通量测序数据进行基因组组装，得到组装序列，包括：
6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，当所述组装序列满足预设条件时，利用所述流感病毒参考基因组序列数据库和所述组装序列进行病毒分析，得到确定型别的多个所述待分析流感病毒的目标分型结果，包括：
7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，利用所述多序列比对结果进行病毒溯源分析，得到确定型别的多个所述待分析流感病毒的目标分型结果，包括：
8.一种流感病毒自动化快速分型装置，其特征在于，所述装置包括：
9.一种计算机设备，其特征在于，包括：
10.一种计算机可读存储介质，其特征在于，所述计算机可读存储介质上存储有计算机指令，所述计算机指令用于使计算机执行权利要求1至7中任一项所述的流感病毒自动化快速分型方法。
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【技术特征摘要】
1.一种流感病毒自动化快速分型方法，其特征在于，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，对每个所述初始高通量测序数据进行测序质量评估与处理，得到多个目标高通量测序数据，包括：
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，基于所述多个目标高通量测序数据和所述流感病毒参考基因组序列数据库，确定多个所述待分析流感病毒的型别，包括：
4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，将所述多个目标高通量测序数据比对到所述流感病毒参考基因组序列数据库中，得到第一比对文件之后，所述方法还包括：
5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，基于所述流感病毒参考基因组序列数据库，对确定型别的多个所述待分析流感病毒的所述目标高通量测序数据进行基因组组装...
【专利技术属性】
技术研发人员：梁家豪，万锈琳，郑焱，谢龙旭，
申请(专利权)人：广州凯普医学检验所有限公司，
类型：发明
国别省市：
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