【技术实现步骤摘要】
本申请涉及空间组学，具体涉及一种用于空间组学分析的样本处理方法。
技术介绍
1、空间转录组技术是一种致力于将空间位置上对应的转录信息量化的技术，它在传统的转录组测序基础上带来了详细的空间信息，帮助研究者辨别组织内部转录的位置，具体可以精确到细胞级别甚至更高的分辨率，促进了对单个细胞和整个组织内细胞群体的认识和解读。
2、在空间转录组技术的基础上，基于原位捕获的空间定位方法也从转录组拓展到其他组学，引发了空间蛋白组、空间免疫组等多组学技术的快速发展。这些多组学技术涉及利用与已知目标多组学物质定向结合、随后进行成像探测的方式来获取空间上的多组学信息；或者通过具备空间坐标的随机探针原位捕获相应的多组学信息、随后转换成cdna进行测序来同时获得捕获产物在空间的定位坐标。
3、在涉及多组学的空间技术中，可以使用染料对样品的组织切片进行荧光染色，之后使用盐溶液洗去多余染料，然后通过荧光显微镜拍照以显示单细胞的分布。然而，相关技术中，荧光信号的淬灭快，且清洗后组织切片表面仍有大量盐的残留，影响芯片track线(相当于芯片上的栅格坐标)的显示，进而会影响后期cellbin层面单细胞的成像提取，进而影响后续与原位捕获的单细胞测序数据的结合分析。
4、由此，亟待开发一种使捕获产物及其荧光信号稳定的用于空间组学分析的样品处理方法。
技术实现思路
1、本申请至少从以下方面解决了相关技术的问题之一。
2、为此，本申请的实施例提供了一种用于空间组学分析的样本处理
3、在一些实施例中，该样本处理方法还包括：在向芯片上的生物样本施加100％浓度的甘油前，对生物样本进行前处理，其中前处理包括：对生物样本进行干燥、固定和染色；和使用低盐溶液或水对经染色的生物样本进行清洗。
4、在一些实施例中，低盐溶液为0.1×ssc缓冲液、20mm nacl或20mm kcl。
5、在一些实施例中，前处理还包括：在使用低盐溶液或水对经染色的生物样本进行清洗后，对芯片上的生物样本进行干燥。在一些实施例中，采用气瓶吹干或常温晾干以使芯片上的生物样本干燥。
6、在一些实施例中，该样本处理方法还包括：使用封盖物贴附于覆盖生物样本的100％浓度的甘油上。
7、在一些实施例中，在向芯片上的生物样本施加100％的浓度的甘油后，使用低盐溶液清洗生物样本，以去除生物样本上的甘油。在一些实施例中，使用高盐溶液孵育后再使用低盐溶液清洗生物样本。在一些实施例中，高盐溶液为5×ssc缓冲液、1m nacl或1m kcl；低盐溶液为0.1×ssc缓冲液、20mm nacl 或20mm kcl。
8、在一些实施例中，生物样本为细胞、组织。在一些实施例中，组织的厚度为5-15μm。
9、本申请的实施例还提供了一种样本空间组学分析方法，包括：使用如本申请上述任一实施例中所述的用于空间组学分析的样本处理方法处理生物样本；原位捕获芯片上的来自于生物样本的目标分子；测序和数据分析，以获得目标分子在生物样本中的空间位置信息；根据目标分子在生物样本中的空间位置信息，确定生物样本的空间组学信息。
10、在一些实施例中，该样本空间组学分析方法还包括：在处理生物样本后、原位捕获芯片上的来自于生物样本的目标分子前，对生物样本进行成像，以获得带有芯片位置信息的生物样本图像。在一些实施例中，该方法还包括：将带有芯片位置信息的生物样本图像与目标分子在生物样本中的空间位置信息结合，分析生物样本的空间组学信息。
11、在一些实施例中，芯片上连有包含位置信息的探针，该探针用于原位捕获芯片上的来自于生物样本的目标分子。
12、本申请的实施例实现了如下有益效果：
13、本申请所提出的用于空间组学的样本处理方法，是将芯片以及附着于芯片表面的生物样本(例如组织活细胞)进行干燥后，利用100％浓度的甘油对贴附于具有位置信息探针的芯片上的微米级厚度的生物样本进行封片处理和拍照，以此获得了清晰的组织细胞图像和较好的细胞内捕获产物的聚类。获得的组织细胞图像可以满足算法对组织进行细胞圈定，同时，使用该样本处理方法，捕获产物不会发生明显扩散，使得捕获产物基本实现原位捕获，因而在后续能够很好地套用组织细胞地图进行mrna或蛋白等捕获产物的聚类分析，由此实现细胞的精准分型，并获得细胞mrna实时表达地图。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一种用于空间组学分析的样本处理方法，其特征在于，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：在向芯片上的生物样本施加100％浓度的甘油前，对所述生物样本进行前处理，其中所述前处理包括：
3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述低盐溶液为0.1×SSC缓冲液、20mMNaCl或20mM KCl。
4.根据权利要求2或3中任一项所述的方法，其特征在于，所述前处理还包括：在使用低盐溶液或水对经染色的生物样本进行清洗后，对所述芯片上的生物样本进行干燥，
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：
6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：在向芯片上的生物样本施加100％的浓度的甘油后，
7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述生物样本为细胞、组织，优选地，所述组织的厚度为5-15μm。
8.一种样本空间组学分析方法，其特征在于，包括：
9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述方法还包
10.根据权利要求8或9所述的方法，其特征在于，所述芯片上连有包含位置信息的探针，所述探针用于原位捕获芯片上的来自于所述生物样本的目标分子。
...【技术特征摘要】
1.一种用于空间组学分析的样本处理方法，其特征在于，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：在向芯片上的生物样本施加100％浓度的甘油前，对所述生物样本进行前处理，其中所述前处理包括：
3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述低盐溶液为0.1×ssc缓冲液、20mmnacl或20mm kcl。
4.根据权利要求2或3中任一项所述的方法，其特征在于，所述前处理还包括：在使用低盐溶液或水对经染色的生物样本进行清洗后，对所述芯片上的生物样本进行干燥，
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：
6.根据权利要求1...
【专利技术属性】
技术研发人员：许军强，李彩灵，廖莎，陈奥，章文蔚，王冰，李兆勋，
申请(专利权)人：深圳华大生命科学研究院，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。