System.ArgumentOutOfRangeException: 索引和长度必须引用该字符串内的位置。 参数名: length 在 System.String.Substring(Int32 startIndex, Int32 length) 在 zhuanliShow.Bind() 一种草莓毛形病毒4的快速检测方法技术_技高网

一种草莓毛形病毒4的快速检测方法技术

技术编号:40705280 阅读:3 留言:0更新日期:2024-03-22 11:04
本发明专利技术公开一种草莓毛形病毒4的快速检测方法,所述检测方法以草莓毛形病毒4的多聚蛋白1a基因为靶标序列设计引物,利用所述引物进行逆转录环介导等温扩增鉴定草莓毛形病毒4。本发明专利技术中构建的逆转录环介导等温扩增(reverse transcription loop‑mediated isothermal amplification,RT‑LAMP)检测体系,能够简便、快速、灵敏地检测SCrV4,检测过程中无需其它贵重仪器,操作简单,且通过荧光染料SYBR Green I染色后,能够直接裸眼观察鉴定结果,方便快捷。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及核酸检测,具体涉及一种草莓毛形病毒4的快速检测方法


技术介绍

1、草莓毛形病毒4(strawberry crinivirus 4,scrv4)隶属长线形病毒科毛形病毒属,种分类尚未确定。其基因组为正单链rna,尚未报道其基因组全长。2016年,为了鉴定罹病草莓植株携带的病毒种类,通过高通量测序分析,加拿大地区首次报道了scrv4。2018年,国内福建地区首次报道了病毒scrv4的存在。2022年的报道中,首次在伊朗地区的草莓上检测到病毒scrv4。可见,该病毒的分布是世界性的。研究中该病毒存在于出现病害的草莓植株中,与草莓病害相关,对草莓的健康生长造成危险。

2、日本学者notomi在2000年提出了环介导等温扩增(loop-mediated isothermalamplification,lamp)技术,具有特异性强、操作简单及扩增高效等优点。基于lamp技术的逆转录环介导等温扩增(reverse transcription loop-mediated isothermalamplification,rt-lamp)是在反应体系中加入逆转录酶实现对rna模板的一步扩增。该技术已被广泛应用到其它病毒的检测中,目前,尚未见rt-lamp技术检测scrv4的报道。病毒scrv4的发现主要是通过高通量测序分析及rt-pcr扩增等方法。这些方法耗时久、仪器昂贵,通常无法通过裸眼直观判定。因此,开发操作简便、耗时短,且能够裸眼直观判定的检测方法十分必要。


技术实现思路

1、本专利技术的主要目的是提出一种草莓毛形病毒4的快速检测方法,旨在提供一种特异性强、灵敏度高、操作简单、仪器成本低且鉴定结果直观的草莓毛形病毒4的rt-lamp检测方法。

2、为实现上述目的,本专利技术提出一种草莓毛形病毒4的快速检测方法,所述检测方法以草莓毛形病毒4的多聚蛋白1a编码基因为靶标序列设计引物,利用所述引物进行逆转录环介导等温扩增鉴定草莓毛形病毒4。

3、可选地,所述引物包括scrv4-f3引物、scrv4-b3引物、scrv4-fip引物、scrv4-bip引物和scrv4-lf引物,其具体序列如下:

4、scrv4-f3:catggagagtagacatattgctaac;

5、scrv4-b3:caatcgcgaatctattttgagg;

6、scrv4-fip:ctgcatgcgataatccattgacaaacccaactt cttcttcgacaa;

7、scrv4-bip:gcccagggaaaagcttcgtgacaaagacaaac ggggaaac;

8、scrv4-lf:aatcgcacgcaggaagagg;

9、可选地,所述检测方法包括以下步骤:

10、s1、提取待测生物样本的总rna;

11、s2、以所述总rna为模板,用包含如上所述的引物进行逆转录环介导等温扩增,得到扩增产物;

12、s3、根据所述扩增产物鉴定所述待测生物样本是否含有草莓毛形病毒4或者是否感染草莓毛形病毒4。

13、可选地,在步骤s3中,所述鉴定采用下述1)或2)所述的方法:

14、1)所述扩增产物中加入0.3μl荧光染料sybr green i,裸眼直接观察颜色变化,含有病毒scrv4的样品会被染成绿色,不含病毒scrv4的样品呈现橙色;

15、2)常规的琼脂糖凝胶电泳和紫外成像观察,含有病毒scrv4的样品能形成瀑布型条带。

16、可选地,所述逆转录环介导等温扩增采用的反应体系为2.5μl 10×isothermalamplification buffer、6mmol/l mg2+、1mmol/l dntps、1.2μmol/l scrv4-fip和scrv4-bip,0.1μmol/l scrv4-f3和scrv4-b3,0.1μmol/l scrv4-lf,0.4mmol/l betaine,1μlwarmstart bst 2.0dna polymerase,0.2μl warmstart rtx reverse transcriptase,1μl模板rna,加入ddh2o补足25μl。

17、可选地,所述逆转录环介导等温扩增采用的反应程序为60℃,40min;80℃,10min。

18、本专利技术的有益效果在于:

19、(1)本专利技术提供的技术方案中,本专利技术提供的草莓毛形病毒4的快速检测方法检测时间短、操作简单、特异性强、灵敏度高、仪器成本低,鉴定结果直观。

20、(2)本专利技术针对病毒scrv4提出了一种可视化快速检测的rt-lamp扩增方法,可在50min内完成扩增检测,操作简单,且通过荧光染料sybr green i染色后,能够直接裸眼观察鉴定结果,方便快捷。

21、(3)本专利技术通过对常规的rt-lamp的反应条件进行优化,在本专利技术优化条件下进行扩增反应,能够快速得到反应结果,节省原料成本。

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【技术保护点】

1.一种草莓毛形病毒4的快速检测方法,其特征在于,所述检测方法以草莓毛形病毒4的多聚蛋白1a编码基因为靶标序列设计引物,利用所述引物进行逆转录环介导等温扩增鉴定草莓毛形病毒4。

2.如权利要求1所述的草莓毛形病毒4的快速检测方法,其特征在于,所述引物包括SCrV4-F3引物、SCrV4-B3引物、SCrV4-FIP引物、SCrV4-BIP引物和SCrV4-LF引物,其具体序列如下:

3.如权利要求2所述的草莓毛形病毒4的快速检测方法,其特征在于,所述检测方法包括以下步骤:

4.如权利要求3所述的草莓毛形病毒4的快速检测方法,其特征在于,在步骤S3中,所述鉴定采用下述1)或2)所述的方法:

5.如权利要求1所述的草莓毛形病毒4的快速检测方法,其特征在于,所述逆转录环介导等温扩增采用的反应体系为2.5μL 10×Isothermal Amplification Buffer、6mmol/LMg2+、1mmol/L dNTPs、1.2μmol/L SCrV4-FIP和SCrV4-BIP,0.1μmol/L SCrV4-F3和SCrV4-B3,0.1μmol/L SCrV4-LF,0.4mmol/L Betaine,1μL WarmStart Bst 2.0DNAPolymerase,0.2μL WarmStart RTx Reverse Transcriptase,1μL模板RNA,加入ddH2O补足25μL。

6.如权利要求1所述的草莓毛形病毒4的快速检测方法,其特征在于,所述逆转录环介导等温扩增采用的反应程序为60℃40min,80℃10min。

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【技术特征摘要】

1.一种草莓毛形病毒4的快速检测方法,其特征在于,所述检测方法以草莓毛形病毒4的多聚蛋白1a编码基因为靶标序列设计引物,利用所述引物进行逆转录环介导等温扩增鉴定草莓毛形病毒4。

2.如权利要求1所述的草莓毛形病毒4的快速检测方法,其特征在于,所述引物包括scrv4-f3引物、scrv4-b3引物、scrv4-fip引物、scrv4-bip引物和scrv4-lf引物,其具体序列如下:

3.如权利要求2所述的草莓毛形病毒4的快速检测方法,其特征在于,所述检测方法包括以下步骤:

4.如权利要求3所述的草莓毛形病毒4的快速检测方法,其特征在于,在步骤s3中,所述鉴定采用下述1)或2)所述的方法:

5.如权利要求1所述的草莓毛形病毒4的快速检测方法,其特征在于,所述逆...

【专利技术属性】
技术研发人员:韩永超王涌曾祥国肖桂林邓江丽
申请(专利权)人:湖北省农业科学院经济作物研究所
类型:发明
国别省市:

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