【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子标记，具体涉及一种与水果萝卜肉质根糠心性状相关的snp分子标记及其应用。
技术介绍
1、萝卜(raphanus sativus l.)是我国大宗蔬菜之一，年栽培面积达1800万亩。近年来，青萝卜品种水果萝卜，以其脆甜、爽口、多汁等鲜食性特征，深受我国蔬菜消费市场的青睐。但在农业生产过程中发现，大部分水果萝卜在肉质根发育期、收获期和货架期均呈现糠心病症，导致肉质根水分与营养物质严重流失，并无法食用。这一生理病害严重影响水果萝卜产量与品质的形成，限制了萝卜产业的进一步发展。
2、传统糠心表型调查手段依赖于损伤性取样调查，被调查材料存活率极低，限制了育种家利用传统育种方法培育耐糠心水果萝卜品种。开发一种非损伤性表型调查手段，对培育耐糠心萝卜品种具有重大意义。
3、snp(单核苷酸多态性)是基因组变异的最小单位，将snp开发为分子标记可针对性鉴定某一遗传性状。挖掘耐糠心表型高度关联snp，并开发成有效分子标记，对实现水果萝卜糠心表型非损伤性鉴定，培育耐糠心水果萝卜新品种至关重要。
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于提供开发与水果萝卜肉质根糠心性状相关的snp分子标记，在不损伤肉质根的前提下，快速、稳定、高效、低成本的鉴定水果萝卜肉质根糠心性状，为肉质根耐糠心水果萝卜的育种奠定基础。
2、本专利技术提供了一种与水果萝卜肉质根糠心性状相关的snp分子标记，所述snp分子标记包括第一snp分子标记和第二snp分子标记；
3、所
4、所述第二snp分子标记对应于xyb36-2萝卜基因组第8号染色体第24855343bp，碱基为g/t。
5、本专利技术还提供了一种与水果萝卜肉质根糠心性状相关的dna片段，所述dna片段包括第一dna片段和第二dna片段；
6、所述第一dna片段包括seq id no.1所示的核苷酸序列，其中y为g/t；
7、所述第二dna片段包括seq id no.2所示的核苷酸序列，其中y为g/t。
8、本专利技术还提供了扩增上述技术方案所述snp分子标记或dna片段的引物组合，所述引物组合包括第一引物对和第二引物对；
9、所述第一引物对包括核苷酸序列如seq id no.3所示的第一正向引物、核苷酸序列如seq id no.4所示的第一上游引物和核苷酸序列如seq id no.5所示的第一反向引物；
10、所述第二引物对包括核苷酸序列如seq id no.6所示的第二正向引物、核苷酸序列如seq id no.7所示的第二上游引物和核苷酸序列如seq id no.8所示的第二反向引物。
11、优选的，所述第一正向引物和第一上游引物的5'末端分别连接荧光基团，且所述第一正向引物和第一上游引物连接的荧光基团不同；
12、所述第二正向引物和第二上游引物的5'末端分别连接荧光基团，且所述第二正向引物和第二上游引物连接的荧光基团不同。
13、优选的，所述第一正向引物的5'末端连接荧光基团fam；所述第一上游引物的5'末端连接荧光基团hex；
14、所述第二正向引物的5'末端连接荧光基团fam；所述第二上游引物的5'末端连接荧光基团hex。
15、本专利技术还提供了扩增上述技术方案所述引物组合在制备检测上述技术方案所述snp分子标记kasp分型产品中的应用。
16、本专利技术还提供了一种检测上述技术方案所述snp分子标记的试剂盒，所述试剂盒包括上述技术方案所述的引物组合。
17、本专利技术还提供了上述技术方案所述snp分子标记或dna片段或引物组合或试剂盒在鉴定肉质根耐糠心水果萝卜中的应用。
18、本专利技术还提供了上述技术方案所述snp分子标记或dna片段或引物组合或试剂盒在肉质根耐糠心水果萝卜辅助育种中的应用。
19、本专利技术还提供了一种鉴定肉质根耐糠心水果萝卜的方法，包括如下步骤：
20、以待测水果萝卜样品的dna为模板，利用上述技术方案所述的引物组合中的第一引物对进行pcr扩增，得到得到第一pcr扩增产物；
21、以待测水果萝卜样品的dna为模板，利用上述技术方案所述的引物组合中的第二引物对进行pcr扩增，得到第二pcr扩增产物；
22、若所述第一pcr扩增产物对应于xyb36-2萝卜基因组第8号染色体22720532位脱氧核糖核苷酸对是g:g，且所述第二pcr扩增产物对应于xyb36-2萝卜基因组第8号染色体24855343位脱氧核糖核苷酸对是g:g，则所述待测水果萝卜样品为耐糠心水果萝卜。
23、有益效果：
24、本专利技术以京研绿秀萝卜和绿如玉萝卜为亲本，利用illuminahiseq 2500测序平台对双亲材料以及f2群体极端表型混池材料分别进行全基因组重测序。以萝卜“xyb36-2”为参考基因组(http://brassicadb.cn/)分析双亲间snp位点多态性，发现与萝卜肉质根糠心性状紧密连锁的snp位点，包括第一snp分子标记和第二snp分子标记；所述第一snp分子标记对应于xyb36-2萝卜基因组第8号染色体第22720532bp，碱基为g/t；所述第二snp分子标记对应于xyb36-2萝卜基因组第8号染色体第24855343bp，碱基为g/t。基于上述snp位点可以快速、稳定、高效、低成本的鉴定水果萝卜肉质根糠心性状，为肉质根耐糠心水果萝卜的育种奠定基础。实施例结果表明，使用本专利技术提供的snp分子标记对肉质根耐糠心表型鉴定准确率为83.6％。
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1.一种与水果萝卜肉质根糠心性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记包括第一SNP分子标记和第二SNP分子标记；
2.一种与水果萝卜肉质根糠心性状相关的DNA片段，其特征在于，所述DNA片段包括第一DNA片段和第二DNA片段；
3.扩增权利要求1所述SNP分子标记或权利要求2所述DNA片段的引物组合，所述引物组合包括第一引物对和第二引物对；
4.根据权利要求3所述的引物组合，其特征在于，所述第一正向引物和第一上游引物的5'末端分别连接荧光基团，且所述第一正向引物和第一上游引物连接的荧光基团激发出的荧光颜色不同；
5.根据权利要求4所述的引物组合，其特征在于，所述第一正向引物的5'末端连接荧光基团FAM；所述第一上游引物的5'末端连接荧光基团HEX；
6.权利要求4或5所述的引物组合在制备检测权利要求1所述SNP分子标记KASP分型产品中的应用。
7.一种检测权利要求1所述SNP分子标记的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求3～5任一项所述的引物组合。
8.权利要求1所述SNP
9.权利要求1所述SNP分子标记或权利要求2所述DNA片段或权利要求3～5任一项所述的引物组合或权利要求7所述的试剂盒在肉质根耐糠心水果萝卜辅助育种中的应用。
10.一种鉴定肉质根耐糠心水果萝卜的方法，其特征在于，包括如下步骤：
...【技术特征摘要】
1.一种与水果萝卜肉质根糠心性状相关的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记包括第一snp分子标记和第二snp分子标记；
2.一种与水果萝卜肉质根糠心性状相关的dna片段，其特征在于，所述dna片段包括第一dna片段和第二dna片段；
3.扩增权利要求1所述snp分子标记或权利要求2所述dna片段的引物组合，所述引物组合包括第一引物对和第二引物对；
4.根据权利要求3所述的引物组合，其特征在于，所述第一正向引物和第一上游引物的5'末端分别连接荧光基团，且所述第一正向引物和第一上游引物连接的荧光基团激发出的荧光颜色不同；
5.根据权利要求4所述的引物组合，其特征在于，所述第一正向引物的5'末端连接荧光基团fam；所述第一上游引物...
【专利技术属性】
技术研发人员：张丽，王庆彪，王艳萍，吴翔宇，
申请(专利权)人：北京市农林科学院，
类型：发明
国别省市：
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