【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子标记生物，具体涉及一种与湖羊瓣胃、盲肠和结肠重量相关的分子标记及其应用。
技术介绍
1、胃肠道是动物最重要的消化器官，其发育水平在一定程度上影响生产水平，了解和掌握胃肠道生长及动态发育规律对养羊业生产实践有重要意义。胃肠道也是体内最大的免疫和内分泌器官，执行多种功能，其发育水平直接影响动物的饲料转化效率和生产水平。胃肠道的正常发育受遗传、饲养方式和环境等诸多因素的影响，其影响因子间存在相互作用并共同作用于消化系统的发育，胃肠道发育的可调控性给很多生产技术提供了实施机会，但目前针对胃肠道发育性状的人工选择育种的研究较少。分子标记辅助选择是目前应用最广泛的分子育种技术之一，可大大缩短育种周期，提高选择效率。因此，筛查与湖羊胃肠道生长发育相关的基因或有效分子标记，有望通过人工选择育种改良湖羊胃肠道发育水平，进一步提高消化功能和饲料转化效率。
2、磷酸二酯酶9a(phosphodiesterase 9a，pde9a)是磷酸二酯酶第9家族的唯一成员，1998年被首次发现并确定其cdna，能催化细胞内第二信使环腺苷磷酸和环鸟苷磷酸的水解，对cgmp的亲和力最高。cgmp通常参与细胞膜离子通道的开启、糖原分解、细胞增殖以及舒张平滑肌，具有重要的生理调节作用。pde9a属于pde中的独立家族，截至目前还未发现该家族的其他成员，所以pde9a基因与催化结构域以外的任何其他pde的序列相似性非常低。pde9a基因可以通过mrna的选择性剪接或多个启动子和转录起始位点来产生更多的蛋白质。目前对pde9a基因的研究主要集中
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于提供一种与湖羊瓣胃、盲肠和结肠重量相关的分子标记及其应用。本专利技术的分子标记从湖羊pde9a基因中扩增得到，其具体核苷酸序列如seq id no.1所示。通过扩增湖羊pde9a基因的dna序列并测序，寻找pde9a基因的多态性位点，从而可以建立湖羊瓣胃、盲肠和结肠重量相关分子标记的检测方法，并可将该分子标记应用于分子标记辅助育种，选育瓣胃、盲肠和结肠发育较好的湖羊。
2、为实现上述目的，本专利技术采用以下的技术方案为：
3、一种与湖羊瓣胃、盲肠和结肠重量相关的分子标记，该分子标记的核苷酸序列如seq id no.1所示，在其第132位碱基处的y表示t或c，该突变导致分子标记的t/c多态性。
4、用于检测上述与湖羊瓣胃、盲肠和结肠重量相关的分子标记的pcr引物，其包括pcr的上游引物和下游引物，所述上游引物的核苷酸序列如seq id no.2所示，所述下游引物的核苷酸序列如seq id no.3所示。
5、用于检测上述与湖羊瓣胃、盲肠和结肠重量相关的分子标记的massarray snp引物，其包括核苷酸序列如seq id no.4、seq id no.5和seq id no.6所示的序列。
6、一种用于检测如上所述与湖羊瓣胃、盲肠和结肠重量相关的分子标记的试剂盒，其包括如上所述的pcr引物或massarray snp引物。
7、如上所述与湖羊瓣胃、盲肠和结肠重量相关的分子标记在筛选瓣胃、盲肠和结肠发育好、重量较大的品种育种中的应用，其所述分子标记的基因型为cc型的基因型时，作为瓣胃、结肠和盲肠发育较快重量较大的品种进行育种。其育种目的是为挑选出瓣胃、盲肠和结肠发育好、重量较大的湖羊品种。
8、一种检测如上所述与湖羊瓣胃、盲肠和结肠重量相关的分子标记的方法，其包括如下步骤：
9、s1、以湖羊血液为样品提取基因组dna，利用seq id no.2和seq id no.3所示的引物对提取的基因组dna进行pcr扩增，
10、s2、对s1获得的pcr扩增产物进行测序和序列分析，从而确定多态性位点的基因型。
11、一种用massarray snp引物对检测如上所述与湖羊瓣胃、盲肠和结肠重量相关的分子标记的方法，其包括如下步骤：
12、a)以湖羊血液为样品提取基因组dna，利用seq id no.4-5所示的引物对进行高通量水浴pcr扩增，再利用如seq id no.6所示序列进行延伸反应；
13、b)扩增结束后，由于多态性位点碱基不同，延伸产物不同的末端碱基将导致延伸后的产物分子量的差异，采用massarray基因分型技术，经飞行时间质谱便可以将不同分子量的产物区分开，从而达到基因分型的目的。
14、根据检测获得与湖羊瓣胃、盲肠和结肠重量相关的分子标记的基因型，当为cc基因型时，可作为瓣胃、盲肠和结肠发育好、重量较大的湖羊品种进行育种。
15、本专利技术的有益效果在于：
16、本专利技术提供了一种与湖羊瓣胃、盲肠和结肠重量相关的分子标记，还提供了检测该分子标记的引物对或试剂盒或检测方法在湖羊瓣胃、盲肠和结肠重量检测育种中的应用，通过利用本专利技术的引物对或试剂盒对pde9a基因进行扩增和检测，确定待测样品的基因型，从而可以从中选育出瓣胃、结肠和盲肠发育较快重量较大的湖羊品种，为瓣胃、盲肠和结肠增重快，发育好、健康型湖羊的选育提供有效的检测手段。本专利技术通过对分子标记及导致多态性位点的检测，可用于选留基因为cc纯合型湖羊作为种羊用于育种，用以提高湖羊的瓣胃、盲肠和结肠重量，有助于提高湖羊养殖业的经济效益。
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1.一种与湖羊瓣胃、盲肠和结肠重量相关的分子标记，其特征在于，该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，在其第132位碱基处的Y表示T或C，该突变导致分子标记的T/C多态性。
2.用于检测权利要求1所述与湖羊瓣胃、盲肠和结肠重量相关的分子标记的PCR引物，其特征在于，其包括PCR的上游引物和下游引物，所述上游引物的核苷酸序列如SEQ IDNO.2所示，所述下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。
3.用于检测权利要求1所述与湖羊瓣胃、盲肠和结肠重量相关的分子标记的MassARRAYSNP引物，其特征在于，其包括核苷酸序列如SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示的序列。
4.一种用于检测权利要求1所述与湖羊瓣胃、盲肠和结肠重量相关的分子标记的试剂盒，其特征在于，其包括PCR引物或MassARRAY SNP引物，其中，PCR引物包括PCR的上游引物和下游引物，所述上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，所述下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示；
5.权利要求1
6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述育种为筛选瓣胃、盲肠和结肠发育好、重量较大的品种。
7.一种检测权利要求1所述与湖羊瓣胃、盲肠和结肠重量相关的分子标记的方法，其特征在于，其包括如下步骤：
8.一种用MassARRAY SNP引物对检测权利要求1所述与湖羊瓣胃、盲肠和结肠重量相关的分子标记的方法，其特征在于，其包括如下步骤：
...【技术特征摘要】
1.一种与湖羊瓣胃、盲肠和结肠重量相关的分子标记，其特征在于，该分子标记的核苷酸序列如seq id no.1所示，在其第132位碱基处的y表示t或c，该突变导致分子标记的t/c多态性。
2.用于检测权利要求1所述与湖羊瓣胃、盲肠和结肠重量相关的分子标记的pcr引物，其特征在于，其包括pcr的上游引物和下游引物，所述上游引物的核苷酸序列如seq idno.2所示，所述下游引物的核苷酸序列如seq id no.3所示。
3.用于检测权利要求1所述与湖羊瓣胃、盲肠和结肠重量相关的分子标记的massarraysnp引物，其特征在于，其包括核苷酸序列如seq id no.4、seq id no.5和seq id no.6所示的序列。
4.一种用于检测权利要求1所述与湖羊瓣胃、盲肠和...
【专利技术属性】
技术研发人员：李冲，陈占玉，王维民，王国秀，
申请(专利权)人：甘肃农业大学，
类型：发明
国别省市：
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