一种基于KASP技术筛选水牛SNP和构建水牛分子身份证的方法技术

技术编号：40665691 阅读：4 留言：0更新日期：2024-03-18 19:00

本发明专利技术公开了一组水牛SNP分子标记，其特征在于，所述分子标记包含K026‑001，K026‑004，K026‑007，K026‑008，K026‑010，K026‑011，K026‑013，K026‑016，K026‑020，K026‑023，K026‑028，K026‑029，K026‑030，K026‑032，K026‑033，K026‑038，K026‑039，K026‑040，K026‑041，K026‑042，K026‑043，K026‑047，K026‑048，K026‑051，K026‑053，K026‑054，K026‑056，K026‑059，K026‑062，K026‑063，K026‑067，K026‑069，K026‑070，K026‑074，K026‑078，K026‑079，K026‑080，K026‑085，K026‑087，K026‑092，K026‑094，K026‑096，K026‑098，K026‑105，K026‑108，K026‑110，K026‑116，K026‑117，K026‑118，K026‑119，K026‑142，K026‑145，K026‑155，K026‑156，K026‑158，K026‑162，K026‑165，K026‑167，K026‑171和K026‑256。本发明专利技术采用KASP技术等分析方法成功开发出能精准区分全部供试水牛品种的34个SNP位点，并可构建了14个水牛品种具有唯一性的二进制和十进制分子身份证，为今后在基因组水平上进行水牛品种精准鉴定、品种资源保护、水牛育种及其种业的发展起到奠定基础的作用，具有重要的现实意义。

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【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物，具体而言，涉及一种基于kasp技术筛选水牛snp和构建水牛分子身份证的方法。

技术介绍

1、目前在动物品种鉴定的研究中，多应用issr、rapd、srap等分子标记，而这些前期的分子标记大都存在着操作繁琐、稳定性差、成本高、准确率不足等缺点。单核苷酸多态性(snp)是基因组水平上由单个核苷酸的变异引起的dna序列多态性。这是动植物基因组中最常见的遗传变异类型之一，在目前的研究中多用于构建高密度遗传图谱和标记辅助选择以及对目的性状相关的候选基因snp的精细定位。早在2010年就提出，随着测序技术的发展，snp检测技术必将成为新一代动物遗传育种方法和标记辅助方法，并在牛的遗传育种中起至关重要作用。kasp是基于已知snp的位点荧光基因分型技术，可用于对基因组snp位点以及插入缺失多态性进行双等位基因分型。

2、构建品种分子身份证通常是基于dna指纹图谱信息，采用一定的编码规则对信息进行数值化和图像化处理，得到身份代码或二维码信息。在植物分子身份证构建研究方面，简单重复序列(ssr)标记技术被广泛应用于农作物、果树、蔬菜等，但在动物中应用较少。kasp作为snp分型检测方法，具有高效、经济、准确等特点，也在逐步替代ssr，如在葡萄中基于22个snp位点构建了70个品种的分子身份证，在桂花中使用kasp技术基于14个snp位点构建了89个品种的指纹码。

3、水牛属偶蹄目牛科水牛属(bubalus)，主要分布于热带和亚热带地区，大多数分布于亚洲、非洲、拉丁美洲、大洋洲及东南欧的一些国家，分为沼泽

4、据报道，竞争性等位基因特异性聚合酶链式反应(kompetitive allele-specificpcr,kasp)因灵活、便宜、准确等特点，已广泛应用于牛、羊等家畜等生长繁殖、产乳等生产性状snp位点挖掘及遗传疾病鉴定等方面。在牛育种方面，使用kasp方法鉴定到了多个与产乳性状候选基因如prlr、csn3等相关的snp位点，并发现prlr基因的20:g.39071965c>t位点与产乳量、乳脂量等性状显著相关，20:g11188a>g位点(aa型)与牛乳脂肪酸等乳脂性状有显著相关。而采用kasp分型确定了中国荷斯坦牛群最高的脊椎畸形综合征(cvm)携带率为10.5％，并用同样方法验证出牛胚胎时期cyp26c1错义突变导致其犊牛下颌面部骨质疏松(md)。但是在牛的品种鉴定、snp指纹图谱构建及分子身份证构建的研究报道较少。

5、为此，本专利技术基于前期对国内一些地方水牛基因组重测序数据的研究比较基础上，采用kasp技术等分析方法，探讨构建水牛分子身份证的可能性，为今后在基因组水平上进行水牛品种精准鉴定、品种资源保护、水牛育种及其种业的发展起到奠定基础的作用，具有重要的现实意义。

技术实现思路

1、本专利技术首先提供了1.一组水牛snp分子标记，所述分子标记包含k026-001，k026-004，k026-007，k026-008，k026-010，k026-011，k026-013，k026-016，k026-020，k026-023，k026-028，k026-029，k026-030，k026-032，k026-033，k026-038，k026-039，k026-040，k026-041，k026-042，k026-043，k026-047，k026-048，k026-051，k026-053，k026-054，k026-056，k026-059，k026-062，k026-063，k026-067，k026-069，k026-070，k026-074，k026-078，k026-079，k026-080，k026-085，k026-087，k026-092，k026-094，k026-096，k026-098，k026-105，k026-108，k026-110，k026-116，k026-117，k026-118，k026-119，k026-142，k026-145，k026-155，k026-156，k026-158，k026-162，k026-165，k026-167，k026-171和k026-256，其具体信息如下表所示，

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3、

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5、本专利技术还提供上述分子标记作为检测靶标在开发产品中的应用；所述产品的功能为如下(a)或(b)或(c)：

6、(a)分子身份证构建；

7、(b)遗传多样性、群体结构分析；

8、(c)水牛品种的dna分子身份证。

9、本专利技术还提供一种产品，包括检测上述分子标记的物质；所述产品的功能为如下(a)或(b)或(c)：

10、(a)分子身份证构建；

11、(b)遗传多样性、群体结构分析；

12、(c)水牛品种的dna分子身份证。

13、优选地，所述物质为引物。

14、本专利技术还提供用于检测上述分子标记的物质在制备产品中的应用；所述产品的功能为如下(a)或(b)或(c)：

15、(a)分子身份证构建；

16、(b)遗传多样性、群体结构分析；

17、(c)水牛品种的dna分子身份证。

18、优选地，所述物质为引物。

19、优选地，所述物质为试剂盒。

20、本专利技术还提供一种基于kasp技术筛选水牛snp的方法，其包含基于上述的snp位点信息，筛选合适snp位点，通过转化标记获得可用于分子身份证构建的snp位点的步骤。

21、本专利技术还提供一组筛选后的snp分子标记，其使用上述方法筛选获得。

22、本专利技术还提供一种基于kasp技术构建水牛分子身份证的方法，其包含基于上述的筛选后的snp分子标记，使用二进制和十进制构建水牛品种的dna分子身份证的步骤。

23、本专利技术与现有技术相比，至少具有如下有益效果：

24、基于不同品种10头水牛基因组重测序数据，筛选获得284个在不同种间有差异且品种内一致的snp位点，在40个水牛样本中测序并结合sanger测序验证获得的60个snp位点，6个位点未能正常分型，转化成功率为9本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一组水牛SNP分子标记，其特征在于，所述分子标记包含K026-001，K026-004，K026-007，K026-008，K026-010，K026-011，K026-013，K026-016，K026-020，K026-023，K026-028，K026-029，K026-030，K026-032，K026-033，K026-038，K026-039，K026-040，K026-041，K026-042，K026-043，K026-047，K026-048，K026-051，K026-053，K026-054，K026-056，K026-059，K026-062，K026-063，K026-067，K026-069，K026-070，K026-074，K026-078，K026-079，K026-080，K026-085，K026-087，K026-092，K026-094，K026-096，K026-098，K026-105，K026-108，K026-110，K026-116，K026-117，K026-118，K026-119，K026-142，K026-145，K

2.权利要求1所述分子标记作为检测靶标在开发产品中的应用；所述产品的功能为如下(a)或(b)或(c)：

3.一种产品，包括检测权利要求1所述分子标记的物质；所述产品的功能为如下(a)或(b)或(c)：

4.根据权利要求3所述的产品，其特征在于，所述物质为引物。

5.用于检测权利要求1所述分子标记的物质在制备产品中的应用；所述产品的功能为如下(a)或(b)或(c)：

6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述物质为引物。

7.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述物质为试剂盒。

8.一种基于KASP技术筛选水牛SNP的方法，其特征在于，其包含基于权利要求1所述的SNP位点信息，筛选合适SNP位点，通过转化标记获得可用于分子身份证构建的SNP位点的步骤。

9.一组筛选后的SNP分子标记，其特征在于，其使用权利要求8所述方法筛选获得。

10.一种基于KASP技术构建水牛分子身份证的方法，其特征在于，其包含基于权利要求9所述的SNP分子标记，使用二进制和十进制构建水牛品种的DNA分子身份证的步骤。

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【技术特征摘要】

1.一组水牛snp分子标记，其特征在于，所述分子标记包含k026-001，k026-004，k026-007，k026-008，k026-010，k026-011，k026-013，k026-016，k026-020，k026-023，k026-028，k026-029，k026-030，k026-032，k026-033，k026-038，k026-039，k026-040，k026-041，k026-042，k026-043，k026-047，k026-048，k026-051，k026-053，k026-054，k026-056，k026-059，k026-062，k026-063，k026-067，k026-069，k026-070，k026-074，k026-078，k026-079，k026-080，k026-085，k026-087，k026-092，k026-094，k026-096，k026-098，k026-105，k026-108，k026-110，k026-116，k026-117，k026-118，k026-119，k026-142，k026-145，k026-155，k026-156，k026-158，k026-162，k026-165，k026...

【专利技术属性】
技术研发人员：庞春英，梁贤威，梁莎莎，冯玲，文崇利，钟华配，韦科龙，
申请(专利权)人：广西壮族自治区水牛研究所，
类型：发明
国别省市：

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