【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及分子生物学，具体涉及一种基于全基因组测序筛选的与摩拉水牛体尺、初生重相关的snp分子标记组合及应用。
技术介绍
1、摩拉水牛自印度引入我国经过60多年的繁育，该品种在繁殖性能、生长发育、产肉和产奶性能方面均与原产地相当。在我国南方亚热带气候环境下，具有耐热、耐粗饲、抗病力强、生长正常、适应性强等特点，与本地沼泽型水牛相比具有较好的乳肉兼用性能。我国水牛多为沼泽型水牛，产肉产奶性能较低，用摩拉水牛与本地水牛进行杂交改良，可大幅度提高杂交后代的产肉产奶性能。目前，摩拉水牛饲养数量很少，规模化程度较低，种质资源匮乏，大部分牛场都通过传统的育种方法进行选种选育，造成水牛遗传改良进展缓慢。
2、生长、繁殖、产奶和健康性状是水牛最主要的经济性状，经济性状的优劣直接影响水牛产业的发展。多年以来，通过传统的育种方法对水牛的经济性状进行遗传改良取得一定成效，但由于传统水牛育种存在着育种周期长、经济性状复杂和性状受诸多基因的控制等缺陷，传统育种方法已很难对经济性状的遗传改良有较大的突破。而随着科技的高速发展，分子标记辅助育种技术的不断成熟，分子标记辅助育种被越来越多应用于改良遗传性状，但针对摩拉水牛的全基因组测序筛选未有相关报道。
3、早期在关于畜禽复杂性状表型的研究序列中，主要利用qtl定位(qtl mapping)来寻找表型变异和基因组变异之间的关联。qtl比较适用于单基因疾病或单基因控制性状的遗传研究，但对复杂性状和遗传力低的性状的检测效果较差，由于获得的qtl置信区间较大，其中可能涵盖数以百计的基因，不
4、相比qtl连锁分析的方法，全基因组关联分析(genome-wide association study，gwas)是一种对全基因组范围内的常见遗传变异(单核苷酸多态性和拷贝数)总体关联分析的方法，gwas以自然群体为研究对象，以长期重组后保留下来的基因(位点)间连锁不平衡(linkage disequilibrium，ld)为基础，根据目标性状表型的多样性与基因(或标记位点)的多态性结合分析，直接鉴定出与表型变异密切相关且具有特定功能的基因位点或标记位点。采用gwas在全基因组范围内进行研究，能一次性对多个性状进行定位，适用于定位性状关联区间、功能基因研究、开发性状选育和功能标记等方面的研究，同时所得结果更具可靠性。gwas作为一种基因定位的新方法必将在畜禽育种领域得到广泛应用。
5、公开于该
技术介绍
部分的信息仅仅旨在增加对本专利技术的总体背景的理解，而不应当被视为承认或以任何形式暗示该信息构成已为本领域一般技术人员所公知的现有技术。
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于提供一种基于全基因组测序筛选的与摩拉水牛体尺、初生重相关的snp分子标记组合，旨在克服现有摩拉水牛在snp分子标记技术的不足。
2、本专利技术还提供一种基于全基因组测序筛选的与摩拉水牛体尺、初生重相关的snp分子标记组合的应用，旨在利用摩拉水牛的snp分子标记辅助育种克服现有摩拉水牛育种效率低的缺陷。
3、为实现上述目的，本专利技术提供了一种基于全基因组测序筛选的与摩拉水牛体尺、初生重相关的snp分子标记组合，所述snp分子标记的编号分别为：chr9_945708、chr12_759910、chr2_6507224、chr14_1107998、chr6_412602、chr11_478666、chr12_2561983、chr13_4111065、chr6_329671、chr15_757199、chr15_965035、chr16_1075288、chr16_333276、chr15_421174、chr5_965382、chr2_4772453、chr13_880942、chr2_530467，上述18个snp分子标记相应的核苷酸序列如seq id no.1-18所示。具体序列信息如下表1所示。
4、表118个snp分子标记的前后碱基片段序列及相应的信息
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12、优选地，上述技术方案序列中，所述chr9_945708序列中的第101个碱基位点在摩拉水牛生长性状的效应基因为t等位基因，关联表型为体高；
13、所述chr12_759910序列中的第101个碱基位点在摩拉水牛生长性状的效应基因为t等位基因，关联表型为体高；
14、所述chr2_6507224序列中的第101个碱基位点在摩拉水牛生长性状的效应基因为g等位基因，关联表型为体斜长；
15、所述chr14_1107998序列中的第101个碱基位点在摩拉水牛生长性状的效应基因为g等位基因，关联表型为体斜长；
16、所述chr6_412602序列中的第101个碱基位点在摩拉水牛生长性状的效应基因为g等位基因，关联表型为体斜长；
17、所述chr11_478666序列中的第101个碱基位点在摩拉水牛生长性状的效应基因为a等位基因，关联表型为胸宽；
18、所述chr12_2561983序列中的第101个碱基位点在摩拉水牛生长性状的效应基因为g等位基因，关联表型为胸深；
19、所述chr13_4111065序列中的第101个碱基位点在摩拉水牛生长性状的效应基因为t等位基因，关联表型为胸深；
20、所述chr6_329671序列中的第101个碱基位点在摩拉水牛生长性状的效应基因为a等位基因，关联表型为胸深；
21、所述chr15_757199序列中的第101个碱基位点在摩拉水牛生长性状的效应基因为g等位基因，关联表型为胸深；
22、所述chr15_965035序列中的第101个碱基位点在摩拉水牛生长性状的效应基因为a等位基因，关联表型为胸深；
23、所述chr16_1075288序列中的第101个碱基位点在摩拉水牛生长性状的效应基因为t等位基因，关联表型为胸深；
24、所述chr16_333276序列中的第101个碱基位点在摩拉水牛生长性状的效应基因为a等位基因，关联表型为胸深；
25、所述chr15_421174序列中的第101个碱基位点在摩拉水牛生长性状的效应基因为a等位基因，关联表型为胸深；
26、所述chr5_965382序列中的第101个碱基位点在摩拉水牛生长性状的效应基因为a等位基因，关联表型为髋节宽；
27、所述chr2_4772453序列中的第101个碱基位点在摩拉水牛生长性状的效应基因为g等位基因，关联表型为初生重；
28、所述chr13_880942序列中的第101个碱基位点在摩拉水牛生长性状的效应基因为c等位基因，关联表型为初生重；
29、所述chr2_530467序列中的第101个碱基位点在摩本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.基于全基因组测序筛选的与摩拉水牛体尺、初生重相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的编号分别为：chr9_945708、chr12_759910、chr2_6507224、chr14_1107998、chr6_412602、chr11_478666、chr12_2561983、chr13_4111065、chr6_329671、chr15_757199、chr15_965035、chr16_1075288、chr16_333276、chr15_421174、chr5_965382、chr2_4772453、chr13_880942、chr2_530467，上述18个SNP分子标记相应的核苷酸序列如SEQ ID NO.1-18任一所示。
2.根据权利要求1所述基于全基因组测序筛选的与摩拉水牛体尺、初生重相关的SNP分子标记，其特征在于，
3.一种如权利要求2所述SNP分子标记在摩拉水牛体高、体斜长、胸宽、胸深、髋节宽和初生重相关分子标记辅助育种序列中的应用。
4.用于检测如权利要求1或2所述基于全基因组测序筛选的与摩拉水牛体尺、
5.一种选育摩拉水牛的方法，其特征在于，通过在如权利要求1所述摩拉水牛体尺、初生重相关的SNP分子标记两侧翼的核苷酸序列上分别设计扩增引物，利用上述引物，以3月龄水牛血液基因组DNA作为模板进行PCR扩增，对扩增产物一代测序，根据测序结果进行基因分型，保留带有目的性状基因型的个体。
6.一种利用分子生物学技术检测摩拉水牛基因型的方法，其特征在于，包括以下步骤：
7.根据权利要求6所述利用分子生物学技术检测摩拉水牛基因型的方法，其特征在于，在步骤S5序列中，所述质控具体步骤为：
8.根据权利要求6所述利用分子生物学技术检测摩拉水牛基因型的方法，其特征在于，所述过滤的过滤条件为dp2、Miss0.2、Maf0.01。
9.根据权利要求权利要求6所述利用分子生物学技术检测摩拉水牛基因型的方法，其特征在于，所述摩拉水牛体尺包括摩拉水牛体高、体斜长、胸宽、胸深和髋节宽。
10.如权利要求6-9任一所述利用分子生物学技术检测摩拉水牛基因型的方法在摩拉水牛体高、体斜长、胸宽、胸深、髋节宽和初生重分子标记辅助育种序列中的应用。
...【技术特征摘要】
1.基于全基因组测序筛选的与摩拉水牛体尺、初生重相关的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记的编号分别为：chr9_945708、chr12_759910、chr2_6507224、chr14_1107998、chr6_412602、chr11_478666、chr12_2561983、chr13_4111065、chr6_329671、chr15_757199、chr15_965035、chr16_1075288、chr16_333276、chr15_421174、chr5_965382、chr2_4772453、chr13_880942、chr2_530467，上述18个snp分子标记相应的核苷酸序列如seq id no.1-18任一所示。
2.根据权利要求1所述基于全基因组测序筛选的与摩拉水牛体尺、初生重相关的snp分子标记，其特征在于，
3.一种如权利要求2所述snp分子标记在摩拉水牛体高、体斜长、胸宽、胸深、髋节宽和初生重相关分子标记辅助育种序列中的应用。
4.用于检测如权利要求1或2所述基于全基因组测序筛选的与摩拉水牛体尺、初生重相关的snp分子标...
【专利技术属性】
技术研发人员：郑海英，尚江华，杨春艳，郑威，文崇利，韦科龙，钟华配，罗华，
申请(专利权)人：广西壮族自治区水牛研究所，
类型：发明
国别省市：
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