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基于RPA技术现场检测齐氏罗非鱼的引物探针组合、试剂盒及方法技术

技术编号:40641250 阅读:5 留言:0更新日期:2024-03-13 21:22
本发明专利技术属于分子生物学和分子生态学技术领域,具体公开了基于RPA技术现场检测齐氏罗非鱼的引物探针组合、试剂盒及方法。本发明专利技术创新设计方法,筛选出一组齐氏罗非鱼的RPA特异性引物与探针,结合侧流层析试纸条检测法,建立了一种齐氏罗非鱼的RPA‑LFD检测方法。该方法操作简便、灵敏性高、特异性强、短时间内实现结果可视,能够满足环境DNA样本的检测要求;且不需要精密仪器,在38℃、50min内即可得到检测结果,能够实现现场检测,适合野外快速监测。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及分子生物学和分子生态学,具体涉及基于rpa技术现场检测齐氏罗非鱼的引物探针组合、试剂盒及方法。


技术介绍

1、齐氏罗非鱼(coptodon zillii),俗称福寿鱼、非洲鲫,其个体小,环境适应性强,能耐污染和低氧环境,繁殖能力极强,生长迅速,生性凶猛好斗,攻击性明显强于其他罗非鱼,领域性强,对本土原生鱼种会造成伤害。已在我国华南地区的主要水系形成入侵,是目前我国危害最大的罗非鱼种类,也是自然水域扩散范围最广、扩散速度最快、存量规模最大的种类。因此,有必要对其进行监测。

2、环境dna(environmental dna,简称edna)技术是一种基于生物体在环境中释放的dna片段进行检测和分析的新兴技术,生物体通过蜕皮、粪便、尿液、孢子、鳃腔粘液等方式,在环境中释放dna片段,这些dna片段称为环境dna。环境dna在生物多样性研究中的优势在于能从环境样品中获得目标生物dna,在不影响生物体的同时能取得较为全面的生物体信息。环境dna样本背景复杂,可能含有多物种dna,若要在其中检测目标物种dna,要求检测方法相对其他物种尤其是近缘物种具有好的特异性,对于检测方法的灵敏度要求也更高。

3、对于鱼类的检测,pcr是一种常见的方法,通过提取dna进行扩增,根据电泳或者扩增曲线判断是否存在目标鱼类。edna技术与pcr扩增技术相结合,可以实现无害化检测齐氏罗非鱼。但是,考虑到野外环境条件资源有限,普通的pcr技术耗时过长,且需要精密设备,在变性、退火、延伸过程进行严格的温度变化控制,反应最高温度在90℃以上,对实验环境要求极高,无法达到野外实时监测齐氏罗非鱼的效果。因此,开发设计一种特异、灵敏、迅速的现场检测齐氏罗非鱼的方法具有重要意义。


技术实现思路

1、为解决上述问题,本专利技术的目的之一是提供基于rpa技术现场检测齐氏罗非鱼的引物探针组合,能够利用重组酶聚合酶扩增(rpa)技术在较低温度下特异性扩增出齐氏罗非鱼dna。

2、具体的,所述引物探针组合包括:序列如seq id no.1所示的上游引物、序列如seqid no.2所示的下游引物、序列如seq id no.3所示的探针。

3、本专利技术的目的之二是提供包括上述基于rpa技术现场检测齐氏罗非鱼的引物探针组合的试剂盒。

4、本专利技术的目的之三是提供基于rpa技术现场检测齐氏罗非鱼的方法,包括以下步骤:

5、s1.水样抽提:利用滤膜进行待测水样过滤;

6、s2.edna提取:利用chelex-100法提取滤膜中的edna;

7、s3.rpa扩增:利用上述试剂盒对提取到的edna进行rpa扩增反应;

8、s4.lfd检测:反应结束后,将反应液滴加在带有抗fam和biotin标记的lfd试纸条进行检测,根据lfd试纸条检测线和质控线的条带显示情况判断有无齐氏罗非鱼的存在。当检测线和质控线都显示条带,则结果为阳性(存在齐氏罗非鱼);若检测线未显示条带,质控线显示条带,则结果为阴性(不存在齐氏罗非鱼);若质控线未显示条带,则检测无效。

9、优选的,步骤s3中,rpa扩增的反应体系为:10μm的上下游引物各2μl、10μm的探针0.6l、buffer a 29.4μl、buffer b 2.5μl、dna模板2μl、无酶无菌水11.5μl。所述buffer a和buffer b均来自安普未来生物科技有限公司dna恒速快速扩增试剂盒(胶体金试纸条型)。

10、优选的,步骤s3中,rpa扩增的反应条件为:将配制好的反应体系在38℃金属浴孵育3-5min后,取出反应体系涡旋离心25-35s,再放入38℃金属浴继续反应7-9min。

11、本专利技术具有以下有益效果:

12、本专利技术筛选出一组齐氏罗非鱼的rpa特异性引物与探针,结合侧流层析试纸条检测法,建立了一种齐氏罗非鱼的rpa-lfd检测方法。该方法操作简便、灵敏性高、特异性强、短时间内实现结果可视,能够满足环境dna样本的检测要求;且不需要精密仪器,在38℃、50min内即可得到检测结果,能够实现现场检测,适合野外快速监测。

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【技术保护点】

1.基于RPA技术现场检测齐氏罗非鱼的引物探针组合,其特征在于:包括序列如SEQ IDNO.1所示的上游引物、序列如SEQ ID NO.2所示的下游引物、序列如SEQ ID NO.3所示的探针。

2.基于RPA技术现场检测齐氏罗非鱼的试剂盒,其特征在于:包括权利要求1所述的基于RPA技术现场检测齐氏罗非鱼的引物探针组合。

3.基于RPA技术现场检测齐氏罗非鱼的方法,其特征在于:包括以下步骤:

4.根据权利要求3所述的基于RPA技术现场检测齐氏罗非鱼的方法,其特征在于:步骤S3中,RPA扩增的反应体系为:10μM的上下游引物各2μL、10μM的探针0.6L、buffer A 29.4μL、buffer B 2.5μL、DNA模板2μL、无酶无菌水11.5μL。

5.根据权利要求3所述的基于RPA技术现场检测齐氏罗非鱼的方法,其特征在于:步骤S3中,RPA扩增的反应条件为:将配制好的反应体系在38℃金属浴孵育3-5min后,取出反应体系涡旋离心25-35s,再放入38℃金属浴继续反应7-9min。

【技术特征摘要】

1.基于rpa技术现场检测齐氏罗非鱼的引物探针组合,其特征在于:包括序列如seq idno.1所示的上游引物、序列如seq id no.2所示的下游引物、序列如seq id no.3所示的探针。

2.基于rpa技术现场检测齐氏罗非鱼的试剂盒,其特征在于:包括权利要求1所述的基于rpa技术现场检测齐氏罗非鱼的引物探针组合。

3.基于rpa技术现场检测齐氏罗非鱼的方法,其特征在于:包括以下步骤:

4.根据权利要求3所述的基于rpa技术现场检测...

【专利技术属性】
技术研发人员:李晨虹孙立张秋灏王辉
申请(专利权)人:上海海洋大学
类型:发明
国别省市:

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