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【技术实现步骤摘要】
本申请涉及生物信息学,尤其涉及抗原受体识别方法、装置、设备和存储介质。
技术介绍
1、人体免疫系统的运行有赖于获得性免疫细胞的正常工作。获得性免疫细胞主要包括b细胞和t细胞,它们通过细胞表面的受体——t细胞受体(tcr)和b细胞受体(bcr)对抗原进行识别。对于t细胞和b细胞而言,抗原-受体特异性识别能够启动获得性免疫应答,因此特定抗原和特定受体之间的匹配关系是获得性免疫细胞靶向性的关键。
2、相关技术中针对抗原抗体识别是利用串联在一条高分子主链上的抗原呈递分子,结合已知的多肽抗原并将其呈递给待测的细胞。然后选取最高结合数的抗原作为该细胞的受体对应的抗原。这种做法很容易受所加入的抗原复合物浓度的影响,结合信息噪声较大,会出现持有同一受体的多个免疫细胞分别结合不同的多个抗原的现象。
技术实现思路
1、本申请实施例的主要目的在于提出抗原受体识别方法、装置、设备和存储介质,提升抗原受体识别准确度。
2、为实现上述目的,本申请实施例的第一方面提出了一种抗原受体识别方法,包括:
3、获取根据待测细胞与待测抗原的结合结果产生的初始计数矩阵;所述待测细胞上包括待测受体;
4、根据所述待测受体对所述初始计数矩阵进行矩阵转换,得到受体抗原计数矩阵,并根据所述受体抗原计数矩阵生成每一个待测抗原和待测受体组成的抗原受体组的统计列联表;
5、生成每一个所述统计列联表对应的特异性值,并选取所述特异性值高于或等于预设校验值的所述抗原受体组作为目标抗原
6、在一些实施例,所述获取根据待测细胞与待测抗原的结合结果产生的初始计数矩阵,包括:
7、获取所述待测细胞与所述待测抗原的结合结果;
8、以所述待测细胞的细胞标识为行,以所述待测抗原的抗原标识为列,以对应位置的所述结合结果作为第一计数值,生成所述初始计数矩阵。
9、在一些实施例,所述根据所述待测受体对所述初始计数矩阵进行矩阵转换,得到受体抗原计数矩阵之前,所述方法还包括:
10、获取所述待测抗原在所有所述待测细胞上的第一计数值,并根据所述第一计数值生成所述计数分布;
11、基于预设阈值和所述计数分布生成所述待测抗原的筛选阈值,将所述初始计数矩阵中小于所述筛选阈值的所述第一计数值置零;
12、依次对每个所述待测抗原的所述第一计数值进行更新。
13、在一些实施例,所述根据所述待测受体对所述初始计数矩阵进行矩阵转换,得到受体抗原计数矩阵,包括:
14、获取每个所述待测受体对应的受体标签;
15、按照所述受体标签将所述待测细胞进行分类,将每一类所述待测细胞对应的第一计数值作为所述受体标签的计数序列;
16、在所述计数序列中,将同一种所述待测抗原对应的所述第一计数值进行加和,作为所述待测抗原的第二计数值;
17、基于所述受体标签和所述第二计数值得到所述受体抗原计数矩阵。
18、在一些实施例,所述根据所述受体抗原计数矩阵生成每一个待测抗原和待测受体组成的抗原受体组的统计列联表,包括:
19、获取所述待测抗原和所述待测受体组成的多个所述抗原受体组;
20、将所述抗原受体组中所述待测抗原作为目标抗原,以及将所述待测受体作为目标受体,从所述受体抗原计数矩阵中获取所述目标受体结合所述目标抗原的第一统计值、非所述目标受体结合所述目标抗原的第二统计值、所述目标受体结合非所述目标抗原的第三统计值、非所述目标受体结合非所述目标抗原的第四统计值;
21、基于所述第一统计值、所述第二统计值、所述第三统计值和所述第四统计值生成两行两列的所述统计列联表。
22、在一些实施例,所述生成每一个所述统计列联表对应的特异性值,包括:
23、计算所述统计列联表的第一行边际、第二行边际、第一列边际和第二列边际;
24、基于所述第一行边际、所述第二行边际、所述第一列边际和所述第二列边际计算每个所述统计列联表的所述特异性值;
25、对所述特异性值按照从小到大的顺序进行排序,根据排序位置对每个所述特异性值进行校正,得到校正后的所述特异性值。
26、在一些实施例,所述选取所述特异性值高于或等于预设校验值的所述抗原受体组作为目标抗原受体组之后,所述方法还包括:
27、根据每一个所述目标抗原受体组的所述统计列联表生成优势比;
28、基于多个所述优势比进行最大期望拟合,得到混合高斯模型;所述混合高斯模型包括用于指示高优势比的第一高斯模型和用于指示低优势比的第二高斯模型;
29、根据所述第一高斯模型和所述第二高斯模型得到优势比阈值;
30、根据所述优势比和所述优势比阈值的比较结果,确定所述目标抗原受体组的亲和度。
31、为实现上述目的,本申请实施例的第二方面提出了一种抗原受体识别装置,包括:
32、抗原抗体结合数据获取模块:用于获取根据待测细胞与待测抗原的结合结果产生的初始计数矩阵;所述待测细胞上包括待测受体;
33、统计列联表生成模块:用于根据所述待测受体对所述初始计数矩阵进行矩阵转换,得到受体抗原计数矩阵,并根据所述受体抗原计数矩阵生成每一个待测抗原和待测受体组成的抗原受体组的统计列联表;
34、目标抗原受体选取模块:用于生成每一个所述统计列联表对应的特异性值,并选取所述特异性值高于或等于预设校验值的所述抗原受体组作为目标抗原受体组。
35、为实现上述目的,本申请实施例的第三方面提出了一种电子设备,所述电子设备包括存储器和处理器,所述存储器存储有计算机程序,所述处理器执行所述计算机程序时实现上述第一方面所述的方法。
36、为实现上述目的,本申请实施例的第四方面提出了一种存储介质,所述存储介质为存储介质,所述存储介质存储有计算机程序,所述计算机程序被处理器执行时实现上述第一方面所述的方法。
37、本申请实施例提出的抗原受体识别方法、装置、设备和存储介质,通过获取根据待测细胞与待测抗原的结合结果产生的初始计数矩阵;其中,待测细胞上包括待测受体;接着根据待测受体对初始计数矩阵进行矩阵转换,得到受体抗原计数矩阵,并根据受体抗原计数矩阵生成每一个待测抗原和待测受体组成的抗原受体组的统计列联表;最后生成每一个统计列联表对应的特异性值,并选取特异性值高于或等于预设校验值的抗原受体组作为目标抗原受体组。本申请实施例通过统计检验的方式获取每组抗原受体组的特异性值,然后根据特异性值选取受体对应的目标抗原,这种方式相比较现有技术中简单选取细胞结合最多的抗原作为目标抗原,能降低结合结果中噪声带来的影响,提升抗原和受体识别的准确性。
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1.一种抗原受体识别方法,其特征在于,包括:
2.根据权利要求1所述的抗原受体识别方法,其特征在于,所述获取根据待测细胞与待测抗原的结合结果产生的初始计数矩阵,包括:
3.根据权利要求1所述的抗原受体识别方法,其特征在于,所述根据所述待测受体对所述初始计数矩阵进行矩阵转换,得到受体抗原计数矩阵之前,所述方法还包括:
4.根据权利要求1所述的抗原受体识别方法,其特征在于,所述根据所述待测受体对所述初始计数矩阵进行矩阵转换,得到受体抗原计数矩阵,包括:
5.根据权利要求1所述的抗原受体识别方法,其特征在于,所述根据所述受体抗原计数矩阵生成每一个待测抗原和待测受体组成的抗原受体组的统计列联表,包括:
6.根据权利要求5所述的抗原受体识别方法,其特征在于,所述生成每一个所述统计列联表对应的特异性值,包括:
7.根据权利要求1至6任一项所述的抗原受体识别方法,其特征在于,所述选取所述特异性值高于或等于预设校验值的所述抗原受体组作为目标抗原受体组之后,所述方法还包括:
8.一种抗原受体识别装置,其特征在于,包
9.一种电子设备,其特征在于,所述电子设备包括存储器和处理器,所述存储器存储有计算机程序,所述处理器执行所述计算机程序时实现权利要求1至7任一项所述的抗原受体识别方法。
10.一种存储介质,所述存储介质存储有计算机程序,其特征在于,所述计算机程序被处理器执行时实现权利要求1至7中任一项所述的抗原受体识别方法。
...【技术特征摘要】
1.一种抗原受体识别方法,其特征在于,包括:
2.根据权利要求1所述的抗原受体识别方法,其特征在于,所述获取根据待测细胞与待测抗原的结合结果产生的初始计数矩阵,包括:
3.根据权利要求1所述的抗原受体识别方法,其特征在于,所述根据所述待测受体对所述初始计数矩阵进行矩阵转换,得到受体抗原计数矩阵之前,所述方法还包括:
4.根据权利要求1所述的抗原受体识别方法,其特征在于,所述根据所述待测受体对所述初始计数矩阵进行矩阵转换,得到受体抗原计数矩阵,包括:
5.根据权利要求1所述的抗原受体识别方法,其特征在于,所述根据所述受体抗原计数矩阵生成每一个待测抗原和待测受体组成的抗原受体组的统计列联表,包括:
6.根...
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