一种油茶SNP指纹图谱的构建方法及应用技术

本发明专利技术公开了一种油茶SNP指纹图谱的构建方法，其收集油茶的新鲜叶子提取基因组DNA，接着使用ddRADseq流程进行文库构建，再使用Illumina HiSeq平台进行Paired‑end 150bp测序得到测序数据；对测序数据进行数据过滤后，将测序数据与南荣油茶的参考基因组进行比对，再进行变异检测获得变异位点及其基因型，使用Plink软件对获得的变异位点进行筛选得到的无基因型缺失的SNP位点；筛选SNP标记多态性信息含量(PIC)大于0.35且SNP位点前后60bp碱基保守无变异位点的SNP位点作为构建指纹图谱的核心位点，挑选出重复种质基因型一致的SNP位点，并根据得到的SNP位点绘制油茶SNP指纹图谱。本发明专利技术可以绘制得到不同油茶品种的SNP指纹图谱，为油茶种质的快速鉴定提供重要技术参考。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于油茶种质鉴定，具体涉及一种油茶snp指纹图谱的构建方法及应用。

技术介绍

1、油茶在广义上是指山茶科（theacea）山茶属（ camellial.）植物中种子含油量高、具有较高栽培经济价值的多年生木本油料作物，目前普通油茶（ camellia oliefera）是我国油茶生产栽培的优势物种。由于油茶良种苗木早期受发育阶段影响，缺乏有力的形态特征支撑（无果、无花、无固定树型），且早期叶片遗传多样性比较丰富，导致主栽油茶良种苗木早期识别相对困难，为了规范油茶苗木市场，促进油茶产业健康发展，研究如何快速准确识别苗木的真伪优劣，迫在眉睫。

2、单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, snp）是指在基因组水平上由于单个核苷酸变异引起的dna序列多态性。snp是基因组dna序列最基本的变异形式，在生物体内广泛存在，具有数量多、分布广、遗传稳定性高，在遗传图谱构建、种质资源的dna指纹分析和生物多样性检测等农作物育种领域发挥着本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种油茶SNP指纹图谱的构建方法，其特征在于：包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的油茶SNP指纹图谱的构建方法，其特征在于：步骤（1）中收集的油茶品种包括香花油茶和广宁红花油茶中的一种或多种，所述香花油茶包括岑软3号、岑软ZJ11、岑软2号、岑软ZJ24、岑软ZJ14、岑软3-62、傲雪、岑软22号、岑软24号、岑软11号和岑芯中的一种或多种，所述广宁红花油茶包括红羽1号和红羽2号中的一种或多种。

3.根据权利要求1所述的油茶SNP指纹图谱的构建方法，其特征在于：在步骤（2）中，对步骤（1）中得到的测序数据进行数据过滤具体是使用Cutadapt软件和Tri...

【技术特征摘要】

1.一种油茶snp指纹图谱的构建方法，其特征在于：包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的油茶snp指纹图谱的构建方法，其特征在于：步骤（1）中收集的油茶品种包括香花油茶和广宁红花油茶中的一种或多种，所述香花油茶包括岑软3号、岑软zj11、岑软2号、岑软zj24、岑软zj14、岑软3-62、傲雪、岑软22号、岑软24号、岑软11号和岑芯中的一种或多种，所述广宁红花油茶包括红羽1号和红羽2号中的一种或多种。

3.根据权利要求1所述的油茶snp指纹图谱的构建方法，其特征在于：在步骤（2）中，对步骤（1）中得到的测序数据进行数据过滤具体是使用cutadapt软件和trimmomatic软件进行过滤，即使用cutadapt软件去除接头序列，使用trimmomatic...

【专利技术属性】
技术研发人员：廖宏泽，孙曼曼，刘凯，郝丙青，黄小娟，孙佳星，
申请(专利权)人：广西民族大学，
类型：发明
国别省市：