分子模拟增强采样方法、装置、电子设备及可存储介质制造方法及图纸

本申请提供一种分子模拟增强采样方法、装置、电子设备及可存储介质，该方法包括：确定初始集体变量CV；通过所述初始CV和初始模拟采样获取到初始训练集；其中，所述初始模拟采样为无偏势模拟采样；根据所述初始训练集和神经网络模型训练至少一个偏势模型；对所述至少一个偏势模型进行至少一轮的迭代，其中，在一轮所述迭代中：根据所述至少一个偏势模型进行增强采样，根据所述增强采样得到的数据获取更新的训练集，根据所述更新的训练集重新训练所述至少一个偏势模型。本申请的技术方案可以改善偏势力场模型的质量。

【技术实现步骤摘要】

本申请涉及分子动力学模拟领域，尤其涉及一种分子模拟增强采样方法、装置、电子设备及可存储介质。

技术介绍

1、分子动力学模拟(molecular dynamics simulation)方法广泛的应用在计算生物、化学、材料科学、药物设计等多个研究领域。分子动力学模拟的方法一般分为三个技术维度：力场(forcefield)、采样(sampling)与预测模型(prediction model)。在药物设计的场景中，分子动力学模拟的采样效率则至关重要，特别是当靶点蛋白具有较大的柔性时，利用分子动力学模拟的手段作为计算蛋白-小分子亲和力预测，或是小分子结合位点、结合模式预测等应用时都存在较多限制。在蛋白口袋构像变化较大、诱导契合(induced-fit)效应较明显的情况下，常规的分子模拟采样方式基本上无法得到可用于高精度预测的构像采样。因此，增强采样的技术在这类问题上就具有非常大的使用需求。

技术实现思路

1、本申请提供一种分子模拟增强采样方法、装置、电子设备和计算机可读存储介质，可以改善偏势力场模型的质量。

本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种分子模拟增强采样方法，其特征在于，包括：

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，当当前一轮所述迭代中增强采样得到的CV坐标分布均匀，且与上一轮所述迭代中增强采样得到的CV坐标分布的差异性小于第一阈值时，确定停止所述迭代；和/或，

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述至少一个偏势模型包含多个偏势模型；所述根据所述至少一个偏势模型进行增强采样，包括：

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述计算多个所述作用力的差异性，包括：

6.根据权利要求4所...

【技术特征摘要】

1.一种分子模拟增强采样方法，其特征在于，包括：

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，当当前一轮所述迭代中增强采样得到的cv坐标分布均匀，且与上一轮所述迭代中增强采样得到的cv坐标分布的差异性小于第一阈值时，确定停止所述迭代；和/或，

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述至少一个偏势模型包含多个偏势模型；所述根据所述至少一个偏势模型进行增强采样，包括：

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述计算多个所述作用力的差异性，包括：

6.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述调整所述作用力的权重，包括：

8.根据权利要求1-7任一项所述的方法，其特征在于，所述至少一个偏势模型包含多个偏势模型；所述根据所述增强采样得到的数据获取更新的训练集，包括：

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，在所述迭代中，在根据所述增强采样得到的数据获取...

【专利技术属性】
技术研发人员：林泓叡，
申请(专利权)人：深圳晶泰科技有限公司，
类型：发明
国别省市：